O agente John Doggett lidera o FBI em uma caçada para localizar Mulder, enquanto Scully e Skinner usam as informações dadas pelos Pistoleiros Solitários na busca para encontrar o colega deles.

Enquanto procuram o desaparecido Gibson Praise, Scully, Skinner e Doggett encontram o caçador de recompensas alienígena que muda de forma para enganar o FBI.

Scully e Doggett investigam uma série de assassinatos, supostamente de um meio-morcego / meio-humano.

Scully fica presa em Utah e é raptada por um culto que insere um parasita na espinha dela.

Um advogado acorda na prisão e descobre que sua vida está se voltando no tempo desde que assassinou a esposa.

Doggett investiga a suposta capacidade do líder de um culto de se projetar nos sonhos das vítimas, e Scully vai para o hospital.

Scully e Doggett investigam um assassino com visão de raios X.

Um jovem sucateiro está lentamente virando metal após se expor a resíduos perigosos e resolve matar os responsáveis.

Doggett e Scully investigam uma série de assassinatos bizarros e suspeitam de um místico que resolve vingar a morte do filho.

Doggett investiga o último Arquivo X no qual Mulder estava trabalhando antes de sumir: um monstro que cura pessoas, digerindo-as e regurgitando-as sem a doença.

Trabalhando contra o tempo, Doggett e uma equipe de especialistas tentam resolver o mistério por trás de estranhas mortes em um túnel do metrô de Boston.

Scully teme que ela e outras mulheres grávidas deem à luz bebês alienígenas.

A agente Monica Reyes se junta a Scully, Doggett e Skinner na busca por Jeremiah Smith após um OVNI depositar os corpos de abduzidos na Terra.

Depois do enterro de Mulder, o corpo de um abduzido volta à vida, dando esperança a Scully e Skinner.

Após um funcionário do censo dos EUA tentar alertar a Casa Branca de uma invasão alienígena, Mulder resolve acessar dados armazenados em um complexo de processamento de informações.

Os agentes procuram alguém que pode ter relação com a morte do filho de Doggett anos antes: um homem que pode estar possuído pelo próprio mal.

Mulder e Doggett ficam presos em uma plataforma de petróleo cuja tripulação foi infectada com o misterioso vírus do petróleo.

Mulder e Scully devem salvar Doggett e seu parceiro "verde" de um cientista que se transformou num monstro-réptil.

Imparável, Billy Miles começa a matar cientistas que realizam pesquisas genéticas - e Scully vira o próximo alvo.

Quando se descobre um elo entre Billy Miles e membros do FBI, Mulder procura por respostas; Scully e Reyes encontram refúgio em um local remoto enquanto Scully se prepara para dar à luz.