Скрываясь от Инопланетного Охотника, агент Малдер и Джереми Смит едут в затерянное в Канаде пчеловодческое хозяйство, на котором клоны-гибриды занимаются выращиванием пчел-разносчиков инопланетного вируса.

На окраине тихого городка Хоум, штат Пенсильвания, случайно найдено свежее захоронение новорожденного младенца с многочисленными генетическими дефектами. Приехавшие разбираться в страшной находке агенты Малдер и Скалли подозревают в содеянном троих братьев Пикок, живущих в доме на отшибе.

Малдер и Скалли расследуют странные исчезновения и убийства чернокожих жителей Филадельфии. Найденные тела жертв полностью лишены пигмента, окрашивающего их кожу в темный цвет. Агенты ФБР устанавливают связь между убийствами и международным авиарейсом в США из Буркина-Фасо, на борту которого произошло схожее событие.

Малдер и Скалли расследуют убийство молодого человека и похищение его подруги в Траверс-Сити, штат Мичиган. Странность преступления состоит в том, что на месте преступления обнаружены полароидные фотографии с запечатленными на них мыслями преступника.

Агенты ФБР пытаются предотвратить массовое самоубийство членов секты Церкви Семи Звезд в Эписоне, штат Теннесси. Основным источником информации в ходе расследования становится одна из жен лидера секты, страдающая синдромом "множественной личности". Во время сеанса регрессивного гипноза Малдер узнает события из своей прошлой жизни времен Гражданской войны в США.

Малдер и Скалли ведут расследование серии убийств в чикагской клинике пластической хирургии, совершенных врачами во время операций в измененном состоянии сознания. Малдер подозревает причастность к содеянному некоего сатанинского культа.

Один из "Одиноких стрелков" - Мелвин Фрохики, рассказывает агенту Малдеру добытые им факты из биографии Курильщика, приоткрывающие завесу тайны над заклятым врагом "Секретных материалов".

Агент Малдер вместе со своим заклятым врагом Крайчеком отправляется в Россию, в Красноярский край, к месту падения тунгусского метеорита, чтобы найти истоки появления "черного масла". Пока Малдер сталкивается с суровой сибирской реальностью, агент Скалли предстает перед членами Сената, требующими информации о местонахождении агента Малдера.

Агент Малдер сбегает из секретного тунгусского лагеря, в котором российские спецслужбы ставят опыты с "черным маслом" над заключенными. В это же время в США прибывает бывший агент КГБ Василий Песков с целью зачистить следы пребывания "черного масла" на территории Соединенных Штатов.

Провидческие сны приводят Малдера к возобновлению его старого дела о "бумажных сердечек" - расследованию серийных убийств маленьких девочек, с одежды которых маньяк вырезал "трофеи" в форме сердечек. Отбывающий пожизненное заключение маньяк Джон Ли Рош вступает с Малдером в психологическую игру, намекая тому на то, что среди жертв была и сестра Фокса - Саманта Малдер.

Малдер и Скалли расследуют убийство мексиканской девушки в калифорнийском лагере нелегальных мигрантов. Суеверные мексиканцы обвиняют в произошедшем Чупакабру - чудовищного вампира из народных легенд, однако агенты ФБР приходят к выводу, что виноват чрезвычайно смертельный грибок, возможно внеземного происхождения.

Скалли и Малдер идут по следу санитара-мутанта, обладающего невероятной способностью к регенерации частей тела и питающегося зараженными раковыми клетками органами. В ходе расследования Скалли выясняет, что больна раком.

Агент Скалли отправляется в Филадельфию для слежки за членом русской мафии Пудовкиным. В местном тату-салоне она случайно знакомится с Эдом Джерсом. Между Даной и Эдом возникают романтические чувства. Но разумом Эда овладела татуировка в виде женщины на его руке, которая ревниво относится к новым отношениям своего носителя.

Агент Малдер пытается восстановить цепочку событий во время похищения Скалли пришельцами, приведшего, по его мнению, к тому, что его напарница оказалась больна раком. Следы приводят его к закрытой правительственной клинике, в которой проводятся секретные эксперименты с яйцеклетками похищенных женщин.

Агенты ФБР расследуют гибель молодого неонациста в Бруклине, на теле которого обнаружены отпечатки пальцев убитого незадолго перед этим еврея Исаака Лурье. Малдер считает, что в деле замешан голем - дух мщения из древних иудейских легенд.

В ходе расследования череды убийств высокопоставленных американских военных агенты Малдер и Скалли выясняют, что имеют дело с одержимым жаждой мести солдатом - Натаниэлем Тигером. Брошенный генералами во вьетнамском плену на долгие годы, Тигер овладел уникальным приемом - исчезать прямо на глазах.

ФБР расследует крушение гражданского авиалайнера в окрестностях Нью-Йорка. На борту погибшего самолета находился знакомый агента Малдера - уфолог Макс Фенниг, который перевозил нечто, что должно было пролить свет на загадку летающих тарелок. Малдер считает, что в катастрофе виновен НЛО.

Агенты Малдер и Скалли пытаются выяснить правду о разбившемся под Нью-Йорком самолете у авиадиспетчера, за которым ведут охоту спецслужбы, желающие замести следы своей причастности к катастрофе.

Скалли и Малдер расследуют гибель ученого-криобиолога под колесами автобуса в Кембридже, штат Массачусетс. Перед своей гибелью учёный работал над созданием уникального замораживающего вещества, и его смерть может оказаться далеко не случайной.

В Мартинсбурге, штат Западная Виргиния, в разных семьях неожиданно рождаются дети с хвостами. Скалли и Малдер выясняют, что у всех этих детей один генетический отец, передавший им этот атавизм. Однако все роженицы клянутся мужьям в супружеской верности и винят во всем местного врача-гинеколога.

Вынужденный пойти на сделку с Курильщиком, заместитель директора ФБР Уолтер Скиннер тщательно заметает следы недавнего происшествия в супермаркете города Виенна, штат Виргиния, где продавщица погибла от многочисленных пчелиных укусов. Агент Малдер считает, что случившееся связано с секретными экспериментами правительства, не подозревая, что следствие запутано его непосредственным начальником.

Агент Малдер просыпается ничего не помня, в дешевом мотеле в Провиденсе, Род-Айленд, испачканный в чужой крови. Вместе со Скалли он пытается разобраться, что произошло, и вскоре оказывается главным подозреваемым в деле об убийстве пожилой семейной пары.

Группа геодезистов обнаруживает в древнем леднике в канадской провинции Юкон замороженное тело инопланетянина. Малдер отправляется к леднику для получения неоспоримого доказательства существования внеземной жизни. Между тем болезнь Скалли прогрессирует, и она попадает в больницу.