Após os surpreendentes últimos acontecimentos, Mulder e Scully percebem que eles não são os únicos que procuram desesperadamente pelo seu filho perdido, William. O destino do mundo depende disso.

Um velho amigo se aproxima de Mulder e Scully de uma maneira aparentemente impossível, revelando assim um segredo assustador.

Uma onda de mortes, em que as vítimas foram atormentadas por seus próprios clones, levam Mulder e Scully a gêmeos que fazem parte de um jogo perigoso.

Explorando a teoria do Efeito Mandela, em que vários grupos de pessoas se lembram de uma versão alternativa da história, Mulder e Scully descobrem como os Arquivos X podem ter sido criados.

Quando duas adolescentes se atacam, porque cada uma acredita que a outra é um monstro, Mulder e Scully descobrem que a sua investigação poderia leva-los até seu filho perdido, William.

Skinner desaparece quando seu passado volta para assombrá-lo. À medida que Mulder e Scully tentam localizá-lo, a desconfiança nele aumenta e atinge seu ápice.

Em um mundo com cada vez mais automação e inteligência artificial, Mulder e Scully se tornam alvo em um jogo mortal de gato e rato.

Mulder e Scully investigam um brutal ataque de animal a um menino em Connecticut, enquanto suspeitam que forças sombrias estejam envolvidas.

Enquanto investigam um caso de roubo de órgãos humanos, Mulder e Scully descobrem uma misteriosa seita com rituais macabros.

Mulder e Scully se apressam para encontrar um foragido William enquanto o Homem Fumante avança com seu plano final.