Xファイル課オフィスが焼失して数ヶ月後。モルダーとスカリーは正式に担当を外され、代わってジェフリー・スペンダーとダイアナ・フォーリーがXファイル課に配属された。密かにモルダーらを見守るスキナーは、モルダーにある最新のXファイルを託す。

ノンストップで暴走し続ける男！恐怖に脅えた死のドライブ。ネバダ州のハイウェイを暴走していた盗難車が捕らえられた。人質だった女性は無事救出されたが、その直後、側頭部が血しぶきとともに突然破裂する。一方、現地に向かったモルダーは、逮捕を振り切り逃亡したカージャック犯・クランプの人質となってしまい、「ハイスピードで西へ向かえ！」と強要される。一路、暴走し続ける車の中でクランプは驚くべき真相を打ち明ける！

西経64度西南西、サルガッソー海海上。嵐にあい遭難したモルダーは大型客船に救助される。しかし船長を始め乗組員たちの態度は冷たいものだった。

モルダーとスカリーは謎の人物から情報提供を受け、ネバダ州呆地の米空軍テスト飛行地に向かう。グルームレーク、エリア51。その場所こそ、50年間UFOテクノロジーの研究が行なわれ続けている場所だというのである。

全ては消失した時間に起きていた。モルダーは自分の体を取り戻せるのか?!エリア51でモルダーとモリスの人格が入れ替わってしまう。これは、エリア51上空でテスト飛行中だった機体が墜落事故を起こしたせいで発生した超常現象だった。

イブの夜、クリスマスの準備に忙殺されていたスカリーは、モルダーに突然呼び出された。メリーランド州のある屋敷に、19世紀初めクリスマスイブの夜に心中した若い男女の幽霊が出るというのだ。

ウェインとローラは第1子の誕生を間近にひかえた夫婦だった。ある夜、ローラの胎内から胎児が抜き取られるという怪事件が起こった。ローラは直前に、二本の角の生えた怪物に赤ん坊を奪われる悪夢を見たという。

カンザス州クロナー付近は長い間異常気象に悩まされていた。町長に招かれたモルダーとスカリーは原因究明の為、クロナーに降り立つ。町長の話によると、町には「レイン・キング」と名乗る男がいて、気象を自在に操るという。

ある晩、スキナー副長官がボクシングジムでのスパーリング中に倒れた。医師に異常なしと診断されたものの、容体は急激に悪化。たまたまその場に居合わせたモルダーはスカリーに応援を頼む。

Xファイル担当を外されて以来、モルダーとスカリーはカーシュ副長官の元で政府への就職希望者に対する身元調査をやらされていた。そんなある日、スカリーはカーシュに呼び出される。

ヴァージニア州ポトマック操車場で焼死体が集団で発見された。生存者は瀕死の壮年男性と無傷の中年女性の二人だけであった。女性が発見された車輌内では何らかの手術が行なわれていたらしい。

1973年10月。異星人「コロニスト」の地球侵攻計画を知った当時の米国務省メンバーは徹底交戦を避け、彼らに人質を差し出した。

フロリダ州グッドランドにハリケーンが接近していた。嵐の最中、デールズ老人は友人のサラ・シプリーから奇妙な電話をもらい、旧知のモルダーに助けを求める。

その朝、目覚めたモルダーは部屋が水浸しになっているのに気がついた。ウォーターベッドが破けて水が漏れだしていたのである。

サンディエゴにある集団住宅「アルカディア」は、常に州内の優良住宅地トップ5に選ばれるほど環境の良い地区として知られていた。住民は契約で厳しい規則を守ることを義務づけられ、それによって町の美観が保たれているという。

香港からサン・ペドロに入港した貨物船のコンテナの中で、船員が変死しているのが見つかる。死因は大型動物による咬み傷であると判明、だがコンテナは外から施錠されていた。

ミシシッピー州ジャスパー郡の州立刑務所を大規模な竜巻が襲った。竜巻が去った後、所長のR・フェローズが死んでいるのが職員によって発見される。

スカリーはモルダーの自宅を訪れた際、エレベーターで一人の男と一緒になった。男は作家で、最近モルダーの隣に越してきたばかりだという。

1947年、ロズウェルで地元チームの黒人打者J.エックスリーが失踪した。当時ロズウェル署の警官だったアーサー・デールズは元FBI捜査官デールズの同名の弟で、黒人排斥組織に狙われているというエックスリーの護衛を担当していた。

ラスベガスでは軍需産業関係者が出席し、99年度の国防大会が行われていた。ローン・ガンマンの三人は現地に乗り込み、極秘情報をつかむ為にあれこれ手を尽くしていた。

ノース・力ロライナ州の山中で若い夫婦が行方不明になり、3日後に白骨死体となって見つかった。動物に捕食された痕跡も腐乱の形跡も見当たらず、白骨化の理由は見当もつかない。

コートディヴォアールから渡米した生物学者がアメリカン大学内で殺害された。犯行現場からは彼が持ち込んだ遺物の石板が紛失しており、犯人と思われるサンドス教授は謎の失踪を遂げる。

モルダーを突然襲った奇病の原因、謎の遺跡を調査するため、スカリーはアフリカのアイボリー・コーストへと向かった。そこで彼女が発見したものは、海岸に突如出現した巨大なUFO型遺跡であった。

重症のモルダーにシガレット・スモーキング・マンが接近！ モルダーの奇病に隠された衝撃の事実とは？！このエピソードは「第六の絶滅 Part1」からの連続したエピソードとなっています。

深夜のハンバーガースタンドを訪れた客が変死体となって発見された。その頭蓋骨からは、脳みそが吸い取られたように無くなっていた。

1999年12月、自殺した元FBI捜査官の墓が暴かれ、死体が消える事件が起きた。モルダーとスカリーは死者を蘇らせる降霊術師の存在をつかむが…。

立入禁止の森で惨殺された保安官の顔は懐中電灯が抉り込み、無惨に潰されていた。彼が最後に接触した高校生が容疑者として挙げられるが。

ギャング相手のポーカーで大勝したヘンリーは、ビルの屋上から突き落とされてしまう。しかし、運良く工事中の穴に転落し、平然と帰っていく。

厳重警備の郡刑務所から、終身刑の婦女連続殺人犯ファスターが脱獄した。スカリーをかつて誘拐したこともあるこの男は、多くの女性を殺しては被害者の指を集める残虐な犯罪者だった。

サンタモニカの遊園地で売れないマジシャン、マリーニがマジックを披露していた。しかし、マジックをやるたびに観衆の一人が彼の芸は大したことがないと、野次を飛ばす。そのためマリーニは今までに3度しか披露したことのないマジックに挑む！

50匹以上の毒蛇による116箇所の咬み傷が残った、無残な死体が発見された。しかも被害者は、鍵のかかった車中にいたにもかかわらず、襲った蛇の痕跡は全く見当たらなかった。

カリフォルニアでアンバー・リンという少女が、寝室から忽然と姿を消した。現場に残されていた誘拐メモの筆跡から、母親が唯一の容疑者として浮かび上がるが、本人はその記憶がないという。

1973年。一人の少女が謎の失踪を遂げた。少女の名はサマンサ・モルダー。残された兄はそれからの年月、そして人生全てを妹の捜索に捧げてきた。事件から27年。兄はやっとその苦悩から解き放たれる。(このエピソードは「存在と時間 Part 1」からの連続したストーリー展開になっております。)

ロサンゼルス郊外の住宅地をパトロールする警官たちの一夜を、ドキュメンタリー番組の制作クルーが密着取材している。だが捕まったのは、モンスターの目撃情報をもとに捜査していたモルダーとスカリーだった！！

限りなく現実に近い仮想体験ができるバーチャル戦闘ゲームを試作していたプログラマーが、ゲーム内に潜んだ謎のバーチャル・キャラクターに殺されてしまう。モルダーとスカリーはマトレイヤを追いつめるため、戦場となった仮想空間へ降り立つ。

著名な医師の父親が、自宅の天井から首を吊った変死体で見つかった。死体の傍らには「盗人」と血文字が残されていた。父のベッドの上に土を使って人間の形を描いた痕跡を発見したモルダーは、黒魔術が殺人に使われたと推理する。

癌に冒された少年が一夜のうちに回復した。天使が現われて首筋にチップを埋め込んでいったという話に、スカリーはかつて自分が同じ体験をしたことを思い出す。そんな彼女の前にスモーキング・マンが現われ「チップの解説データは欲しくないか？」と申し出る。

高級住宅地で何一つ不自由なく暮らす主婦が行方不明になった。捜査にあたったモルダーは、不気味なカラスが出現し、鏡が割れた事実に邪悪な存在が関与していると推理する。

スカリーが偶然病院で目にしたカルテは、かつての恋人のものだった。モルダーと別行動をとったスカリーは、重度の心臓病でベッドに横たわる元恋人を見舞う。

大手タバコ・メーカーの内部告発をしようとしていた研究員が、顔面が内側から崩れたかのような痕跡を残し、密室で不可解な死を遂げた。検死を行なったスカリーは、遺体の肺がタバコ虫の幼虫に食い荒らされていることに気付く。

モルダーとスカリーをモデルにしたスリラー映画が公開された。それは実際の事件を題材にしたものだった。

理由もなく突然怒りにかられた人々が、殴り合いのケンカをする事件が連続発生。モルダーとスカリーは、瓜二つの二人の女性が事件に関与していることを突き止める。

倉庫会社の掃除係がまるまった絨毯の中に女性を発見。その女は、自分を三つの願い事を叶えられる魔神であるという。

X-ファイル室にビリー・マイルズから連絡が入った。彼は、7年前スカリーがモルダーのパートナーとなって最初の事件の関係者だった。そして、真実に迫るモルダーに”旅立ちの時”が迫っていた！！

スキナーの目前でモルダーがUFOに連れ去られた。FBIは、モルダー失踪の原因究明と救出のため特捜版を結成し、そのリーダーにNY市警たたき上げのジョン・ドゲット捜査官を指名した。

ギブソン少年はモルダーそっくりの人物に連れ去られていた。ドゲットがその人物を追うが彼は崖から飛び降り姿を消す。

謎の爪痕が導く40年前の事件……。ドゲット捜査官がX-ファイルに挑む。ドゲットがX-ファイル課に正式に着任して最初に取り組んだ事件は、血まみれの連続殺人事件。

小さな町で行われる秘密の儀式。単独で調査を始めたスカリーが消息を絶った…！若いバックパッカーの遺体が、荒野で発見された。スカリーは地元警察の依頼によって単独で現地に向かった。

17年前に生まれた"7歳の少年"が伝えるメッセージとは？7歳で失踪した少年ビリーが10年ぶりに生きて戻ってきた。ただし、彼は失踪当時のまま、外見はもちろんのこと、生物学的にも全く成長していなかったのだ。

1日ずつ逆行する時間の中で、自らの運命と闘う男。男が目を覚ましたのは、留置場の中。彼は一週間前に起きた全く身に覚えのない妻の殺害容疑で逮捕されていたのだ。護送の途中、彼は妻の父親に射殺される…。

悪夢を支配するカルト教祖！あるカルト教団で20名の信者が額を斧で一撃されて残殺されていた。しかも、第一発見者である2人の警官は行方不明になり、やがて内側からロックされたパトカーの中と、やはり鍵のかかった自宅の寝室で斧で額を割られた姿で発見される。

窓のない四方を壁に囲まれた拘置所で拘留中の男の額を弾丸が貫いた。完全な密室で起きた殺人事件。捜査を開始したスカリーとドゲットは、拘置所の天井に弾痕を発見、犯人は屋上に忍び込み拘置所の男を射殺したと推測する。

乗用車が鋼鉄の4300倍の密度を持った物体と激突し大破した。しかも、事故現場に残された靴痕からはその物体は人間の形をしていた可能性が高い。さらに現場か近くから行方不明だった運転手が発見される。

インドへの出張から帰国したビジネスマンが大量の血にまみれて死亡する。だが検視の結果、死亡時刻は24時間以上前で、インドを発つ時には被害者は既に死んでいたことを示していた。

モルダーがスカリーにも内密に捜査していた事件の存在が発覚する。ドゲットはモルダーの足取りを追って訪れた小さな村で、最後の目撃者である夫婦の家に、弾痕が残されているのを見つけた。ドゲットはモルダーのアパートを再捜査し、巧妙に隠された拳銃を発見する。

微生物に喰いあらされたかにみえる遺体が地下鉄車内で発見された。未知の細菌である可能性を恐れて、地下鉄を緊急封鎖したスカリーらは、感染症研究所のスタッフとともに原因究明にあたることになる。

妻がエイリアンの子供を妊娠したため、出産の際に医師によって殺されたと訴える男が、X-ファイル課に訪ねてきた。男の妻がアブダクト＜誘拐＞経験者であることを知り、妊娠中のスカリーは「自分の生まれてくる子供もエイリアンではないか？」と不安を抱く。

モルダーと同時期にアブダクト＜誘拐＞されたテレサが、荒野で発見された。テレサは人体実験をされたかのような無数の傷を負っており、瀕死の状態だった。モルダー発見の糸口になると考えるスカリーだが……。

ようやく見つかったモルダーはすでに死亡していた。葬儀から3ヶ月後、モルダーの前日に誘拐されたビリーが腐乱死体で発見される。驚いたことに彼は生きているように反応した。

ホワイトハウスに侵入し「アメリカは宇宙人に乗っ取られる」と大統領に直訴しようとした男が死んだ。男の手に握られていた一枚のCD-ROMから、復帰したモルダーは連邦統計センターに、エイリアンによる地球侵略計画の証拠があると考える。

職場を解雇になった男が、炎上する自動車事故に遭遇した直後に、上司を射殺する事件が発生。現場検証をしたレイエス捜査官は、被害者の遺体が黒焦げの灰になるという幻影を見た。

海底油田掘削プラントの採掘船から作業員2名が行方不明になり、そのうち1名は放射線で焼けただれた遺体となって漂着した。ブラックオイルによる汚染の可能性を嗅ぎ取ったモルダーはプラントに乗り込み、ドゲットとともにプラントの閉鎖と作業員の隔離を始める。

スカリーは出産のため休職、代わりに配属されたレイラはX-ファイルの大ファン。ドゲットと怪事件の捜査に向かうが。

エイリアン・ベビーを出産させていた医師が焼死。スカリーの母が雇ったメイドは、スカリー誘拐未遂犯の一味だった。

スカリーの出産が近づき、ドゲットは彼女をレイエスと共に故郷の村へ隠す。が、エイリアンが彼女たちを追っていた。

水道局の水を調べていたFBI捜査官が変死。調査に向かったドゲットは、水中でも無呼吸で動き回れる女性に遭遇する。

女性はドゲットの戦友で、政府の極秘実験で作られたスーパー・ソルジャーだと言う。2人は証拠を求めて軍の特殊船へ。

老夫婦殺害犯は精神病院の脱走患者か。2人はその病院で、元歴史宗教学の大学教授だった患者コボルトに出会う。

パラレル・ワールドを自由に行き来する連続殺人犯ルケシュ。ドゲットは彼に植物人間にされ、レイエスはある決意をする。

頭部陥没で変死した高校生の脳は蠅の幼虫に喰われていた。スカリーは蠅が反応する特殊なフェロモンが原因だと推理。

スーパー・ソルジャー情報の提供を申し出る人物が出現、モルダーとの接触を要求するが、スカリーは監視されていた。

メキシコで目覚めたドゲットはすべての記憶を失っていて、麻薬組織に雇われる。彼の記憶喪失はある人物の仕業だった。

生きながら皮を剥がされる悪夢に悩む男が夢通りの状態で変死。彼に話を聞いた友人は同じ症状に悩むようになる。

スカリーは不法入国者がもっていた書類からUFO発見の手掛かりを追う。息子ウィリアムを誘拐しようとする陰謀が。

ウィリアムを誘拐したカルト教団は、地底に埋もれていたUFOを発掘中だった。彼らはウィリアムを神の子だと言うが。

交通事故に遭ったレイエスは、二度と意識が戻らないと診断される。臨死状態をさまよう彼女の意識はある陰謀に気づく。

かつてドゲットが逮捕した殺人犯がDNA鑑定の結果、無罪になるが彼の周囲で怪現象が。レイエスは化体現象だとにらむ。

数秘術を使った連続殺人事件が発生。犯人は悪魔の数字6に執着する男で、次の殺害相手にスカリーとレイエスを選ぶ。

8歳のトミーの母はナイフで16回も刺して自殺。トミーは、母を殺したのはモンスターで、父はそれを知っているという。

大学教授が臓器をえぐられて死亡。ローンガンメン3人は事件の背後のバイオ・テロを察知し、その阻止を試みる。

FBIに火傷で容貌が崩れた男が侵入、拘束されるが、正体を明かさない。ドゲットは男がモルダーではないかと疑うが。

FBIアカデミーのスカリーの生徒、ヘイズがドゲットの息子殺害事件の犯人を推理。ドゲットはついに事件の真相に迫る。

地上にいた若者が空から落下して地面に激突したような状態で殺される。スカリーらは超能力者の仕業ではないかと推理。

モルダーが殺人の現行犯で逮捕され、スカリーが面会するが、モルダーはまるで別人のようになっていた。

モルダーの軍事裁判が始まる。スカリーたちは彼を軍部の手から奪回しようとするが、政府は彼の処刑を望んでいた。