スキナーの目前でモルダーがUFOに連れ去られた。FBIは、モルダー失踪の原因究明と救出のため特捜版を結成し、そのリーダーにNY市警たたき上げのジョン・ドゲット捜査官を指名した。

ギブソン少年はモルダーそっくりの人物に連れ去られていた。ドゲットがその人物を追うが彼は崖から飛び降り姿を消す。

謎の爪痕が導く40年前の事件……。ドゲット捜査官がX-ファイルに挑む。ドゲットがX-ファイル課に正式に着任して最初に取り組んだ事件は、血まみれの連続殺人事件。

小さな町で行われる秘密の儀式。単独で調査を始めたスカリーが消息を絶った…！若いバックパッカーの遺体が、荒野で発見された。スカリーは地元警察の依頼によって単独で現地に向かった。

17年前に生まれた"7歳の少年"が伝えるメッセージとは？7歳で失踪した少年ビリーが10年ぶりに生きて戻ってきた。ただし、彼は失踪当時のまま、外見はもちろんのこと、生物学的にも全く成長していなかったのだ。

1日ずつ逆行する時間の中で、自らの運命と闘う男。男が目を覚ましたのは、留置場の中。彼は一週間前に起きた全く身に覚えのない妻の殺害容疑で逮捕されていたのだ。護送の途中、彼は妻の父親に射殺される…。

悪夢を支配するカルト教祖！あるカルト教団で20名の信者が額を斧で一撃されて残殺されていた。しかも、第一発見者である2人の警官は行方不明になり、やがて内側からロックされたパトカーの中と、やはり鍵のかかった自宅の寝室で斧で額を割られた姿で発見される。

窓のない四方を壁に囲まれた拘置所で拘留中の男の額を弾丸が貫いた。完全な密室で起きた殺人事件。捜査を開始したスカリーとドゲットは、拘置所の天井に弾痕を発見、犯人は屋上に忍び込み拘置所の男を射殺したと推測する。

乗用車が鋼鉄の4300倍の密度を持った物体と激突し大破した。しかも、事故現場に残された靴痕からはその物体は人間の形をしていた可能性が高い。さらに現場か近くから行方不明だった運転手が発見される。

インドへの出張から帰国したビジネスマンが大量の血にまみれて死亡する。だが検視の結果、死亡時刻は24時間以上前で、インドを発つ時には被害者は既に死んでいたことを示していた。

モルダーがスカリーにも内密に捜査していた事件の存在が発覚する。ドゲットはモルダーの足取りを追って訪れた小さな村で、最後の目撃者である夫婦の家に、弾痕が残されているのを見つけた。ドゲットはモルダーのアパートを再捜査し、巧妙に隠された拳銃を発見する。

微生物に喰いあらされたかにみえる遺体が地下鉄車内で発見された。未知の細菌である可能性を恐れて、地下鉄を緊急封鎖したスカリーらは、感染症研究所のスタッフとともに原因究明にあたることになる。

妻がエイリアンの子供を妊娠したため、出産の際に医師によって殺されたと訴える男が、X-ファイル課に訪ねてきた。男の妻がアブダクト＜誘拐＞経験者であることを知り、妊娠中のスカリーは「自分の生まれてくる子供もエイリアンではないか？」と不安を抱く。

モルダーと同時期にアブダクト＜誘拐＞されたテレサが、荒野で発見された。テレサは人体実験をされたかのような無数の傷を負っており、瀕死の状態だった。モルダー発見の糸口になると考えるスカリーだが……。

ようやく見つかったモルダーはすでに死亡していた。葬儀から3ヶ月後、モルダーの前日に誘拐されたビリーが腐乱死体で発見される。驚いたことに彼は生きているように反応した。

ホワイトハウスに侵入し「アメリカは宇宙人に乗っ取られる」と大統領に直訴しようとした男が死んだ。男の手に握られていた一枚のCD-ROMから、復帰したモルダーは連邦統計センターに、エイリアンによる地球侵略計画の証拠があると考える。

職場を解雇になった男が、炎上する自動車事故に遭遇した直後に、上司を射殺する事件が発生。現場検証をしたレイエス捜査官は、被害者の遺体が黒焦げの灰になるという幻影を見た。

海底油田掘削プラントの採掘船から作業員2名が行方不明になり、そのうち1名は放射線で焼けただれた遺体となって漂着した。ブラックオイルによる汚染の可能性を嗅ぎ取ったモルダーはプラントに乗り込み、ドゲットとともにプラントの閉鎖と作業員の隔離を始める。

エイリアン・ベビーを出産させていた医師が焼死。スカリーの母が雇ったメイドは、スカリー誘拐未遂犯の一味だった。

スカリーの出産が近づき、ドゲットは彼女をレイエスと共に故郷の村へ隠す。が、エイリアンが彼女たちを追っていた。