モルダーを突然襲った奇病の原因、謎の遺跡を調査するため、スカリーはアフリカのアイボリー・コーストへと向かった。そこで彼女が発見したものは、海岸に突如出現した巨大なUFO型遺跡であった。

重症のモルダーにシガレット・スモーキング・マンが接近！ モルダーの奇病に隠された衝撃の事実とは？！このエピソードは「第六の絶滅 Part1」からの連続したエピソードとなっています。

深夜のハンバーガースタンドを訪れた客が変死体となって発見された。その頭蓋骨からは、脳みそが吸い取られたように無くなっていた。

1999年12月、自殺した元FBI捜査官の墓が暴かれ、死体が消える事件が起きた。モルダーとスカリーは死者を蘇らせる降霊術師の存在をつかむが…。

立入禁止の森で惨殺された保安官の顔は懐中電灯が抉り込み、無惨に潰されていた。彼が最後に接触した高校生が容疑者として挙げられるが。

ギャング相手のポーカーで大勝したヘンリーは、ビルの屋上から突き落とされてしまう。しかし、運良く工事中の穴に転落し、平然と帰っていく。

サンタモニカの遊園地で売れないマジシャン、マリーニがマジックを披露していた。しかし、マジックをやるたびに観衆の一人が彼の芸は大したことがないと、野次を飛ばす。そのためマリーニは今までに3度しか披露したことのないマジックに挑む！

50匹以上の毒蛇による116箇所の咬み傷が残った、無残な死体が発見された。しかも被害者は、鍵のかかった車中にいたにもかかわらず、襲った蛇の痕跡は全く見当たらなかった。

カリフォルニアでアンバー・リンという少女が、寝室から忽然と姿を消した。現場に残されていた誘拐メモの筆跡から、母親が唯一の容疑者として浮かび上がるが、本人はその記憶がないという。

1973年。一人の少女が謎の失踪を遂げた。少女の名はサマンサ・モルダー。残された兄はそれからの年月、そして人生全てを妹の捜索に捧げてきた。事件から27年。兄はやっとその苦悩から解き放たれる。(このエピソードは「存在と時間 Part 1」からの連続したストーリー展開になっております。)

ロサンゼルス郊外の住宅地をパトロールする警官たちの一夜を、ドキュメンタリー番組の制作クルーが密着取材している。だが捕まったのは、モンスターの目撃情報をもとに捜査していたモルダーとスカリーだった！！

限りなく現実に近い仮想体験ができるバーチャル戦闘ゲームを試作していたプログラマーが、ゲーム内に潜んだ謎のバーチャル・キャラクターに殺されてしまう。モルダーとスカリーはマトレイヤを追いつめるため、戦場となった仮想空間へ降り立つ。

著名な医師の父親が、自宅の天井から首を吊った変死体で見つかった。死体の傍らには「盗人」と血文字が残されていた。父のベッドの上に土を使って人間の形を描いた痕跡を発見したモルダーは、黒魔術が殺人に使われたと推理する。

癌に冒された少年が一夜のうちに回復した。天使が現われて首筋にチップを埋め込んでいったという話に、スカリーはかつて自分が同じ体験をしたことを思い出す。そんな彼女の前にスモーキング・マンが現われ「チップの解説データは欲しくないか？」と申し出る。

高級住宅地で何一つ不自由なく暮らす主婦が行方不明になった。捜査にあたったモルダーは、不気味なカラスが出現し、鏡が割れた事実に邪悪な存在が関与していると推理する。

スカリーが偶然病院で目にしたカルテは、かつての恋人のものだった。モルダーと別行動をとったスカリーは、重度の心臓病でベッドに横たわる元恋人を見舞う。

大手タバコ・メーカーの内部告発をしようとしていた研究員が、顔面が内側から崩れたかのような痕跡を残し、密室で不可解な死を遂げた。検死を行なったスカリーは、遺体の肺がタバコ虫の幼虫に食い荒らされていることに気付く。

モルダーとスカリーをモデルにしたスリラー映画が公開された。それは実際の事件を題材にしたものだった。

理由もなく突然怒りにかられた人々が、殴り合いのケンカをする事件が連続発生。モルダーとスカリーは、瓜二つの二人の女性が事件に関与していることを突き止める。

倉庫会社の掃除係がまるまった絨毯の中に女性を発見。その女は、自分を三つの願い事を叶えられる魔神であるという。

X-ファイル室にビリー・マイルズから連絡が入った。彼は、7年前スカリーがモルダーのパートナーとなって最初の事件の関係者だった。そして、真実に迫るモルダーに”旅立ちの時”が迫っていた！！