Tentando provar que Yoh Asakura, o novo estudante transferido, pode falar com espíritos, Manta Oyamada (Morty), de treze anos, se mete em problemas com a gangue de Ryu da Espada de Madeira. Quando tudo parece fadado a dar errado para ele, no entanto, ele recebe ajuda de uma fonte inesperada.

Yoh quer que o espírito de Amidamaru, o diabo samurai, se junte a ele como seu Espírito Principal. Amidamaru está esperando por alguém, porém, e não pode sair do cemitério. Yoh tenta descobrir por quem o samurai está esperando, enquanto Ryu da Espada de Madeira procura vingança.

Yoh é desafiado para uma luta por Ren Tao, um xamã arrogante que acredita que os espíritos são apenas ferramentas.

Yoh está ferido na luta com Ren, mas não há tempo para descansar: para derrotar seu desafiante, ele deve aprender a unificar sua vontade com a de Amidamaru e alcançar os cem por cento de Hyoi Gattai.

A noiva de Yoh, Anna Kyoyama, chega à cidade para treinar Yoh para a Shaman Fight. Seus métodos parecem abusivos, mas o treinamento é útil quando Yoh é atacado por Kyonshii comandado pela família Tao.

Manta traz Yoh, Anna e Amidamaru para assistir a um filme sobre seu ídolo, o falecido lutador de Kung-Fu Lee Pai-Long. As coisas ficam perigosas quando o cadáver de Lee Pai-Long os ataca, comandado pela irmã de Ren, Jun Tao.

Livre de sua escravidão, Pai-Long enlouquece e ataca você sem rumo. Para lutar contra ele, Anna convoca o espírito do falecido mestre de Pai-Long, Shaman.

Depois de testemunhar a luta de Yoh contra Pai-Long, Ryu da Espada de Madeira decide que quer se tornar um Xamã também. Enquanto isso, Gei Yin, outro xamã da família Tao, chega da China para enfrentar Yoh.

Yoh dá abrigo a um viajante chamado HoroHoro, apenas para Anna se preocupar que ele possa ser um Xamã tentando eliminar oponentes antes do início da Luta Xamã.

Ryu da Espada de Madeira acredita que nunca será capaz de se tornar um Xamã. Deprimido e infeliz, ele é possuído pelo espírito de Tokageroh, um bandido de 600 anos atrás que quer se vingar de Amidamaru.

Quando Tokageroh sequestra Manta e ameaça matá-lo com o Harusame, Amidamaru precisa escolher entre a segurança de seus amigos e a espada que ele tanto valoriza.

Depois de quebrar a espada de Amidamaru, Ryu fica ainda mais deprimido e Yoh procura uma solução. Enquanto isso, a estrela que sinaliza o início da Luta Xamã desce do céu.

Para entrar no Shaman Fight, Yoh deve acertar, pelo menos uma vez, o sacerdote do Shaman Fight Silva. A tarefa não é fácil, porém, porque Silva usa uma técnica diferente para lutar com seus espíritos guardiões.

O segundo oponente de Yoh é um médico misterioso chamado Faust VIII, que Silva acredita ser um homem extremamente perigoso. Isso é comprovado quando o médico sequestra Manta.

A luta contra Fausto continua. Enquanto o médico assedia Manta, Yoh perde a calma e acaba em uma posição desvantajosa. O perigo só aumenta quando Fausto convoca o espírito de sua falecida esposa, Eliza.

Tentando proteger Manta, Yoh empurra seu amigo e volta para a casa de seu avô para treinar para a segunda rodada. Atormentado, Manta embarca em uma jornada com Ryu da Espada de Madeira para encontrar seu amigo. No caminho, eles são seguidos por Elly e Milly, duas Xamãs tentando eliminar oponentes antes da Luta Xamã.

Para melhorar suas habilidades de xamã, Yoh entrou no Buraco de Yomi, um lugar onde não há luz e som. Manta, Anna, Amidamaru e uma garota chamada Tamao esperam que ele volte. Enquanto isso, Elly e Milly chegam à sua localização.

Os conflitos e dúvidas de Ren sobre seu modo de vida e seu papel na família Tao são trazidos à tona quando ele e Yoh começam a terceira luta.

A tranquilidade mental de Yoh quebra a determinação de Ren, e sua luta chega ao empate. Percebendo que seus caminhos estavam errados, Ren decide lutar contra seu tio, a fonte de todo o seu ódio. Mas tudo desmorona quando ele e June são capturados.

Fugindo da casa de Yoh para resgatar Ren, Yoh, Manta e HoroHoro encontram uma dupla de cantores xamãs, cuja técnica envia espíritos para o outro mundo.

Yoh, Manta, HoroHoro e Ryu da Espada de Madeira chegam à casa principal da família Tao. Em seu caminho para resgatar Ren e June, eles são forçados a lutar contra os cinco Kyonshii que são conhecidos como as Cinco Divindades.

A mais poderosa das Cinco Divindades acaba por ser o falecido mestre de Lee Pai-Long, Shamon. Seus movimentos de Kung Fu levam o melhor do quarteto, e apenas o próprio Pai-Long pode derrotá-lo.

O grupo de xamãs finalmente conhece o tio de Ren, En Tao. No entanto, nem mesmo suas melhores técnicas parecem prejudicar o enorme homem; para derrotá-lo, eles precisam descobrir o segredo por trás de sua invulnerabilidade.

Yoh, Ryu, Ren e HoroHoro se despedem de seus amigos e familiares antes de irem para a América para o segundo torneio preliminar. No entanto, antes que eles possam sair, o misterioso Hao aparece para avaliar a força do grupo.

O avião do quarteto cai no deserto, e os quatro xamãs são deixados para encontrar o caminho para a vila Patch, enquanto são alvo de um grupo de excêntricos lutadores xamãs.

Ryu da Espada de Madeira conhece um Xamã chamado Lyserg, que está interessado em encontrar aliados poderosos. Seus métodos de testar seus potenciais companheiros, no entanto, não são os mais ortodoxos, e as coisas ficam perigosas para o quarteto quando ele coloca sua técnica de radiestesia em uso.

Lyserg conta a Yoh, Ryu, Ren e HoroHoro sua história, sem saber que ele está sendo perseguido pelos xamãs que ele feriu em sua busca por aliados poderosos.

Lyserg se sente para baixo depois de um confronto com Hao, cujos poderes podem parar até mesmo uma poderosa nevasca. Tentando animá-lo, Ryu conta como ele se tornou um xamã. Enquanto isso, Anna e Manta partem para um lugar misterioso chamado Monte Terror.

Quando o Sino do Oráculo de Milly é roubado, Yoh e os outros ajudam a encontrar o culpado.

Yoh e os outros param em uma cidade fantasma, local de descanso de alguns espíritos entediados.

Enquanto procura comida em uma floresta, HoroHoro conhece um xamã chamado Allen, que usa suas habilidades para vandalizar uma empresa que está prejudicando a floresta.

A história de Hao e da família Asakura é revelada quando o avô de Yoh pede a Anna que leve o livro que contém os ensinamentos de Hao para Yoh. Enquanto isso, Ashiru, um dos seguidores de Hao, desafia o grupo a matar os amigos de Yoh, sem saber que os X-Laws estão prestes a intervir na luta.

Yoh e os outros passam a noite em um distrito de Hot Spring, apenas para serem alvo de um rival de Sharona, que tem o poder de criar ilusões.

O grupo é atacado por outro dos seguidores de Hao, que afirma ser um vampiro. Enquanto isso, Anna e Manta partem para a América.

Lyserg foi mordido por Boris, e os outros precisam entender o mistério por trás da técnica do vampiro para derrotá-lo - tudo isso enquanto os X-Laws tentam invadir a igreja para destruir todos eles.

Ainda deprimidos porque Lyserg partiu com os X-Laws, os quatro Shamans conhecem um garoto chamado Chocolove, que quer se tornar o maior comediante do mundo através da Shaman Fight. Enquanto isso, Faust VIII e Anna fazem um acordo.

Guiados pelas informações de Chocolove, o grupo chega à casa de Lilirara, descendente dos guerreiros da tribo Seminoa, que lutaram na última Shaman Fight e sabem onde fica a Patch Village.

O Flower Team, três garotas que fazem parte do grupo de Hao, enfrentam Yoh para fazê-lo perceber que precisa se tornar mais forte. Enquanto isso, tentando encontrar Yoh, Anna conhece Hao pela primeira vez.

Liderados por Anna, Yoh e os outros entram em contato com a fonte do poder de Hao.

Sob os olhos de Marco, Lyserg e Hao, Yoh e os outros enfrentam o Flower Team pela segunda vez para testar sua nova força.

Emboscados pelos X-Laws, Yoh e seus amigos devem decidir como vão tomar o conhecimento de que Yoh é gêmeo de Hao. Enquanto isso, o espírito de Amidamaru evolui.

O grupo chega a uma cidade onde muitos xamãs da classe Deus param e descansam antes de seguir para Patch Village. Enquanto estão lá, eles podem ver o verdadeiro poder do líder dos X-Laws, Iron Maiden Jeanne.

O grupo Icemen, que se orgulha de suportar as temperaturas mais severas do mundo, desafia você para uma luta, e apenas a verdadeira força de Yoh os fará ver a razão. Yoh ganhar a partida.

O grupo finalmente chega a Patch Village, mas há outro desafio que eles precisam enfrentar antes de serem autorizados a entrar. Quando eles percebem que é uma ilusão e todos passam, Silva aparece e leva Yoh para a vila. Para a próxima rodada do torneio, o grupo de Yoh se divide em grupos de três.

A integridade de Ren é questionada quando Gei Yin, que costumava estar a serviço da família Tao, afirma que ele a traiu e sua família esquecendo o orgulho da família Tao e deixando todos para trás.

Ryu conhece uma garota chamada Anith, que compartilha com ele o desejo de encontrar o Melhor Lugar, mas cujo sonho é esmagado por seu noivo abusivo. Quando o time deles se torna o próximo oponente do Funbari Hot Spring Team, Ryu promete lembrá-la do verdadeiro significado de deixar seu sonho para outro.

HoroHoro tem que se provar digno de ser o Rei Xamã para os próximos oponentes de sua equipe, alguns missionários excêntricos que acreditam que os jovens não podem lidar com o fardo de vencer a Luta Xamã.

Manta se esforça para entender o comportamento de Fausto em relação aos próximos oponentes de Funbari Hot Spring, um grupo de xamãs cujo estilo Superalma danifica seus corpos.

Quando os medos de Ren e HoroHoro se tornam armas contra eles por causa do poder de ilusões de seu próximo oponente, cabe a Chocolove vencer sua própria escuridão e salvar seus parceiros.

O Fudou Myouou, uma organização de monges que acreditam que todos os espíritos ligados aos xamãs são espíritos malignos, querem enviar Amidamaru para o outro mundo. Quando o samurai começa a acreditar que ele é realmente um espírito maligno, Yoh tem que lembrá-lo de seu verdadeiro relacionamento e salvar o espírito de Mosuke e o corpo de Manta no processo.

Yoh e os outros estão preocupados porque ainda não são páreo para Hao. Enquanto isso, as Lily Five esperam por sua primeira partida, apenas para descobrir que será muito mais problemático do que eles pensavam.

O grupo Lily Five está disposto a enfrentar Hao, e Yoh não tem certeza do que fazer: se for a escolha deles, está tudo bem deixá-los lutar e morrer? Enquanto isso, Ren tenta superar seus limites para enfrentar o pai de Yoh.

Lyserg deseja desesperadamente ser agraciado com um anjo pela Iron Maiden Jeanne, e Morphine, Yoh e os outros temem que ele esteja agora muito longe de seu alcance.

O plano de Manta de animar Ryu vira de cabeça para baixo quando ele é sequestrado pelos X-Laws, que querem atrair Yoh para sua armadilha, o Portão da Babilônia. Em sua determinação de ser forte o suficiente para ajudar Yoh, Manta descobre algo sobre seu computador, e os X-Laws ficam em apuros quando Hao intervém na luta.

A determinação dos X-Laws, mesmo diante da morte certa, permite que a Dama de Ferro recupere e abra o Portão da Babilônia. No entanto, seu plano pode trazer exatamente o oposto do que eles estavam tentando alcançar, quando Hao se aproveita de sua fraqueza.

Depois de consumir o espírito de Jeanne, Hao decide levar o Grande Espírito à força. Enquanto isso, Yoh e os outros se recuperam da batalha no Portão da Babilônia e reúnem sua vontade de lutar para se preparar para a última batalha.

Yoh e Ren aprendem outras maneiras mais fortes de manifestar seu Furyoku, e os X-Laws se preparam para sua última posição, quando Lyserg finalmente descobre sua verdadeira força ao testemunhar o sacrifício de seus companheiros.

Yoh e os outros são chamados ao Solo Sagrado das Estrelas, onde reside o Grande Espírito. Enquanto Manta segue Hao por todo o lugar e Yoh tenta impedir o avanço de seu gêmeo, os companheiros de Yoh precisam enfrentar os seguidores de Hao, que receberam o dom da força de seu mestre.

Quando Ren está gravemente ferido, HoroHoro, Ryu, Faust, Chocolove e o recém-chegado Lyserg lutam para protegê-lo, revelando aos seguidores de Hao qual é o verdadeiro significado de companheirismo. Enquanto isso, o rosário de 1080 contas de Anna é concedido com o poder de selar Hao.

A grande luta entre Hao e Yoh começa, enquanto seus amigos tentam derrotar os guardiões dos Grandes Espíritos e impedir os planos de Hao de se unir aos Grandes Espíritos. No entanto, as coisas ficam mais sombrias quando Hao cumpre sua promessa de pedir o corpo de Yoh de volta…

Impulsionados pela raiva e pela dor, os companheiros de Yoh lutam por vingança contra Hao, que acabou de absorver a alma de seu gêmeo. No entanto, Manta está lá para lembrá-los de que sua verdadeira força não vem da violência e do ódio, e ajudá-los em uma última tentativa desesperada de parar Hao.

A crença de seus amigos e as sementes de esperança que você semeou onde quer que fosse funcionam como âncora para seu retorno, mas a luta contra Hao ainda não terminou.

Hao, cujo poder nasce apenas de sua invencibilidade, e Yoh, cujo poder é dado a ele por seus amigos e companheiros, enfrentam-se pela última vez.