Mithril e o SRT resgatam refugiados pegos em uma guerra civil no país africano de Balic. No entanto, durante os combates, eles descobrem que o inimigo possui armas avançadas que rivalizam com as suas. Eles supõem que uma organização bem financiada e bem equipada possa estar suprindo seus inimigos.

Sousuke e Kazama investigam quem está postando fotos embaraçosas e reveladoras de Kaname na internet. Enquanto isso, os agentes da Amalgam, liderados por Gates, extraem pagamento das forças militares do Báltico que atacaram Mithril e tentam reconstruir o que aconteceu na batalha.

Em Nanjing, o Amalgam sequestra delegações de paz do norte e do sul da China e se fortalece em um túnel subterrâneo sob o rio Yangtze. Mithril tenta um resgate nos perigosos limites do túnel, mas cai na armadilha de Amalgam.

Mithril está perplexo com a forma como o inimigo é capaz de seguir seus movimentos. Uma vez que eles percebem que suas comunicações foram comprometidas, Tessa e a comandante Andrei Kalinin dão ordens falsas para facilitar o resgate e virar a mesa na Amalgam.

O SRT viaja para a Sicília para capturar o traidor da operação de Nanjing. Sousuke tem dificuldade em equilibrar trabalho e escola quando tenta conversar por telefone com Kaname e dirigir um veículo de fuga ao mesmo tempo. Um AS misterioso também aparece para ajudar a equipe a fugir. Vendo o estresse de seus deveres diários, Mao decide perguntar a Sousuke sobre seus próprios planos para o futuro.

Mithril tenta aprender mais sobre a misteriosa organização Amalgam. O relacionamento de Sousuke e Kaname começa a florescer; no entanto, a liderança de Mithril o proíbe de vê-la depois que seus deveres de guarda-costas são atribuídos a outro agente.

Sousuke discute com seu substituto, o agente Wraith, sobre a missão de proteger Kaname. Kaname se pergunta por que Sousuke não freqüenta as aulas há dias e começa a ficar preocupado. Quando ela precisa vê-lo após um encontro casual com o agente da Amalgam, Xia Yu Lan, ela encontra seu apartamento vazio e ele desapareceu.

Depois que Sousuke chega na ilha de Mérida, Tessa o repreende por se envolver emocionalmente com Kaname e por negligenciar seus outros deveres. O tenente Belfangan Clouseau, o piloto do AS visto na operação da Sicília, transfere-se para o SRT como seu novo comandante. Depois que ele confronta Kurz no bar ao ofender a memória dos camaradas mortos do SRT, Clouseau organiza um duelo de AS para ajudar Sousuke a operar corretamente o Arbalest.

Kaname confronta a agente Wraith sobre a partida de Sousuke, mas como ela está prestes a obter respostas, Xia Yu Lan embosca os dois. Kaname engana seu perseguidor até Leonard Testarossa, outro agente da Amalgam que também é irmão de Tessa, aparece e mata Xia Yu Lan. Ele revela que o assassino era um agente desonesto, agindo fora dos interesses da Amalgam.

A irmã gêmea de Xia Yu Lan, Yu Fan, sequestra um Venom AS para se tornar um agente provocador entre as unidades do Exército do Norte e do Sul da China em Hong Kong. Sousuke e Melissa são enviados por Gavin Hunter para a área em uma equipe de pessoal do SRT / PRT de origem asiática para encontrar o AS, mas seus sentimentos por Kaname quase colocam em risco a força de reconhecimento Mithril. Depois que um sermão difícil de Melissa toca um nervo cru, Sousuke deserta a equipe.

Xia Yu Fan leva Sousuke a Gauron enquanto ela corre para lutar com Clouseau, Melissa e Kurz em Hong Kong, enquanto o norte e o sul da China oscilam à beira das hostilidades. Agora aleijado e prestes a morrer, Gauron explica a verdade sobre Amalgam e provoca Sousuke, alegando ter matado Kaname porque o transformou em alguém fraco. Enfurecido, Sousuke mata Gauron e sai do prédio no momento em que uma bomba sob sua cama explode. Gates e sua equipe de amálgama também chegam para matar Xia Yu Fan. Tessa lança o Arbalest, apesar das ordens de Mithril para não.

Ainda desmoralizado pelas reivindicações de Gauron de matar Kaname, Sousuke ainda se recusa a funcionar até que Kaname finalmente o recupere. Inspirado por sua presença, Sousuke pilota o Arbalest novamente para destruir Gates e seus homens. Kaname volta para casa no Japão. Sousuke enfrenta o comando Mithril, que concede seu pedido para ficar com Kaname, mesmo que seus salários sejam reduzidos.