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Un impiegato di un supermercato riesce a commettere un omicidio quasi impossibile e il Governo chiama a indagare il gruppo del Dottor Rosen, un team di Alphas, individui con caratteristiche genetiche che li hanno dotati di poteri particolari. La squadra deve scoprire dove si trova il killer, ma le cose non stanno come sembrano....

Rosen cerca di tener testa al suo contatto al Dipartimento della Difesa ed un ex paziente Alpha che sembra volerlo morto.

La squadra affronta un adolescente Alpha in fuga che provoca rivolte lungo la costa est. Intanto Rose scopre che il governo non ha intenzione di collaborare con lui quanto credeva.

Mentre cercano di mandare all'aria un'operazione della Red Flag, Rose e il suo team trovano una donna autistica tenuta in ostaggio nella casa che faceva da base per due agenti di Red Flag. Anna riesce a trasformare i suoni che emette con le mani su oggetti banali come una spazzola, in linguaggio. Gary e Anna fanno subito amicizia ma la ragazza nasconde un segreto.

Una piccola cittadina è sconvolta da una serie di morti improvvise causate da una misteriosa malattia fulminante. Il Dottor Rosen indaga con l'aiuto di Rachel, che sta ancora cercando di ricostruire il rapporto con sua madre.

Bill, con la speranza di farsi riammettere in servizio all'FBI, si occupa di un caso di rapimento e coinvolge anche Gary nelle indagini.

Una giovane Alpha che ha l'abilità di riuscire a creare invenzioni spettacolari praticamente dal nulla, scompare nel nulla e Rose ed il suo team sono chiamati a investigare. Intanto Gary sfida l'autorità di sua madre mentre Bill sta pensando a una possibile paternità.

Cameron e Nina cadono preda di un finto santone, leader di un culto che ha l'abilità di dare ai suoi adepti visioni del paradiso o le sofferenze dell'inferno.

Il team si sta occupando di un Alpha che ha l'abilità di rimanere invisibile agli occhi degli altri.

Il Dipartimento della Difesa mette Rose sotto custiodia quando sospettano che un membro del team sia un traditore e lavori per Red Flag.

Rosen e il suo team devono scegliere da che parte stare ora che Red Flag lancia il suo attacco finale al Dipartimento della Difesa.

Sono passati otto mesi dagli ultimi eventi e il Dottor Rosen si trova imprigionato in un istituto federale per aver esposto la verità circa l'esistenza degli Alpha. Il resto del team è stato smantellato e alcuni di loro sono ritornati alle vecchie abitudini.

Rosen e il gruppo sono alla ricerca di un killer, ma i cacciatori si trasformano in preda quando l'Alpha decide di ucciderli.

Hickis e Harken devono infiltrarsi sotto copertura in un ring di lotte clandestine dove partecipano soltanto membri alphas.

Il team sta indagando su una serie di crimini e si rende conto che la traccia porta a Nina che si è allontanata dal gruppo. La gang cerca di rintracciarla prima che faccia del male a qualcuno o a se stessa.

Il team è alle prese con un alpha che ha perso il lume della ragione e ha rapito Rachel mentre si trovava in ospedale.

Il dottor Rosen chiede aiuto a Skylar per decodificare la tecnologia Alpha usata da Parish, ma purtroppo così facendo mette a repentaglio la sua vita e quella di sua figlia.

Il Dottor Rose e Parish si stanno battendo per il controllo di un giovane Alpha che ha la capacità di controllare la mente altrui.

Il dottor Rose scopre l'identità della spia e si ritrova di fronte a una difficile decisione. Kat è alle prese con la sua prima missione ma s'imbatte in qualcuno del suo passato che le suscita dei sentimenti contrastanti su come agire. Hicks riceve una visita da suo figlio. John si prepara a incontrare i genitori di Rachel.

Hicks tradisce il gruppo e comincia a lavorare per Parish. Il team scopre un piano per organizzare un massiccio e pericoloso blackout.

In seguito alla perdita di un membro del team, Rosen e i suoi Alphas devono cambiare approccio alla questione di Stanton Parish. Intanto però devono occuparsi di un caso che mette in pericolo la vita di uno di loro.

Cat torna di nuovo nel team e insieme cercano l'arma segreta di Stanton. Nel frattempo il senatore Burton mette in discussione i metodi di Rosen con gli Alpha ribelli.

Un Alpha viene rapito e interrogato da Rosen, che è ancora sconvolto dalla morte di sua figlia. Harken e Gary cercano di rintracciare Skylar ma liberarla dalle grinfie di Parish sarà molto difficile.

Rose, disperato e illuso, decide di affrontare Parish in merito al destino di Dani. Intanto il team cerca disperatamente di fermare il terribile piano di Parish.