Un impiegato di un supermercato riesce a commettere un omicidio quasi impossibile e il Governo chiama a indagare il gruppo del Dottor Rosen, un team di Alphas, individui con caratteristiche genetiche che li hanno dotati di poteri particolari. La squadra deve scoprire dove si trova il killer, ma le cose non stanno come sembrano....

Rosen cerca di tener testa al suo contatto al Dipartimento della Difesa ed un ex paziente Alpha che sembra volerlo morto.

La squadra affronta un adolescente Alpha in fuga che provoca rivolte lungo la costa est. Intanto Rose scopre che il governo non ha intenzione di collaborare con lui quanto credeva.

Mentre cercano di mandare all'aria un'operazione della Red Flag, Rose e il suo team trovano una donna autistica tenuta in ostaggio nella casa che faceva da base per due agenti di Red Flag. Anna riesce a trasformare i suoni che emette con le mani su oggetti banali come una spazzola, in linguaggio. Gary e Anna fanno subito amicizia ma la ragazza nasconde un segreto.

Una piccola cittadina è sconvolta da una serie di morti improvvise causate da una misteriosa malattia fulminante. Il Dottor Rosen indaga con l'aiuto di Rachel, che sta ancora cercando di ricostruire il rapporto con sua madre.

Bill, con la speranza di farsi riammettere in servizio all'FBI, si occupa di un caso di rapimento e coinvolge anche Gary nelle indagini.

Una giovane Alpha che ha l'abilità di riuscire a creare invenzioni spettacolari praticamente dal nulla, scompare nel nulla e Rose ed il suo team sono chiamati a investigare. Intanto Gary sfida l'autorità di sua madre mentre Bill sta pensando a una possibile paternità.

Cameron e Nina cadono preda di un finto santone, leader di un culto che ha l'abilità di dare ai suoi adepti visioni del paradiso o le sofferenze dell'inferno.

Il Dipartimento della Difesa mette Rose sotto custiodia quando sospettano che un membro del team sia un traditore e lavori per Red Flag.

Rosen e il suo team devono scegliere da che parte stare ora che Red Flag lancia il suo attacco finale al Dipartimento della Difesa.