Sono passati otto mesi dagli ultimi eventi e il Dottor Rosen si trova imprigionato in un istituto federale per aver esposto la verità circa l'esistenza degli Alpha. Il resto del team è stato smantellato e alcuni di loro sono ritornati alle vecchie abitudini.

Rosen e il gruppo sono alla ricerca di un killer, ma i cacciatori si trasformano in preda quando l'Alpha decide di ucciderli.

Hickis e Harken devono infiltrarsi sotto copertura in un ring di lotte clandestine dove partecipano soltanto membri alphas.

Il team è alle prese con un alpha che ha perso il lume della ragione e ha rapito Rachel mentre si trovava in ospedale.

Il dottor Rosen chiede aiuto a Skylar per decodificare la tecnologia Alpha usata da Parish, ma purtroppo così facendo mette a repentaglio la sua vita e quella di sua figlia.

Il Dottor Rose e Parish si stanno battendo per il controllo di un giovane Alpha che ha la capacità di controllare la mente altrui.

Il dottor Rose scopre l'identità della spia e si ritrova di fronte a una difficile decisione. Kat è alle prese con la sua prima missione ma s'imbatte in qualcuno del suo passato che le suscita dei sentimenti contrastanti su come agire. Hicks riceve una visita da suo figlio. John si prepara a incontrare i genitori di Rachel.

Hicks tradisce il gruppo e comincia a lavorare per Parish. Il team scopre un piano per organizzare un massiccio e pericoloso blackout.

In seguito alla perdita di un membro del team, Rosen e i suoi Alphas devono cambiare approccio alla questione di Stanton Parish. Intanto però devono occuparsi di un caso che mette in pericolo la vita di uno di loro.

Cat torna di nuovo nel team e insieme cercano l'arma segreta di Stanton. Nel frattempo il senatore Burton mette in discussione i metodi di Rosen con gli Alpha ribelli.

Un Alpha viene rapito e interrogato da Rosen, che è ancora sconvolto dalla morte di sua figlia. Harken e Gary cercano di rintracciare Skylar ma liberarla dalle grinfie di Parish sarà molto difficile.

Rose, disperato e illuso, decide di affrontare Parish in merito al destino di Dani. Intanto il team cerca disperatamente di fermare il terribile piano di Parish.