Als iemand zich als ninja voordoet en overal in Ninjago City misdaden begaat, worden de ninja's niet meer als helden gezien, maar opgejaagd als schurken.

Terwijl Nadakhan een plan smeedt om het Rijkkristal te stelen, worden de vluchtende ninja's opgejaagd door Ronin, die door de politie is ingehuurd om hen op te sporen.

Als de ninja's onterecht zijn opgesloten, ontmoeten ze iemand die vertelt over een vergif dat een Djinn als Nadakhan kan stoppen, maar op slechts één eiland te vinden is.

Jay laat zich door Nadakhan overhalen een wens te doen om Nya's hart te veroveren, eerste stuurman Flintlocke vernietigt het Rijkkristal en Cole steelt Soto's kaart.

Als grote delen van Ninjago City verdwijnen, gaan de ninja's naar Tijgerweduwe-eiland, achtervolgd door Nadakhan, waar Jay het waardevolle vergif verzamelt.

Lloyd, Cole en Nya zijn gestrand op Tijgerweduwe-eiland en proberen te ontsnappen op een vlot. Jay is gevangengenomen en moet met de bemanningsleden van Nadakhan vechten.

Nadat de ninja's hebben geleerd om als piraten te praten, infiltreren ze op het schip van Nadakhan om hem stiekem het vergif toe te dienen en Jay te redden.

Flintlocke leidt een muiterij en denkt dat Nadakhan de bemanning in de steek laat zodra hij de macht heeft om oneindige wensen te doen. Maar de geest neemt Nya gevangen.

Nadakhan trouwt met Nya en krijgt de macht om oneindige wensen te doen. Flintlocke en Dogshank sluiten zich aan bij de ninja's voor een laatste krachtmeting met de Djinn.