Uusiksi Ninjoiksi itseään kutsuva ryhmä yrittää pysäyttää kostokiven salakuljetuksen. Ninjat yrittävät päästä Nyan katoamisen yli.

Merimies putoaa laivalta mereen vaarallisen myrskyn aikana, mutta miehistön yllätykseksi jokin nostaa hänet nopeasti takaisin kannelle.

Kostokiven salakuljetusta tutkivat ninjat päätyvät hylätylle metrolinjalle – jossa he törmäävät Uusiin Ninjoihin.

Ninjat esittävät pormestarille erikoisen pyynnön: he pyytävät tätä vapauttamaan yhden heidän pahimmista vihollisistaan Kryptarium-vankilasta!

Aspheera ja mestari Wu odottavat ninjojen paluuta luostarissa ja päättävät kilpailla voimaa ja oveluutta vaativissa testeissä.

Ninjat joutuvat Kryptarium-vankilaan vapautettuaan Aspheeran Nyan pelastamiseksi. Vankilassa he ovat vanhojen vihollistensa keskellä.

Kristallihämähäkit jatkavat pahisten värväämistä salaperäisen Kristallikuninkaan neuvostoon. Nya saa muistutuksen päivistään Samurai X:nä.

Ninjat joutuvat vankilan pakkotöihin aavikolle. Nya ja Dareth pysäyttävät muita kuljettavan bussin ja auttavat heidät pakoon.

Zane, Kai ja Dareth eroavat muista ja lähtevät ylittämään aavikkoa. He saavat kyydin kotoaan karanneelta tytöltä.

Ninjat kokoontuvat Sätky-Timin luona ja yrittävät selvittää, ketkä pahiksista ovat jo liittyneet Kristallikuninkaan neuvostoon – ja ketkä ovat seuraavia.

Ninjat yrittävät seurata naamioitunutta Lloydia, kun kristallihämähäkki johdattaa hänet Ninjago Cityn alle – ja suoraan Kristallikuninkaan neuvostoon.

Harumi kertoo, miten hän muuttui Ninjagon prinsessasta pahisten neuvoston johtajaksi.

Seriffi Hounddog McBrag koputtaa mestari Wun oveen. Ninjat etsivät Ninjago Cityn uumenista Lloydia – joka yrittää puhua järkeä vangitsijalleen.

Ninjat ovat loukussa vanhassa metrovaunussa, joka on romahtaneessa tunnelissa. Mestari Wu ja muut suojelevat Spinjitzun aseita.

Herätessään Lloyd kuulee hirveän uutisen Harumilta. Ninjat odottavat maan alla, että Nya ja muut pelastaisivat heidät. Mutta saapuuko apu ajoissa?

Pahisten neuvosto herättää vanhan ja vahvan vihollisen henkiin. Lloyd katsoo kauhuissaan ja yrittää myöhemmin paeta rohkealla tavalla.

Mestari Wu ja ninjat suunnittelevat Bountyn hakemista takaisin poliisiasemalta. Lloyd ja Harumi kulkevat Muinaisen Silmän viidakossa.

Yliherra tajuaa, että ninjojen tuhoamisen yrittäminen voisi vapauttaa näiden voimat, joten hän laatii uuden suunnitelman. Lloyd ja mestari Wu seuraavat johtolankaa.

Lloyd ja mestari Wu löytävät NGTV:n uutisten Vinnyn kotoa yllätysvieraan, joka kertoo heille erikoisen tarinan.

Ninjojen taistellessa ilmeisen voittamatonta kostokiviarmeijaa vastaan mestari Wu ja Lloyd hahmottelevat mahdollista tietä voittoon.

Pixal tekee muutoksia ninjojen kulkuneuvoihin. He lähtevät taisteluun, mutta Yliherra onkin säästellyt voimiaan.

Nya jää loukkuun raunioihin Kristallikuningasta vastaan käytävän taistelun aikana. Paperkidsit rientävät puolustamaan Ninjago Cityä.

Lloyd pelastaa Hounddog McBragin. Mestari Wu saa tietää muinaisesta ennustuksesta. Pixal ja loukkaantunut Zane törmäävät Kryptarium-vankilasta karanneisiin vankeihin.

Skylor auttaa Colea ja Kaita pahassa paikassa. He törmäävät Jakeen pelihallissa ja seuraavat mestari Wun johtolankoja Paperkidsien piilopaikkaan.

Kai yrittää määrittää suhdettaan Skyloriin... mutta ajoitus menee pieleen. Tohtori Borg kertoo Pixalille, että Zane on koomassa.

Ninjat hajaantuvat ja yrittävät lähettää hätäsignaaleja liittolaisilleen. Lloyd pohtii, pystyykö Garmadon sittenkin tuntemaan "myötäkuntoa".

Mestari Wu selittää ninjoille Dragon Formin, mutta ninjoilla ei juuri ole aikaa sen opetteluun Yliherran saatua selville heidän olinpaikkansa.

Lloyd ja Garmadon kohtaavat Yliherran eeppisessä välienselvittelyssä. Ninjat saavat liittolaisiltaan apua kostokiviarmeijan kukistamisessa – mutta voi olla jo myöhäistä.

Läheistensä ja ninjatovereidensa uhrautumisen ansiosta Lloyd voi käyttää syvältä kumpuavaa muinaista voimaa Yliherran kukistamiseen.