Ninjat yllättävät uuden roiston nimeltään Neiti Kelmi. Nya loihtii vesihurrikaanin pysäyttääkseen hänet, mutta menettää voimiensa hallinnan ja vaarantaa lähellä olevan kylän.

Maya koettaa ratkaista Nyan ongelmat laittamalla hänet ruotuun. Zane ja Pixal lähtevät suorittamaan meripelastustehtävää.

Nya, Jay, Zane, Pixal ja Lloyd nousevat uuteen Hydro-Bounty-sukellusveneeseen ja lähtevät selvittämään Nyan voimia sekoittavan energiasignaalin alkuperää.

Nya ja Maya tajuavat, että energianlähde on ainoa keino saada Hydro-Bounty toimimaan, joten he matkaavat muinaiseen temppeliin erikoisten sukelluspukujen avulla.

Nya ja Maya yrittävät paeta tukalasta tilanteesta. Toisaalla Jay vaarantaa henkensä palauttaakseen Hydro-Bountyn käyttövoiman.

Nyan ja Mayan pelastumisen jälkeen ninjat viedään Merlopiaan tapaamaan kuningas Trimaaria. Petos tekee ninjoista kuitenkin karkulaisia.

Ninjat selviävät vedellä täyttyneestä palatsista mutta saavat kannoilleen tappajahait. He saavat avukseen Benthomaarin, joka johdattaa heidät lähtöaltaalle.

Takaumassa kerrotaan Benthomaarin tarina ja paljastetaan, kuinka kuningas Trimaar löytää hänet vauvana ja kasvattaa hänet omana poikanaan.

Ninjat palaavat Vartijoiden saarelle ja suostuttelevat päällikön antamaan heille amuletin vietäväksi suojaan Ninjago Cityyn – mutta tekevätkin yllättävän löydön.

Nya varoittaa Kaita, Rayta, Colea, Wuta ja Misakoa, jotka kiiruhtavat Seikkailijoiden klubille. Benthomaar rohkaisee Nyaa hyödyntämään voimiaan uudella tavalla.

Kalmaar ja ninjat taistelevat Ninjago Cityssä, ja myrskyamuletti päätyy päättäväisen lehtikuskin käsiin

Benthomaar kertoo Nyalle Nyadin tarinan. Samaan aikaan Mestari Wu, Kai, Cole, Ray ja Misako yrittävät estää Kalmaaria pakenemasta myrskyamuletin kanssa.

Tuomiopäivän käärme Wojira nousee merestä. Ninjago Cityssä Glutinous nousee pinnan alta vakavan varoituksen kera.

Kalmaar ja Wojira saapuvat Ninjago Cityyn valtavan tsunamin saattelemina saaden koko kaupungin tulvimaan, joten ninjat rientävät apuun.

Wojiralle alakynteen jääneet ninjat vetäytyvät laatimaan uutta suunnitelmaa. Nya pohtii päätöstä, josta ei ole paluuta takaisin.

Kalmaarin kiukuttelu käy Wojiran hermoille taistelun keskellä. Ninjat yrittävät auttaa Nyaa täyttämään kohtalonsa.