Ninjat joutuvat tositoimiin, kun Lordi Garmadonin poika Lloyd ilmaantuu paikalle.

Lloydin ja Hypnobraiden uhatessa Zane harjoittelee jälleen. Hän seuraa haukkaa ja huomaa olevansa pahassa pulassa.

Lloyd vapauttaa toisen heimon, Fangpyret, joiden avulla hän aikoo päästä uudelleen valtaan. Ninjat ryhtyvät toimeen, kun Fangpyret hyökkäävät Jayn perheen kylään.

Kun Fangpyret yhdistävät voimansa Hypnobraiden kanssa, Lloyd herättää Pythorin, joka on Anachondrai-heimon viimeinen jäljellä oleva käärme.

Lloyd muuttaa taloon ja yrittää auttaa, mutta onnistuu vain olemaan tiellä. Pythor herättää Venomarit ja Constrictait, minkä seurauksensa syttyy käärmeiden välinen sota.

Pythor julistautuu ennalta määrätyksi johtajaksi, jonka kuuluu herättää henkiin Great Devourerin, muinaisen hirviön, jota ei voi surmata ja joka tuhoaa koko Ninjagon.

Ninjanelikko seuraa salaperäistä haukkaa metsään ja löytää piilossa olevan työpajan, jossa Zane saa selville salaisuuden omasta menneisyydestään.

Ninjago-valtakunnan rauha päättyy: vapaana on neljä muinaista käärmelajia, joita vastaan ninjat käyvät uusin ajoneuvoin. Vanha legenda jakaa ninjat kahteen leiriin.

Ninjat tulevat epäluuloisiksi, kun heidän arkkivihollisensa Lord Garmadon saapuu auttamaan kadonneen poikansa etsinnässä, mutta huomaavat pian, että yhteistyö on valttia.

Ninjat koettavat soluttautua Kärmeisten pyhättöön, mutta joutuvat suoraan ansaan. Lloydin pelastusoperaatio epäonnistuu, ja vain Lordi Garmadon pystyy auttamaan.

Pythor aikoo herättää Great Devourerin Ouroborosin kadonneessa kaupungissa. Ninjat kiiruhtavat estämään häntä, ja kilpajuoksu aikaa vastaan alkaa.

Tuho uhkaa Ninjagoa, ja ninjojen on taisteltava epätoivoisesti Great Devoureria vastaan.