En enquêtant sur un cambriolage, les ninjas découvrent "Premier Empire", un jeu vidéo inédit qui prend le contrôle de tous les autres jeux de Ninjago.

Les ninjas font le lien entre la disparition de Jay et Premier Empire et se rendent sur l'île Dyer pour interroger le créateur du jeu, Milton Dyer.

Cyrus Borg découvre un secret étonnant concernant Premier Empire. Les ninjas combattent le Mécanicien dans le but d'atteindre le niveau treize.

Le ninjas, perdus dans Premier Empire dont ils ignorent toutes les règles, tentent de trouver Jay en échappant aux sbires d'Unagami.

Dans l'une des zones de jeu, un samouraï dénommé Okino est en pleine crise existentielle, après avoir échoué à mener ses maîtres à la victoire.

Pour arrêter Unagami, les ninjas doivent se procurer trois Key-tanas. Le premier se trouve à Terra Karana, l'une des zones les plus dangereuses du jeu.

Les ninjas arrivent aux falaises de l'Hystérie et voient qu'Unagami change les joueurs en cubes d'énergie pour bâtir un portail vers le monde réel.

Toujours à Terra Karana, Okino doit choisir entre aider ses alliés, les ninjas, ou obéir aux ordres d'Unagami, son maître.

Les ninjas découvrent que pour obtenir le deuxième Key-tana, ils doivent trouver des bolides de course et remporter le Grand prix des Cinq Milliards.

C'est bientôt le Grand Prix des Cinq Milliards. Lloyd rencontre Numéro 7, une pilote chevronnée qui pourrait bien être la clé de la réussite.

Les Visières Rouges, les soldats d'Unagami, trouvent le garage secret de Scott et attaquent les ninjas.

Les ninjas ont à peine le temps de pleurer la disparition de leurs amis, qu'ils doivent se mettre en route rapidement pour Terra Domina.

À Ninjago City, Zane et Pixal arpentent la ville à la recherche de Milton Dyer et découvrent que les apparences sont trompeuses.

Zane, kidnappé par le Mécanicien, se retrouve face à Unagami alors que Pixal demande à Milton Dyer comment arrêter Premier Empire

Jay se retrouve seul face à Unagami, tandis que celui-ci se prépare à découvrir la vérité sur son identité.

Unagami arrive dans le monde réel et sème la terreur sur Ninjago City. Jay, Zane et Pixal tentent d'éviter le pire en réunissant Unagami et Dyer.

Les ninjas sont invités à la fête d'anniversaire de la princesse Vania, au royaume de Shintaro. Ils emmènent Maître Wu pour lui remonter le moral.

La princesse Vania montre aux ninjas un passage menant à une mine souterraine de Shintaro, où se cachent les plus sombres secrets de la cité.

Les ninjas essayent de sauver Cole mais les chamailleries des prisonniers alertent le Sorcier au Crâne et les ninjas se retrouvent prisonniers.

Réduits aux travaux forcés par le Sorcier au Crâne, les Ninjas convainquent les Geckle et les Munce d'unir leurs forces pour tenter une évasion.

Jay, Nya et Lloyd sont guidés dans les Mines de Shintaro par Murt, vers la grotte-maison des Munce. La Reine des Munce a un coup de foudre pour Jay.

Un groupe de Geckle soupçonne Kai et Zane d'être des alliés du Sorcier au Crâne et les amène à leur chef, qui les condamne au procès du Mino.

Séparé des autres, Cole cherche un moyen de regagner la surface pour alerter le roi du danger que représente le Sorcier au crâne.

Un épisode consacré à la chute quasi interminable de Cole, la princesse Vania et Maître Wu dans les abysses qui se trouvent sous la montagne Shintaro.

Cole, Wu et la princesse Vania s'associent aux Bas-nis, un groupe haut en couleur, qui leur raconte comment ils ont fini dans les tréfonds.

Cole, Wu et Vania ont rejoint les forces des Bas-nnis dans leur quête pour battre le Roi Vangelis, ils doivent trouver un moyen de fuir la montagne.

Nya et Kai, maintenant à la tête des Munce et des Geckle, essaient d'unir les deux tribus pour vaincre leur ennemi commun, le Sorcier au Crâne.

Cole, Vania, Wu et les Bas-nnis découvrent le temple où s'entraînaient les maîtres élémentaires de la terre, dont la mère de Cole a fait partie.

Les ninjas, les Munce et les Geckles se réfugient dans la forteresse souterraine. Ils se préparent à affronter le sorcier au crâne et Grief-Bringer.

Cole, les Bas-nis, la princesse Vania et Maitre Wu réussissent à sortir de la montagne pour affronter le sorcier au crane.

Cole and the Upply arrive at the Skull Sorcerer's Keep and find the ninjas locked into cages and the Geckles and Munce back at work in the chain gang.

As Cole and the Skull Sorcerer face off, the Geckles and Munce storm the Keep. Plundar frees the ninjas from their cages so they can join the battle.