Les ninjas sont invités à la fête d'anniversaire de la princesse Vania, au royaume de Shintaro. Ils emmènent Maître Wu pour lui remonter le moral.

La princesse Vania montre aux ninjas un passage menant à une mine souterraine de Shintaro, où se cachent les plus sombres secrets de la cité.

Les ninjas essayent de sauver Cole mais les chamailleries des prisonniers alertent le Sorcier au Crâne et les ninjas se retrouvent prisonniers.

Réduits aux travaux forcés par le Sorcier au Crâne, les Ninjas convainquent les Geckle et les Munce d'unir leurs forces pour tenter une évasion.

Jay, Nya et Lloyd sont guidés dans les Mines de Shintaro par Murt, vers la grotte-maison des Munce. La Reine des Munce a un coup de foudre pour Jay.

Un groupe de Geckle soupçonne Kai et Zane d'être des alliés du Sorcier au Crâne et les amène à leur chef, qui les condamne au procès du Mino.

Séparé des autres, Cole cherche un moyen de regagner la surface pour alerter le roi du danger que représente le Sorcier au crâne.

Cole, Wu et la princesse Vania s'associent aux Bas-nis, un groupe haut en couleur, qui leur raconte comment ils ont fini dans les tréfonds.

Cole, Wu et Vania ont rejoint les forces des Bas-nnis dans leur quête pour battre le Roi Vangelis, ils doivent trouver un moyen de fuir la montagne.

Nya et Kai, maintenant à la tête des Munce et des Geckle, essaient d'unir les deux tribus pour vaincre leur ennemi commun, le Sorcier au Crâne.

Cole, Vania, Wu et les Bas-nnis découvrent le temple où s'entraînaient les maîtres élémentaires de la terre, dont la mère de Cole a fait partie.

Les ninjas, les Munce et les Geckles se réfugient dans la forteresse souterraine. Ils se préparent à affronter le sorcier au crâne et Grief-Bringer.

Cole, les Bas-nis, la princesse Vania et Maitre Wu réussissent à sortir de la montagne pour affronter le sorcier au crane.

Cole and the Upply arrive at the Skull Sorcerer's Keep and find the ninjas locked into cages and the Geckles and Munce back at work in the chain gang.

As Cole and the Skull Sorcerer face off, the Geckles and Munce storm the Keep. Plundar frees the ninjas from their cages so they can join the battle.