Lion-O luta com seu destino para se tornar o próximo rei de Thundera, escolhido pela Espada dos Presságios. Enquanto isso, são realizadas festividades para comemorar o retorno do General Grune ao Reino dos Gatos.

Uma traição imprevista de um ex-camarada destrói o Reino dos Gatos. Enquanto o rei Claudus lidera a luta contra o general Slithe e seu exército de lagartos, o malvado feiticeiro Mumm-Ra tenta apreender a Espada dos Presságios.

Wilykit e Wilykat se unem a Lion-O, Tygra, Cheetara e Snarf, que estão em uma missão de encontrar o Livro dos Presságios e encontram no caminho Koinelius Tunar, um capitão em um mar de areia, porém o mesmo está obcecado em vingança contra um vilão, tanto quanto um de seus visitantes.

Enquanto viajam pela floresta, os ThunderCats se deparam com um grupo de Petalars - pequenas criaturas semelhantes a plantas, cuja expectativa de vida é de apenas um dia. Lion-O faz amizade com o jovem Emrick, enquanto ele e os outros tentam descobrir uma maneira de sair da floresta e devolver os Petalars para sua casa. Enquanto isso, Slithe e seu exército de lagartos estão na trilha dos ThunderCats para eliminá-los.

Panthro precisa de Thundrillium como combustível do Thundertank, e conta com "seu rei" para poder conseguir o que for necessário. Durante a jornada, conhecemos a história de Panthro e Grune.

Os ThunderCats continuam sua busca pelo Livro dos Presságios, o que os leva à lendária Torre dos Presságios. No entanto, eles primeiro terão que passar por uma série de armadilhas mortais para alcançá-la. Enquanto isso, Mumm-Ra se cansa de esperar e força Jaga a revelar a localização do Livro, e planeja ir até lá para levá-lo a todo custo.

A alma de Lion-O é transportada para o Livro dos Presságios e ele vê como era a vida aos olhos de seus antepassados, quando eles começam uma rebelião contra Mumm-Ra e descobrem as origens da Espada dos Presságios e da Pedra da Guerra, que assume o controle. A forma familiar do Olho de Thundera durante o curso dos eventos Lion-O é experimentada no corpo de seu ancestral. Lion-O também aprende com Jaga que, para derrotar Mumm-Ra, ele deve primeiro encontrar os três Warstones restantes reunidos na Terceira Terra e unificar o resto dos animais para criar um exército.

Enquanto Tygra e Panthro trabalham no ThunderTank, Lion-O está procurando suprimentos e encontra um misterioso Derivante que ajuda a ensinar algumas lições importantes. Depois de exibir The Sword of Omens na cidade, Lion-O é desafiado por um homem conhecido como The Duelist e deve se superar para vencer.

Os ThunderCats conhecem os seres misteriosos que os ajudaram durante a noite e acabam sendo os Berbils, ou Ro-Bears. Os Berbils tratam os ThunderCats com grande hospitalidade até a vila ser atacada e alguns dos Berbils serem capturados. Os ThunderCats ajudam seus novos amigos e uma batalha pela liberdade se inicia.

Os Gatos rastreiam a localização da primeira pedra na mística Vila dos Elefantes, mas Lion-O não consegue encontrar a localização específica e os esquecidos Elefantes não se lembram mais de onde estão.

Quando na floresta de Magi Oar, os ThunderCats enviam WilyKit, WilyKat e Snarf para procurar lenha. Depois que voltam, começam um incêndio e se deitam para descansar. Lion-O então joga um pedaço especial de lenha que libera vários espíritos aparentemente maus ao seu redor. Depois que Lion-O e o resto dos ThunderCats não podem derrotá-los, os ThunderCats encontram os Wood Forgers que têm talento para usar papel mágico em combate.

Tygra e Lion-O entram em um portal para o Plano Astral, onde se localiza outra pedra necessária. Enquanto os mesmos brigam com seus medos dentro do outro universo, o local dos Elefantes sofre com uma invasão. Lion-O acaba tendo uma visão futura que pode lhe decepcionar.

Enquanto Lion-O e Tygra estão no Plano Astral lidando com seus problemas que foram ampliados pelos poderes de Mumm-Ra, que quer que eles se destruam, os outros Thundercats protegem a vila de Slithe, Grune e do exército Lizard. Os elefantes tomam uma decisão surpreendente depois de meditar e Lion-O percebe a verdade de ser traído por Tygra. Panthro tem alguns flashbacks interessantes ao contar a Wily Kit e Wily Kat como Grune perdeu o dente, e no final Panthro faz um sacrifício para derrotar seu inimigo.

Mumm-raa decide contratar dois guerreiros sanguinários para serem generais para fortalecer o seu exército.

Ao tentar localizar mais uma pedra com a ajuda do Livro das Profecias, sofrem uma emboscada pelos novos generais de Mumm-Ha e morre. Mas com a ajuda da pedra do Espirito consegue ter mais uma chance de voltar a vida, mas precisa passar por desafios e não pode perder para provar seu valor.

Tygra reencontra seu verdadeiro pai que o abandonou e descobre a verdade sobre seu clã e porque ele ainda esta vivo.

Wileykat e Wileykit são os protagonistas desta história, onde mostra a história dos dois antes da aventura.

Lion e seus Amigos Chegam á uma Cidade Pacata , Onde Encontra uma Nova Thundercat , Enquanto isso Willeykat e Willeykit tentam Recuperar seus Objetos Roubados.

Lion Agora tem uma Nova Missão salvar os Gatos Aprisionados na Torre Obscura.

Lion e sua nova súdita tentam despistar o exército de Mumm-raa através da caverna,entre uma parte e outra é contada a história da Espada de Mumm-raa.Mumm-raa os acha e tenta tomar a espada de Lion.Mumm-raa faz a gata de refém,Lion troca a Espada pela gata.

Em pacata,Willeykat e Willeykit ainda tentam recuperar seus objetos.Toki os leva para dentro de uma bolsa mágica retirada do plano astral,lá dentro eles descobrem outros subordinados de Toki e tudo os que eles roubam.É revelado que toki não é o que eles imaginavam.

Os Thundercats precisam da ajuda de um vendedor de óleo de cobra chamado Ponzie para derrotar a mais recente forma monstruosa de Mumm-ra.

Ao tentar descobrir a localização da próxima pedra, os ThunderCats cruzam com um homem louco, Soul Sever, que está tentando inserir em máquinas as almas de sua velha família.

O livro de Omens lidera os Thundercats a uma cidade no céu governada por pássaros.

Os ThunderCats devem impedir que Mumm-Ra obtenha a Pedra da Tecnologia.