Após o Going Merry escapar por pouco de ser atropelado por um "trem marítimo", a tripulação conhece uma velha, Kokoro, e sua neta, Chimney. Kokoro dá a Luffy um mapa para Water Seven. Luffy, Nami e Usopp compram barcos dirigidos por monstros marinhos chamados "yagara".

Luffy, Nami e Usopp recebem saudações estranhas dos residentes e experimentam os canais de montanha-russa da Water Seven. Luffy descobre que alguns piratas foram derrotados nas mãos de alguns artesãos poderosos; a Galley La Company. Chopper perde Robin e algumas pessoas novas e estranhas ameaçam Zoro de volta ao navio.

As pessoas que atacaram Zoro revelam-se a temida "Família Franky", embora não sejam páreo para Zoro. Luffy tem seu ouro trocado por dinheiro. Depois, eles encontram um homem que se parece com Usopp, o capataz de carpinteiro de Galley La, Kaku. Parte do dinheiro de Usopp é roubada pela Família Franky.

Paulie faz sua estreia quando recupera o dinheiro roubado de Usopp enquanto ele foge de cobradores de dívidas. Kalifa mostra a Luffy, Nami e Usopp ao redor do Dock No. 1 e conta a eles como Iceburg fundou a Galley La Company. Kaku retorna do Going Merry e diz a eles que sua quilha está irreparavelmente danificada.

Luffy se recusa a acreditar que Galley La não pode consertar o Going Merry. Os dois logo percebem que não apenas Usopp está faltando agora, mas as duas pequenas caixas que foram devolvidas a eles estão vazias. Nami decide ir até a Franky House e encontra Usopp no caminho em um estado lamentável. Enquanto ela volta para o navio em busca de ajuda, Usopp vai pessoalmente para a Franky House.

Quando eles estão de volta à nave, Luffy finalmente tem que dizer a Usopp que o Going Merry não pode mais ser consertado e que eles escolheram uma nova nave sem ele. Usopp acredita que Luffy abandonou a dignidade de seu navio e diz que está deixando a tripulação. Naquela noite, ele desafia Luffy para um duelo.

Usopp luta com Luffy para decidir quem fica com o Going Merry; ele luta mais forte do que nunca. Luffy realmente parece não representar nenhuma ameaça, mas o tempo todo ele está se lembrando dos grandes amigos que eles costumavam ser, navegando juntos no mesmo navio. Mesmo depois de levar uma surra dura, Luffy derrota Usopp. Eles deixam Usopp e o navio para trás.

Os Strawhats arrumam um quarto de hotel. Nami encontra a tripulação no telhado com notícias urgentes: Iceburg foi baleado. Enquanto a Galley La Company busca freneticamente por respostas, Nami e Luffy decidem verificar sua condição - apenas para serem encontrados por portões fechados. Franky aparece então para se vingar - com estilo.

Nas ruas fora do hospital, Luffy luta contra Franky. Lá dentro, Iceburg se lembra de ter visto Nico Robin e outro homem alto antes de ser baleado. A empresa Galley La corre para fora e pára Franky e Luffy e diz a eles que eles suspeitam dos Piratas do Chapéu de Palha do crime.

A Galley La Company continua a lutar contra Luffy e Franky está furioso porque eles roubaram seu oponente. Uma maré incrivelmente alta chamada "Aqua Laguna" está chegando e Chopper e Sanji correm para avisar Usopp. Luffy levanta o caos para se encontrar com Iceburg e exige saber o que está acontecendo. Iceburg diz que quer ver Robin mais uma vez.

Em um bar, Franky conversa com Kokoro sobre sua teoria sobre quem atirou em Iceburg. Os rumores de que ela fala parecem ter alguma verdade, já que vemos Robin se reunindo com alguém de uma organização chamada CP9. Enquanto a tripulação se esconde dos residentes furiosos, Sanji e Chopper descobrem Robin e ela conta o que eles temiam: ela é a responsável e quer se separar.

Chopper se reúne com os outros sem Sanji e eles discutem o que aconteceu. Luffy decide que para saber toda a verdade, eles devem capturar Robin. Usopp tenta consertar o navio o suficiente para resistir ao Aqua Laguna e aos Strawhats chegarem à Galley La Company.

Os Strawhats (ainda sem Sanji) correm para a Galley La, onde Robin e o CP9 começam um ataque. No quarto de Iceburg, Robin e o homem misterioso que Iceburg viu antes, dizem a ele que propositalmente colocaram a culpa nos piratas. O verdadeiro objetivo deles são as plantas que ele teria passado para Paulie. Luffy se separa de seu grupo.

Robin fala com Iceburg dentro de seu quarto ainda. Já sabemos que Robin pode ler os poneglyphs - e parece que Iceburg é o único com o projeto da arma definitiva, Pluton. Os verdadeiros inimigos são revelados como aliados de Iceburg. Em outro lugar, Luffy está amarrado com Paulie depois que Paulie diz aos membros do CP9 que seus projetos são falsos.

Lucci conta a Iceburg sua hipótese e faz Kaku checar seu pulso para saber se as coisas que ele diz são verdadeiras. Eles suspeitam que o amigo do passado de Iceburg, Cutty Flam, é realmente Franky e isso se revelou verdade. Portanto, Franky tem as plantas reais. Os Piratas do Chapéu de Palha e Paulie invadem a sala onde encontram Iceburg e o CP9.

Luffy e os outros pedem que Robin volte para a tripulação. Ela se recusa e diz a eles que não poderá realizar seu "desejo" se ficar com eles. Robin se vira para sair e o CP9 tenta conter os piratas. Robin escapa com sucesso e Lucci mostra aos restantes sua "transformação".

A transformação de Lucci é resultado de uma Akuma no Mi; um leopardo do tipo Zoan. Ele rapidamente descarta a tripulação e o CP9 amarra Paulie e Iceburg, deixando-os sozinhos enquanto o prédio queima lentamente ao redor deles. No esconderijo subterrâneo de Franky, Usopp conta sua história e Franky é tocado. Em troca, Franky conta a ele um pouco sobre as contribuições de Tom para o Water Seven.

Usopp acredita que quem consertou o Going Merry em Skypeia foi realmente o próprio Going Merry. Franky diz que o navio era habitado por um espírito que entra em navios que são muito bem cuidados. O espírito consertou seu navio apenas o suficiente para eles alcançarem a próxima ilha. A campainha toca do lado do mar e o Galley La Foreen entra.

Os capatazes descobrem o quarto oculto de Franky e ele teme que eles atropelem suas memórias. Um longo flashback se segue, cobrindo o passado de Franky em Tom's Workers e como ele e Iceburg ajudaram a criar o Sea Train.

Spandam, um representante do CP5, estava determinado a fazer com que Tom fosse considerado culpado em seu julgamento para que ele pudesse obter as plantas. Quando Franky entrou na cidade, pessoas do governo começaram a atacar com os navios de guerra que ele havia construído pessoalmente. Tom e Iceburg correm para seu estaleiro, onde são atacados por dois navios que também destroem os outros. Iceburg diz a Franky que ele deve assumir a responsabilidade ou nunca o perdoará.

Franky disse que se um navio dele fosse usado como arma, então não é mais um de seus navios. Isso enfureceu Tom e ele deu um soco em Franky pela primeira vez, dizendo que ele tinha que se orgulhar dos navios que criou. Ele então disse ao juiz que aceitaria a punição por seu crime anterior e pelo ataque recente. Franky tentou parar o trem para Enies Lobby com as próprias mãos.

Chopper escapa do prédio em chamas com Paulie e Iceburg nas costas e desmaia do lado de fora. Iceburg diz a Nami que o CP9 ameaçou destruir os chapéus de palha se Robin não cooperasse com eles. Nami corre para contar a Chopper para que eles possam ir procurar o resto da tripulação. Em outro lugar, os capatazes soltaram Going Merry para que ela fosse destruída no mar.

Paulie ajuda a limpar o nome dos Strawhats, mas não conta à multidão tudo o que sabe. Ele faz com que a multidão siga Chopper para que possam procurar o resto da tripulação. Nami segue seu próprio caminho para que ela possa correr para o Sea Train. Conforme Nami se aproxima da estação, Sanji, à frente dela, se aproxima do trem

Nami e os condutores são resgatados por Paulie quando o Aqua Laguna inunda a estação principal. Um homem entrega a Nami uma carta que encontrou de Sanji. Informa que Usopp, Franky e ele estão a bordo do trem que acabou de partir. A bordo, ele invade os carros. No alto da cidade, Nami fala com Kokoro e avista Luffy, preso entre dois prédios, nas ruelas onde o Aqua Laguna vai bater primeiro.

Nami finalmente alcança Luffy e diz a ele que ele precisa se apressar antes que Robin alcance Enies Lobby. Chopper encontra Zoro e lhe entrega o Sandai Kitetsu para que ele possa escapar da chaminé. Luffy empurra os edifícios entre os quais estava preso e Paulie agarra todos eles para que possam escapar da onda enorme do Aqua Laguna.

Sanji luta para passar por outro vagão e encontra Usopp e Franky. Vendo o quão determinado Luffy está em salvar Robin, Kokoro e Iceburg empresta a tripulação do Chapéu de Palha o uso de outro trem marítimo, Rocket Man. A família Franky aparece, implorando a Luffy para deixá-los se juntar a eles, porque eles farão qualquer coisa por seu líder.

O Homem-Foguete finalmente consegue chegar ao mar. Enquanto o trem se conecta com os trilhos, Luffy tem que resgatar Chimney antes que ela seja jogada pelo vento. Nesse ínterim, Iceburg tem um flashback sobre quando ele finalmente encontrou Franky novamente em Water Seven. Com Luffy e Chimney seguros no trem, Paulie diz a seus colegas carpinteiros quem são os verdadeiros culpados. Os Strawhats, Franky Family e Galley La Company formam uma aliança.

Luffy e Zoro executam um movimento que funciona como um canhão e abre um buraco na parede da onda à frente deles, abrindo um canal para eles passarem. Eles milagrosamente passam ilesos e os passageiros se alegram. Sanji contata o resto da tripulação e os informa sobre sua situação atual. Usopp se separa deles, mas depois, quando Sanji e Franky são vistos, um homem chamado Sogeking vem em seu socorro.

Sogeking faz sua grande entrada. Franky e Sanji não se deixam enganar por sua fantasia, mas tentam agradá-lo. Eles traçam um plano primeiro, depois destacam os dois últimos carros e abrem caminho através do resto. De volta ao Rocket Man, Luffy, Zoro, Nami e Chopper trocam de roupa; Nami mostra a arma que Usopp atualizou para ela enquanto ele ainda estava com eles.

Kalifa atualiza o CP9 sobre a situação com Franky, Sanji e Usopp. Sanji diz a Franky e Usopp para irem sem ele para que ele possa lutar contra Wanze e seu "Ramen Kenpo". Franky começa a lutar com Nero, "Weasel" do CP9, e Sogeking se encontra com Robin.

A luta de Franky com Nero continua. Nero descobre que o ponto fraco de Franky são as costas, então Franky se deita de forma que ele não possa pegá-lo. Nero exige que ele lute seriamente, então Franky se levanta para executar sua forma de "Centauro". Sogeking conversa com Robin e diz a ela que a tripulação sabe dos motivos dela para partir. Aqueles no Homem-Foguete encontram os carros descartados e Zoro os corta para que possam passar.

Zoro entra em conflito com "Ship Cutter" T-Bone. A luta é curta e Zoro se junta à tripulação novamente no Rocket Man. No Puffing Tom, Sanji bate Wanze em beleza, embora Wanze pense que ele arruinou seu rosto. Franky finalmente ganha a vantagem contra Nero e o derrota. Depois de derrotar seus respectivos oponentes, Franky e Sanji lutam contra o outro PC9.

Depois de se esconder sob a capa de Robin por alguns episódios, Sogeking finalmente se mostra. Eles entram na sala com o CP9 e se encontram com Sanji e Franky. Sogeking produz uma cortina de fumaça. Os quatro entram em outro carro, desmontam-no e fogem. No entanto, não demora muito para que Blueno retire o carro. Franky derruba a parede para que eles possam escapar, mas acaba no carro inimigo. Blueno abre uma porta e depois volta para o carro do Chapéu de Palha.

Robin voluntariamente segue Blueno em sua porta improvisada e Sogeking e Sanji são deixados sozinhos. Por um tempo, Blueno explica um pouco do passado de Robin envolvendo o Buster Call. De volta ao Homem-Foguete, o sapo Yokuzuna pula para a frente do trem, derrubando-os dos trilhos. Depois que Kokoro fala com ele, ele se junta ao grupo. O CP9, Franky e Robin finalmente alcançam Enies Lobby e desembarcam.