ルフィの夢の果て──それを初めて知った麦わらの一味。海賊王にならなければムリな夢だ。最後のロードポーネグリフを発見できればラフテルに辿り着けると笑うフランキーに、ロビンは、その手がかりが全くないのだと話す。その頃、海軍は、ルルシア王国に潜伏するサボから革命軍の仲間たちへの通信を傍受していた。コブラ王を暗殺したのは自分ではない、と言うサボ。だが、マリージョアでとんでもないものを見たという。「レヴェリーが行われたパンゲア城……その虚の玉座には──！」サボが何かを伝えようとしたその時、ルルシア王国に落ちる巨大な影が…。そして無数の光の柱が降り注ぎ──ルルシア王国は跡形もなく破壊されたのだった。

数日後、新世界の海を航行するサニー号は空中に浮かぶ巨大な暖水渦に遭遇する。その中から聞こえてくる誰かの悲鳴。ゾロが暖水渦を切断すると飛び出してきたのは最悪の世代の一人、ボニーだった。ルフィは強風に吹き飛ばされたチョッパーを助けるのと同時にボニーも救出るが、その直後、サニー号の真下に不気味な影が現れる……！！

新たな冒険へと出港した麦わらの一味は、海上で巨大なサメと遭遇する。その勢いでルフィ、チョッパー、そして海中から出て来た謎の少女は海に落下してしまう。

サニー号を持った巨大ロボから出て来たのがドクター・ベガパンクと知り、興奮するフランキー。一方、サンジはドクター・ベガパンクが美女であることに興奮する。

世界政府の船がエッグヘッドへ向かっている。船内では、ロブルッチ、カク、ステューシー……サイファーポール・イージス０の三人が話し合っていた。

悪魔の実狩りで次々に仲間たちを能力者に変えてきた黒ひげはロード・ポーネグリフを狙ってローを強襲してきた。シクシクの実の能力者、ドクＱは病を伝染させる。ワプワプの実の能力者、ヴァン・オーガーは瞬間移動。リキリキの実の能力者・バージェスは超怪力。さらにウマウマの実幻獣種・モデル「ペガサス」の馬、ストロンガー。ハートの海賊団は彼らの能力に翻弄され、あろうことかローの体がドクＱによる「女になる病」にかかって女体化。しかもそのローにふれたクルーも同様の現象がおこり、ポーラーダンク号船内は騒然となる。ローはこの病を破るため、覇気を発動する。過剰な覇気に〝能力〟は通じないのだ。覇気によって元に戻ったローはただちに反撃に移った。

ローは能力を駆使して黒ひげを追い詰め、クルーたちは水中戦を仕掛けて黒ひげの船を攻撃する。海軍でも、二人の激突はサカズキに報告されていた。爆発の衝撃に揺れる黒ひげの船の中には、ホールケーキアイランドから拉致されてきたプリンがいた。その拉致にはなんとクザンが関わっていたのである。そして、勝者島ではついにローと黒ひげの一対一の勝負が始まっていた。

くまの姿をしたパシフィスタが、ルフィ、ジンベエ、チョッパー、ボニーを捕らえようと襲い掛かって来る。強烈なレーザー攻撃を繰り返すパシフィスタに、ジンベエは反撃を試みる。しかしその時、ボニーが「待て！」と叫ぶ。ボニーは、たとえパシフィスタであっても、自分の父であるくまの姿をした相手が傷つけられるのを見たくない。ボニーが自身の能力で一同の年齢を操作し、たちまち老人となるルフィ達だったが、おかげでパシフィスタの認証をごまかすことに成功。パシフィスタは去っていく。ボニーは、父は暴君ではなかったと主張し、改造人間化は死刑と同じだと叫ぶ。

一方、麦わらの一味はリリスの操縦するベガフォース０１に乗り、エッグヘッドの研究層へと降り立った。ブルックとサンジは船に残り、他の者は未来服に着替える。ラボへと繋がる自動階段を登っていきながら、リリスは自らの研究について語った。更に先を進んで行くと、エジソンから連絡が入り、「まっすぐ進め」と命じる。するとその先に厳重な扉があり、その扉の向こうに姿を現したのは子供のようなジンベエ。しかし異様な雰囲気を放ち、褐色の肌と黒い翼という、ジンベエにはない特徴を備えている。それはジンベエの姿をしたパシフィスタだった。パシフィスタは一同に襲い掛かって来る。その頃、廊下でシャカが通話している。そのの通話相手は、ドラゴンであった。

セラフィム・Ｓシャークが、ラボ内部のナミたち五人に襲いかかった。ジンベエそっくりのクローン兵であるＳシャークに手を出せないナミたち。だが、攻撃を食らったナミを見て、サンジの怒りが爆発。サンジ、そしてロビン、ウソップ、フランキーは、それぞれ得意技を放って反撃する。その様子を、ドクター・ベガパンクのサテライトであるエジソンたちがモニター越しに見つめていた。ベガパンクは麦わらの一味を相手に、Ｓシャークの戦闘データを収集していたのだ。個性豊かなサテライト＝６人のベガパンクはいがみ合い、言い争い、そして協力しながら作業を続ける。ナミたちとＳシャークの戦いは白熱するが、サテライトの一体であるシャカがやって来て制した。

同じ頃、ルフィはチョッパー、ジンベエ、ボニーとともにスクラップ場に来ていた。山と積まれたベガパンクの発明品の残骸。その中に、古くて巨大なロボットの姿があった。シャカによれば、それは９００年前に実在した高度な文明を持つ“王国”で建造されたものだという……。

ベガパンクのサテライトの一人・シャカは、エッグヘッドのような高い文明を持つ国が900年前に実在していた事をロビン達に語り始める。空白の100年とは現在の世界政府である20の国々とその王国の戦いの歴史であり、世界政府は勝利後、王国のすべてを歴史から消し去ってしまった……。ロビンの故郷であるオハラが壊滅したのも、その王国の存在に気づいてしまったことが理由ではないか？　そう仮説を唱えるシャカに、オハラの文献は失われてしまったのにどうやって王国のことを調べたのか、と詰め寄るロビン。

実はベガパンクは事件後に廃墟と化したオハラを訪れており、その湖で、学者達が自らの命と引き換えに守り抜いた大量の文献を見つけていたのだのだと言う。母達の想いが果たされていた事を知り、涙を溢れさせるロビン。文献は今どこにあるのか、と尋ねる彼女にシャカはオハラで出会った者達について語り始めるのだった。一方その頃、スクラップ場で巨大ロボットを発見してはしゃいだルフィ達は、突然の衝撃と共に現れた謎の老人と遭遇していた……。

ロビンはシャカから「オハラの意志は生きている」と聞いて涙をこぼす。シャカ（ベガパンク）は、オハラが壊滅したバスターコール事件より数か月後に自身が見たことを話して聞かせる。２２年前――。壊滅したオハラを訪ねたベガパンクは湖に沈められた大量の文献を引き上げている数人の巨人族の姿を目撃する。現れたドラゴンによると、彼らは文献の価値を知っており、盗賊ではないという。花を手向ける二人だったが、ドラゴンは今回の事件を機に、軍隊を作ると宣言。その年の内に、ドラゴンはエンポリオ・イワンコフ、バーソロミュー・くまと共に『革命軍』は結成された。一方、ベガパンクは、内密にエルバフを訪ね、オハラの読み解いた世界の謎の研究を進めてきたのだという……。驚愕の過去を知り、唖然のナミ達。そして、ロビンはベガパンクの示唆した全身に包帯を巻いた妙な男とは、亡くなったと思っていた友人・サウロであると気づき、大粒の涙をこぼす。

一方、スクラップ場に来ていたルフィ達とボニー。ベガパンク本体の肥大していたはずの頭がバッサリ切られている理由が、彼がノミノミの実の脳ミソ人間であり、現在はその知識を『パンクレコーズ』に格納し、頭につけたリンゴ型アンテナの通信で受け取っていると知る。一味が出会ったシャカ、リリス、エジソン、ピタゴラス、アトラス、ヨ―クの６人はベガパンクの人格を６分割した分身だったのだ。自身と同じように、いずれは世界中の人類がこのパンクレコーズにアクセスし、体験と知識を同期し、共有できるようにとベガパンクは研究を進めているようだ。だが、科学を前に進めるために父親であるくまを戦闘兵器に変えたベガパンクを責めるボニー。ルフィは、鎮座する巨大ロボもベガパンクが作ったのかと尋ねるが、「こいつは２００年程前に聖地マリージョアを襲っていたという伝説の鉄の巨人！！」とベガパンクは言い放つ！

スクラップ場で語られる、ベガパンクの過去。なんとルフィたちの目の前に佇む巨大なロボットは、かつて聖地マリージョアを襲った伝説の鉄の巨人だった。

エッグヘッド近海では、サイファーポールの船とシービーストウェポン達が対峙していた。撤収を要請するピタゴラスに埒が明かないとみたルッチは強襲を決行する。

エッグヘッドに上陸を果たしたルッチたち、CP0。対抗するベガパンクだったが、成すすべもなく倒されてしまう。そこにルフィたちが駆け付ける。

ギア5を発動するルフィに、ルッチも覚醒し、激化する戦闘。その最中、背中を貫かれ戦桃丸が倒れる。追撃を加えようとするルッチだったが間一髪、ルフィが防ぐ。

CP-0 enters the Labophase and starts attacking the Thousand Sunny as soon as they find it. Luffy reunites with Nami and the others but finds out that Vegapunk is missing. Meanwhile, Bonney is pressing Vegapunk to change back her father Kuma.

The Seraphim come following CP-0 to the Labophase, pitting Zoro and Brook against the seven of them. Sanji, Franky, Edison, and Lilith leave the lab to fight them, but the Seraphim launch a full-scale attack on the lab.

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