Quando há uma onda de tiroteios aleatórios em Shinjuku, uma irmã de uma das vítimas quer que Ryo pegue o assassino e o leve à justiça. Mas Ryo pode dizer que há muito mais do que justiça em que seu cliente está interessado.

A cliente de Ryo é filha de um cientista conhecido que desenvolveu um micróbio mortal que poderia tornar a humanidade estéril. Seu cliente quer que ele a proteja a todo custo enquanto ela desenvolve uma vacina, mas se ela for capturada, ela quer que ele a mate antes que os terroristas possam extrair dela o conhecimento do micróbio.

Um boxeador é morto em uma luta pelo título de campeão, e Ryo deve lidar com o rival da vítima obcecado por glória. Ao mesmo tempo, ele deve lidar com a namorada do boxeador, cuja dor não está apenas em seu coração, mas também em seu corpo.

O parceiro de Ryo, Hideyuki, está frenético com o desaparecimento de sua irmã Kaori, pois uma onda de sequestros de mulheres varreu Shinjuku. Enquanto tenta encontrar a irmã de seu parceiro, ele se depara com um homem que não é quem parece ser. Juntos, eles devem descobrir o segredo dos sequestros.

Hideyuki é morto no aniversário de Kaori quando ele se recusa a fazer um pedido para o chefe de um poderoso sindicato do crime. Ryo deve vingar sua morte.

Como Kaori assume como novo parceiro de Ryo, Ryo é chamado para resolver uma série de incidentes envolvendo a atriz Yumiko Sato. Enquanto ele se aprofunda no mistério, ele se depara com um poderoso adversário, bem como um cliente que pode ter um desejo mortal de morrer.

O cliente de Ryo é um homem que quer fingir sua própria morte para se livrar de um político poderoso para que ele possa se reunir com sua filha. O homem admite ser covarde, mas ele é mais do que aparenta. Ryo deve se disfarçar de assassino não apenas para salvar seu cliente, mas para garantir que os homens que trabalham para o político não incomodem seu cliente novamente.

Um detetive da polícia chamado Saeko Nogami contrata Ryo para obter uma coroa contendo um microchip que roubou planos secretos dentro. Enquanto Ryo concorda em fazer seu trabalho, ele aguarda seu ""pagamento"", o que deixa Kaori confusa sobre como esse pagamento seria aplicado.

Ryo deve proteger uma adorável dealer de cassino enquanto ela se prepara para um confronto com um sindicato rival para ganhar sua liberdade. Enquanto isso, Ryo enfrenta um jogador poderoso que explora ao máximo as fraquezas de Ryo.

Ryo é levado a fazer um trabalho de guarda-costas para a filha de um chefe da Yakuza sendo perseguido por uma equipe de motoqueiros. Ryo percebe que a filha é a líder de uma gangue feminina em sua escola e descobre que há muito mais do que o chefe da Yakuza está pedindo.

Ryo é solicitado a ajudar uma ladra a roubar uma tulipa negra de um vidente fraudulento. Kaori descobre que o mordomo do vidente tem uma queda por ela e decide que pode ser útil para obter a planta.

Ryo deve proteger uma mulher e um menino de outro país de serem sequestrados por agentes estrangeiros. Kaori logo descobre que as ações e o comportamento do menino são exatamente como os de Ryo.

Ryo é designado para proteger a jovem ídolo pop Nagisa de um fanático desconhecido, porém ele está mais interessado em sua empresária. No entanto, acontece que Nagisa está muito atraída por Ryo e Ryo decide usar isso a seu favor para garantir sua segurança.

Saeko pede a ajuda de Ryo para resolver os desaparecimentos de mulheres bonitas em Shinjuku. As apostas são ainda maiores quando Kaori, confundida com uma bela mulher, também é sequestrada. Ryo encontra o mentor do esquema, uma mulher supostamente bonita que pode não ser quem parece ser.

Ryo é solicitado a proteger a filha de um magnata morto que afirma que Ryo a salvou de sequestradores uma vez antes. Enquanto Ryo tenta descobrir quem está tentando matá-la, sua madrasta surge como uma suspeita muito provável, mas está sendo controlada por outra pessoa.

Uma velha amiga de Kaori está sendo perseguida por personagens estranhos que estão atrás de relógios de aparência estranha que foram colocados em sua bolsa. Apesar dos esforços de Kaori para mantê-la longe de Ryo, Kaori é sequestrada pelos homens e Ryo e seu amigo devem resgatá-la.

Ryo é recrutado pelo assistente de um famoso estilista depois que seus designs foram roubados por seu chefe.

Empresário corrupto, um assassino incompetente e uma velha complica o trabalho de Ryo para proteger uma bela médium.

Ryo é convidado a investigar ameaças feitas a mulheres que participam de uma audição para um filme com um ator bonito. Uma dessas senhoras presentes nesta audição espera se reunir com seu pai há muito perdido, o diretor do filme.

Ryo é contratado para defender uma princesa da selva de membros de sua própria tribo com a intenção de quebrar seu isolamento do mundo moderno.

Quando Ryo se encontra em um hotel com Saeko, ele é forçado a aceitar um emprego para proteger um ex-magnata de jornal do assassino que ele mesmo contratou.

Enquanto bisbilhotando um show de lingerie, Ryo se depara com uma mulher que roubou um lindo colar de diamantes de um jovem rico. A mulher pede a Ryo para ser seu amante, mas Ryo está ciente de que há mais em sua história do que aparenta.

Uma noiva literalmente cai no colo de Ryo e junto com ela, alguns capangas contratados pelo noivo rejeitado. Enquanto tenta se aproximar dela no meio da noite, Ryo é picado por uma abelha experimental, mas mortal. A noiva tem o antídoto, mas como Kaori descobre, tem efeitos colaterais "terríveis", principalmente mostrando o lado feminino de City Hunter.

A fim de descobrir quem está mirando uma enfermeira que deve receber uma grande herança, Ryo quebra o pé e acaba no mesmo hospital em que a enfermeira está hospedada. Enquanto Ryo não deve dizer à enfermeira que ela está sendo alvo, ele também descobre que ela não tem experiência suficiente como enfermeira.

Ryo se une a uma bela agente americana para descobrir quem está contrabandeando tanques do Japão.

Quando um pai solicita os serviços de City Hunter para proteger sua filha de alguém que a persegue no trabalho, ele descobre que o perseguidor é City Hunter. O pai então pede que City Hunter convença sua filha a deixar o emprego, pois sente que ela pode estar em perigo de outros perseguidores. Ryo percebe que a jovem viveu uma vida protegida e decide ensinar-lhe algumas lições de amor.

Umibozu retorna para pedir a Ryo que o ajude a proteger Maki, a filha de seu antigo mentor. Ryo fica sabendo da história de Daddy Longlegs e que Umibozu a apoia à distância. Ryo finge tomar o lugar de Umibozu e então tenta muitas oportunidades para dormir com Maki.

Umibozu revela que o homem depois de Maki é Snake, um ex-camarada que traiu Umibozu e seu pai. O confronto final entre Umibozu e Snake acontece em um teatro onde Maki está se apresentando em seu show. Ryo revela a Maki quem realmente é seu "Papai Pernas Longas".

Uma jovem consegue convencer Ryo a ajudar seu ídolo, um escritor infantil em ascensão, de valentões corporativos que representam uma editora. O preço: 500 ienes.

Um sobrinho de um rico explorador desaparecido procura os serviços de Ryo para protegê-lo de sua tia que busca obter a fortuna de seu tio. No entanto, o jovem sobrinho começa a ter sentimentos de afeto por Kaori. Kaori, enquanto isso, está aproveitando esta oportunidade para ver como Ryo reage à presença de um "rival".

Ryo e Kaori se deparam com dois trabalhos opostos envolvendo as mesmas pessoas. Kaori é contratada por um membro de uma gangue de motoqueiros que quer que ela finja ser sua namorada para desviar a atenção da filha de um magnata. E Ryo é contratado pela filha para convencer o motoqueiro a deixar sua gangue e viver uma vida normal.

Quando Ryo é contratado por Saeko para atrair um assassino conhecido, o assassino percebe e lança um desafio formal a Ryo.

Umibozu é ferido ao proteger uma pianista por quem tem afeição. Ele pede a ajuda de Ryo para ajudar a proteger a garota de um político corrupto envolvido em um escândalo de suborno e que está tentando relatar a história em homenagem ao noivo morto.

Uma jovem vem até Ryo alegando que ele é seu pai. Mas tudo isso é um ardil de uma mãe desesperada para protegê-la do pai de seu falecido marido que pretende tirá-la de sua mãe. Ryo e Kaori desenvolvem um vínculo com uma garotinha e Ryo percebe que o pai do falecido marido não é tão ruim quanto retratado.

Ryo é designada para proteger uma repórter famosa enquanto ela tenta cobrir uma reportagem envolvendo um político corrupto e a Yakuza.

Ryo deve tentar verificar se a filha adotiva de um rico magnata está tentando se matar. A filha, no entanto, sustenta que é seu pai adotivo que está tentando matá-la. Na verdade, isso faz parte de um esquema de extorsão de partes desconhecidas.

Quando Hoodlums tentam assediar o dono do café de Otora para vender seu negócio, Ryo intervém com a ajuda de uma jovem que afirma ser membro do Hanafubuki Gumi, um grupo que representa honra e dignidade. No entanto, os bandidos são membros do próprio Hanafubuki Gumi. Quando a filha Kikunosuke pede a Ryo para ensiná-la sobre honra e o jeito japonês, os bandidos de Hanafubuki Gumi retornam e sequestram Otora. Ryo e Kikunosuke devem resgatá-la e Ryo descobre que Kikunosuke é filha do líder do Hanafubuki Gumi.

Afastados do Hanafubuki Gumi, Kitoo e os outros bandidos planejam matar o pai de Kikunosuke e seu ex-líder. Enquanto isso, Kikunosuke, por ordem de seu pai, embarca com Ryo para aprender mais sobre dignidade e honra. Kaori vai ao pai de Kikunosuke com um pedido para permitir que sua filha viva uma vida normal.

Ryo encontra uma mulher que afirma ter amnésia e fica notoriamente bêbada depois de um gole. Ryo deduz que a garota não está realmente sofrendo de perda de memória e está tentando fugir de um fato esmagador.

Ryo é contratado por uma "varredora" que trabalha para a indústria de seguros. Seu objetivo é recuperar um diamante muito caro roubado de um magnata dos negócios. Uma vez recuperado, no entanto, o dono do diamante os trai e sequestra Aya. Ryo deve resgatá-la com a ajuda de Kaori.

Uma nova agência de investigação privada abre ao lado e é dirigida por Reika Nogami, irmã mais nova de Saeko Nogami. Enquanto Ryo faz avanços constantes em direção a ela, ele aprende sobre as táticas de chantagem de Reika contra os gângsteres da Yakuza, bem como a morte de seu ex-parceiro. Ele também descobre que alguém ordenou um ataque à própria Reika.

Reika explica a Ryo sobre como um policial corrupto está interferindo nas investigações de narcóticos e como seu ex-parceiro foi morto pela Yakuza e seu desejo de limpar seu nome. Isso leva a um confronto contra um atirador especialista e também coloca Ryo, Kaori e Reika na cadeia depois de serem armados pelo policial corrupto.

Ryo é solicitado a proteger uma famosa poetisa de um número crescente de perseguidores que a seguem. Quando Ryo descobre que os homens que a seguem não são perseguidores comuns, ele também descobre que sua cliente também não é uma garota comum.

Dois irmãos têm um punhado enquanto lidam com um pervertido supostamente atrás de sua irmã que trabalha como cabeleireira. Mas quando eles descobrem um estoque escondido de dinheiro roubado em um assalto em um canteiro de obras, sua irmã é sequestrada pelos ladrões e eles devem recorrer a City Hunter para obter assistência. O que eles não percebem é que o homem atrás de sua irmã não é outro senão o próprio Ryo.

Ryo e Kaori encontram Mariko, uma velha amiga de Kaori e aspirante a batedor de carteiras. Por preocupação com sua amiga, Kaori pede a Ryo para tentar convencê-la a desistir de bater carteiras. Ryo então lança um desafio: se Mariko pode roubar a Carteira de Ryo, então Mariko pode continuar como batedora de carteiras. Caso contrário, ela deve deixar a profissão. Mal sabem os três que Mariko foi alvo da Yakuza depois de roubar uma joia contendo arquivos secretos de uma filha de um chefe da Yakuza.

Ryo é contratada por Yuri, filha de um famoso jogador de sinuca, enquanto ela se prepara para uma partida que pode determinar o destino do clube de sinuca de seu pai. Ryo descobre que Yuri não é uma pessoa que se sai bem sob pressão e, como tal, tenta ajudá-la a superar essa desvantagem durante a partida.

Uma indicação de trabalho de Saeko faz Ryo proteger a viúva de um magnata morto de um extorsionário desconhecido. Ao mesmo tempo, o mordomo percebe que apenas Ryo pode ajudar a viúva a deixar de lado sua trágica perda.

Ryo encontra uma jovem e bela freira que perdeu sua cruz depois de uma noite na cidade.

Kaori tem um pesadelo recorrente sobre a morte iminente de Ryo. Enquanto isso, Umibozu escapa por pouco da morte nas mãos de três irmãos que são poderosos assassinos contratados pela máfia Lodos. Muito abalado e ferido, Umibozu tenta encontrar Ryo. Ao mesmo tempo, Saeko e Reika contratam Ryo para ajudá-los a prender uma quadrilha de contrabando liderada pela máfia Lodos em um grande baile de máscaras. Os três irmãos assassinos percebem e decidem usar isso a seu favor. Seu objetivo: matar Ryo usando Kaori Makimura como refém.

Com Kaori sequestrada pelos três irmãos assassinos, a máfia Lodos lança um desafio formal a Ryo. Ryo, com a ajuda de Umibozu, se infiltra no barco Lodos Mafia em busca de Kaori. Kaori percebe que seus pesadelos prevendo a morte de Ryo podem ser verdade.