It's the late 22nd century, and the Jovian lizards are attacking Earth. Nergal Heavy Industries decides to build its own battleship, the Nadesico. Captained by the ditsy yet tactically brilliant Yurika Misumaru, and crewed by an bunch of misfits, how will the Nadesico fare in its first battle against the Jovians?

西暦2196年。人類が謎の敵｢木星蜥蜴｣の攻撃を受けて1年が経過し、ネルガル重工はスキャパレリ・プロジェクトを発動する。そんな中、幼なじみのミスマル・ユリカと偶然再会したテンカワ・アキトは、彼女を追ってネルガル重工の地下ドックに向かい、未知の魅力を秘めた新造戦艦・ナデシコと運命の出会いを果たす。