Die Masons und die Verbliebenen der 2nd Mass werden von einer neuen Alien-Kriegsmaschine überrascht, die alles bisher Gekannte in den Schatten stellt. Tom und seine Familie werden durch die Attacke getrennt und jeder muss sich allein durchschlagen. Tom wird unter falscher Identität gefangengenommen, Hal findet einen neuen Verbündeten und Ben verschanzt sich gemeinsam mit Lourdes, Maggie und Lexi.

Tom wird von den Espheni in ihren Plan eingeweiht, der ihn vor eine schwerwiegende Entscheidung stellt und womöglich seine Familie in Gefahr bringt. Unterdessen schaffen Weaver und Pope den Ausbruch aus dem Espheni Gefängnis und Matt hält sich weiter undercover im Camp der Espheni auf. Ann sucht verzweifelt nach ihrer Tochter Lexi, in deren wachsenden Kräften Ben eine immer größere Gefahr sieht.

Tom und die Mitglieder von 2nd Mass schmieden einen Plan, um aus dem Espheni-Ghetto zu entkommen. Maggie erfährt von Lexis heimlichem Treffen mit dem Feind und Matt versucht, Mira einen extrem gefährlichen Fluchtplan auszureden. Während Anne mit einer Truppe Guerrilla-Kämpfern die Wälder durchkämmt, offenbart sich ihr ein schreckliches Geheimnis über Lexi.

Nach erfolgreicher Flucht suchen Tom und die 2nd Mass Schutz bei den Volms. Doch bald kommt es zu Spannungen zwischen Menschen und Aliens. Tom erfährt von Matts Aufenthaltsort und zieht gemeinsam mit Weaver und Cochise los, um ihn zu befreien. Als Anne und Lexi sich wiederfinden, muss Anne feststellen, dass sich ihre Tochter stark verändert hat.

Nach Matts Befreiung trifft Tom auf zwei mysteriöse Fremde, die ihm und seiner Familie nicht freundlich gesinnt sind. Hal versucht nach dem Kampf die verbliebenen Volm und die 2nd Mass in Sicherheit zu bringen. Währenddessen eskaliert ein Streit zwischen Anne und Lexi – mit schwerwiegenden Konsequenzen.

Nach Monaten der Trennung finden Tom, seine Familie und 2nd Mass endlich wieder zueinander. Aber der glückliche Moment währt nicht lange, als sich Lexis Gesundheitszustand stark verschlechtert. Über die Frage, wie man Lexi helfen kann, bricht Streit in der Gruppe aus. Die verzweifelte Anne würde alles tun, um ihre Tochter zu retten.

Lexi wird mit neuen, noch größeren Kräften wiedergeboren und beschließt, sich den Espheni anzuschließen. Kurz nach diesem Verlust erfährt Tom, dass sein Feind, der Overlord Scorch, seinen Aufenthaltsort kennt und auf dem Weg zu ihm ist, um Vergeltung zu üben. Tom und die 2nd Mass müssen Seite an Seite mit den Volm gegen die Espheni-Attacke standhalten.

Maggie ist im Kampf schwer verwundet worden – nur ein Wunder kann sie jetzt noch retten. Währenddessen sind Tom und Dingaan, die unter einem Trümmerhaufen verschüttet wurden, auf die Hilfe eines feindlichen Schiffes angewiesen.

Die Überlebenden Mitglieder der 2nd Mass finden eine nützliche Waffe, während Tom und ein kleines Team gemeinsam mit den Volm zu einem geheimen Vorratslager aufbrechen. Auf dem Weg dorthin trifft die Gruppe auf Mira. Aber kann man ihr wirklich trauen? Im Camp kommen sich Maggie und Ben näher, Sarah und Pope geraten derweil in einen schweren Streit.

Tom und die Überbleibsel der 2nd Mass planen mit Hilfe der gefundenen Maschine die Zerstörung der Espheni-Kraftquelle – ein überaus gefährliches Unterfangen. Die allgegenwärtige Bedrohung entfesselt lang schwelende Zwistigkeiten in der Gruppe. In der Zwischenzeit entwickelt Lexi ihre Kräfte weiter und plant eine Rebellion gegen ihren Espheni-Vater.

Toms Mission, die Kraftquelle der Espheni zu zerstören, wird durch Lexis Rückkehr ins Camp komplizierter als gedacht. Schließlich nimmt Lexi Bens Platz als Teil der Mission ein und bricht gemeinsam mit Tom auf. Die beiden geraten in große Gefahr, als Schwierigkeiten auftreten und Lexi stößt an ihre Grenzen, um ihren Vater zu retten.

Kurz vor dem Ziel kommt Tom und Lexi der Beamer abhanden. Das Schicksal der gesamten Menschheit hängt nun von den beiden ab. Sie müssen Toms Erzfeind besiegen und einen Weg finden, die Kraftquelle der Espheni zu zerstören. Unterdessen werfen die Espheni eine weitere tödliche Bombe über Chinatown ab, die die gesamte 2nd Mass dort einschließt. Es scheint kein Entrinnen zu geben.