Die dritte Staffel beginnt sieben Monate nachdem die 2nd Mass in Charleston eingetroffen ist. Tom wurde zum Anführer der Überlebenden gewählt und hat alle Hände voll zu tun, den Widerstand zu organisieren. Toms Entscheidung, sich mit den Alienrebellen zu verbünden, sorgt für Unruhe. Hal leidet unter Albträumen, die so real sind, dass er oft nicht weiß, ob er gerade wach ist oder schläft.

Als die Kämpfe zwischen den außerirdischen Invasoren und der Widerstandsgruppe immer heftiger werden, bittet Tom den Wissenschaftler Roger Kadar um Hilfe. Er soll einen Weg finden, die Aliens von ihrer Energieversorgung abzuschneiden. Indessen verstärkt sich der Verdacht, dass sich unter den Widerstandskämpfern ein Spion befindet. Anne hat das Gefühl, dass mit ihrem Baby irgendetwas nicht stimmt.

Der zweite Jahrestag der Alieninvasion steht bevor. Die Überlebenden in Charleston bereiten sich auf einen weiteren verheerenden Angriff vor, als einige Mitglieder der 2nd Mass plötzlich von einem mysteriösen Scharfschützen unter Beschuss genommen werden. Hal glaubt zu wissen, wer der Verräter unter den Überlebenden ist und Anne zweifelt immer mehr daran, dass mit ihrem Baby alles in Ordnung ist.

Nachdem die Überlebenden von Charleston einen weiteren Alienangriff zurückgeschlagen haben, wird Tom eingeladen, einen mächtigen Anführer zu treffen. Während Hal mit sich selbst ringt, versucht Ben sich an die Vorstellung zu gewöhnen, wieder voll und ganz zum Mensch zu werden. Anne erhält alarmierende Informationen.

Tom und Pope geraten bei einer Mission in ernsthafte Schwierigkeiten. Währenddessen ist Weaver verzweifelt auf der Suche nach zwei vermissten Mitgliedern der 2nd Mass. Marina setzt sich über Toms Autorität hinweg und nimmt die Dinge in Charleston selbst in die Hand.

Hal spricht erstmals über seine inneren Konflikte und Zweifel. Lourdes experimentiert mit einer riskanten medizinischen Methode. Ein große Gruppe Überlebender verlässt Charleston und bricht zu einer Such- und Rettungsmission auf.

Die Masons geraten auf einer Mission an eine Gruppe von Outlaws. Gerüchte über eine zerstörerische Alienwaffe führen währenddessen unter den Überlebenden zu Meinungsverschiedenheiten. Die Suche nach einem frei herumlaufenden Killer gerät ins Stocken.

Auf seinem Rückweg nach Charleston macht Tom überraschende und erschreckende Entdeckungen. Weaver und Pope geraten indes über die Frage einander, wie mit einem vermeintlichen Maulwurf umgegangen werden soll.

Tom erhält vertrauenswürdige Informationen über die Pläne der Aliens. Währenddessen wird in Charleston eine Offensive gegen die Espheni vorbereitet, aber eine gewaltige Explosion bringt den Angriff ins Stocken. Die Identität des Maulwurfs kann endlich geklärt werden.

Der 2nd Mass gelingt es, eine bedeutende Basis der Espheni zu zerstören und damit einen unbarmherzigen Gegner zu bezwingen. Neue Wesen aus dem Weltall treffen auf der Erde ein. Das Schicksal der Überlebenden bleibt ungewiss.