Nos arredores de Charleston, a poucos passos da segurança percebida, o Clã Mason e a 2ª Mass restantes de repente se encontram sob ataque brutal por uma nova máquina de guerra Espheni - e uma nova criação mortal diferente de qualquer coisa anteriormente encontrada. Divididos como chattel e espalhados aos ventos, os maçons devem forjar novas relações e habilidades para sobreviver.

Os Espheni revelam seu novo plano para Tom, e ele está diante de uma decisão impossível. Enquanto isso, Weaver e Pope investigam uma saída da prisão Espheni, enquanto Matt luta para esconder sua verdadeira lealdade dos "Líderes de Equipe" no Acampamento juvenil Espheni. Em outro lugar, Anne lidera uma busca exaustiva por sua filha Lexi, enquanto as preocupações de Ben sobre os poderes crescentes de Lexi descobrem um segredo devastador que ela tem guardado.

Tom e a 2ª Mass eclodem um plano elaborado para escapar dos limites do gueto espheni. Enquanto isso, de volta a Chinatown, depois de saber com Ben que Lexi tem mantido um segredo mortal, Maggie confronta Lexi publicamente. No Acampamento juvenil Espheni, Matt tenta convencer Mira a sair de um perigoso plano de fuga. Enquanto caminha pela floresta com seus guerrilheiros, Anne tem um flashback de seu tempo na Torre Espheni com Karen, onde um segredo aterrorizante sobre Lexi é revelado.

Depois de fugir do gueto Espheni, Tom e a 2ª Mass buscam refúgio em um esconderijo de Volm, onde as tensões aumentam entre os volm e os humanos. Tom parte com Weaver e Cochise para encontrar Matt, deixando Hal no comando. Enquanto isso, em Chinatown, Anne está reunida com Lexi, e percebe que a garotinha que ela viu há 6 meses agora é uma mulher adulta.

Depois de libertar Matt do Acampamento juvenil Espheni, Tom encontra dois estranhos misteriosos na floresta, que atacam sua família antes de embarcar com ele em uma jornada violenta. Hal enfrenta chances quase insuperáveis enquanto tenta levar o Volm e a 2ª Mass restantes para um lugar de segurança percebida. Lexi e Anne têm uma diferença de opiniões, resultando em consequências perigosas.

Depois de meses separados, Tom finalmente se reúne com sua família e a 2ª Mass. Mas a alegre reunião é interrompida quando Lexi passa por uma crise de saúde ligada ao seu DNA híbrido. A crise coloca os familiares uns contra os outros enquanto lutam sobre como lidar com a doença de Lexi. Anne se esforça muito para salvar sua filha.

Lexi emerge mais poderosa e implacável do que nunca. Tom e a 2ª Mass devem trabalhar em conjunto com os Volm para conter as forças esfeni invasoras no que se torna a batalha mais sangrenta da série.

A 2ª Mass pega os pedaços depois de um ataque alienígena devastador deixa Maggie lutando por sua vida... e Hal lutando por Maggie. Enquanto isso, Tom e Dingaan são isolados do resto do grupo, enterrado sob toneladas de escombros, onde devem contar com uma Nave Inimiga para resgatá-los.

Enquanto membros da 2ª Mass tentam desenterrar um Beamer abatido, Tom e uma pequena equipe seguem o Volm para um esconderijo de suprimentos em busca de equipamentos para acelerar o processo. Ao longo do caminho, eles encontram um amigo, e devem decidir se confiam ou não nela. De volta ao acampamento, Maggie e Ben se aproximam enquanto ele a ensina a aprimorar suas novas habilidades, enquanto Pope e Sara continuam a se confrontar, resultando em uma luta da qual eles podem nunca se recuperar.

A missão de Tom para destruir o Núcleo de Energia Espheni é complicada com o retorno de Lexi. Lexi é forçada a tomar medidas extremas para salvar a vida de seu pai - e a dela própria - após um mau funcionamento de Beamer. Enquanto isso, a segunda mass teme um ataque iminente de Espheni pelo soberano queimado.

Com o peso da sobrevivência da humanidade sobre os ombros de Tom e Lexi, eles devem derrotar o inimigo mortal de Tom e encontrar uma maneira de destruir o onipotente Núcleo de Poder Espheni. Enquanto isso, uma nova e aterrorizante Bomba Espheni é lançada em Chinatown, imobilizando a 2ª Mass e preparando-as para o Human Skitterizaton.