O mundo inteiro ficou em ruínas após uma inexplicável invasão alienígena. E os sobreviventes se uniram em busca de uma forma de se proteger. O professor de história Tom Mason é nomeado o segundo no comando do grupo de resistência 2º Mass. Seus conhecimentos sobre conflitos bélicos do passado poderão ajudá-lo a proteger os civis, que perderam tudo. Mas seu foco é resgatar um de seus filhos, que foi sequestrado pelos alienígenas. Enquanto o grupo de resistência 2º Mass tenta encontrar uma forma de vencer, várias perguntas permanecem: por que os aliens invadiram a Terra? E por que eles capturaram os adolescentes?

Enquanto procuravam alimentos, Tom, Hal e sua equipe foram sequestrados por um grupo de pessoas que desejava roubar suas armas. No comando do grupo, um ex-detento chamado John Pope decide utilizar seus prisioneiros para negociar. Tensão, perigo e traição. Serão os aliens os únicos nos quais eles não podem confiar.

O Dr. Michael Harris surge com uma estratégia que poderia salvar os adolescentes sequestrados pelos alienígenas. Mas seus planos são interrompidos quando Tom Mason começa a procurar respostas para questões que o atormentam desde a primeira invasão e a morte de sua esposa. O grupo de resistência 2º Mass se vê cara a cara com os Mechs e os Skitters ao tentar resgatar Ben. Pope, o líder dos rebeldes, consegue um indulto depois de revelar um talento especial que os ajudará.

Tom Mason e sua equipe saem em busca de novas motocicletas, guiados por Pope. Mas eles são surpreendidos por alguns visitantes inesperados em sua primeira parada. Na base do grupo de resistência, o Dr. Michael Harris e Anne Glass devem encontrar a melhor forma de se comunicar com um Skitter capturado. Suas pesquisas sobre uma misteriosa armadura levantam algumas questões assustadoras sobre como os Skitters se comunicam uns com os outros e com os adolescentes capturados.

Hal Mason apresenta um novo plano para resgatar seu irmão, Ben. Mas, para isso, alguém terá de se aproximar de um Skitter. Enquanto isso, uma tragédia acelera a necessidade de obter informações sobre o alienígena capturado. Anne Glass faz uma descoberta que poderá ajudar o 2º Mass a lutar contra o inimigo.

O tenente Terry Clayton, da resistência do 7º Mass, chega ao acampamento para avisar que os alienígenas destruíram sua divisão e que o 2º Mass será o próximo alvo. E ele propõe que as crianças sejam levadas a um local seguro enquanto os adultos enfrentam o perigo. O plano causa mal-estar entre alguns pais, que não querem se separar de seus filhos. Mas, sem ainda conhecer a intenção dos Skitters, eles deverão tomar uma difícil decisão. Qual é a melhor forma de proteger os adolescentes?

Quando o plano de manter as crianças longe do perigo vai por água abaixo, Hal Mason assume o comando. Essa é a chance de Ben de provar sua lealdade. Depois de ter sido refém dos alienígenas, Rick, o filho de Mike, tem dificuldade para se adaptar à vida do grupo de resistência 2º Mass, preferindo que os Skitter voltem para buscá-lo. Anne Glass deve ajudar no parto de Sarah, enquanto o acampamento é evacuado.

A resistência do 2º Mass se prepara para atacar os alienígenas em uma de suas bases. Mas o comportamento estranho do capitão Weaver preocupa Tom Mason e o faz duvidar de sua capacidade para comandar a missão. Hal e Tom se deparam com uma mulher que utilizou um método estranho para sobreviver à primeira invasão. Será que podem confiar nela? Anne e Lourdes fazem uma descoberta surpreendente que pode mudar o destino de Ben. Ao mesmo tempo, Pope continua tentando aperfeiçoar uma técnica para acabar com os Mechs, usando a própria força deles.

Tom Mason enfrenta o capitão Weaver por não considerá-lo apto a comandar o ataque à base alienígena de Boston. Ao mesmo tempo, ele tem dificuldade para processar as implicações profundas da última descoberta de Anne. Ben Mason ajuda tio Scott a encontrar uma forma de afastar os invasores. E Rick continua mostrando sua lealdade aos Skitters.

O capitão Weaver guia os soldados rumo a Boston para destruir a estrutura alienígena enquanto Tom Mason fica no acampamento para ajudar os civis a fugir. Mas uma falha na segurança põe a vida de todos em perigo. O plano de Ben e Scott evita uma catástrofe e possibilita uma descoberta que poderia mudar as regras do jogo para o 2º Mass. Tom se vê frente a uma decisão que poderá levá-lo a descobrir o que os alienígenas querem com os adolescentes capturados, além de salvar Ben.