Kiedy mapa przyjaźni powiększy się, by odzwierciedlać świat poza Equestrią, Kucyki zdają sobie sprawę, że będą potrzebować sposobu na rozpowszechnienie wiadomości o przyjaźni daleko i szeroko. Na szczęście Twilight wie, co robić — otworzyć Szkołę Przyjaźni.

Twilight musi ponownie zjednoczyć swoich uczniów, aby stanąć w obronie tego, co słuszne, gdy Szkoła Przyjaźni zostaje zamknięta przez TEE.

Więź super-najlepszej przyjaciółki i siostry Pinkie Pie zostaje wystawiona na próbę, gdy Maud ma chłopaka, którego Pinkie nie może znieść.

Fluttershy przysięga opiekować się butikiem Rarity w Manehattanie podczas jej nieobecności i wciela się w szereg postaci, aby poradzić sobie z onieśmielającą klientelą.

Rainbow Dash zgadza się towarzyszyć Babci Smith i grupie starszych kucyków do Las Pegasus, aby mogła przejechać się kolejką górską, zanim zostanie zamknięta.

Znaczkowa Liga jest wezwana przez mapę na Górę Aris, aby pomóc hipogryfowi znaleźć miejsce, do którego należy - z kucykami morskimi w Seaquestrii, czy z hipogryfami na lądzie.

Marzenie księżniczki Celestii o byciu w sztuce spełnia się, gdy Twilight obsadza ją w jednej z nich, ale zdaje sobie sprawę, że jej talenty leżą gdzie indziej.

Kiedy Starlight Glimmer i Sunburst zostają wezwani przez mapę do odwiedzenia ich starego rodzinnego miasta, odkrywają, że ich rodzice mają problem z przyjaźnią.

Kiedy Big Mac słyszy rozmowę Sugar Belle z panią Cake, zaczyna wierzyć, że Sugar Belle z nim zerwie.

Spike przechodzi przez proces, na który cierpią smoki, który może wyrzucić go z domu.

Znaczkowa Liga podejmuje wiele prób dostania się do Szkoły Przyjaźni Twilight, mimo że jasno daje do zrozumienia, że opanowali już program nauczania.

Kiedy kucyki decydują się na wyprawę na kemping, królowa Chrysalis tworzy złe klony kucyków, aby pomóc jej ukraść Elementy Harmonii, aby mogła użyć ich mocy, by zemścić się na Starlight.

Kiedy Twilight zostawia Starlight na czele Szkoły Przyjaźni, Discord jest sfrustrowany, że nie został zaproszony, więc robi wszystko, co w jego mocy, aby uniemożliwić Starlight nową rolę.

Przygotowania do Wigilii Serdeczności zostają zrujnowane, a podczas gdy Twilight próbuje dowiedzieć się, kto za tym stoi, uczniowie łączą wspólne wspomnienia z ich domu.

Kiedy Twilight odkrywa, że istnieje inna szkoła przyjaźni, ona i Rarity udają się, aby to zbadać i są zszokowane, gdy odkrywają, że idol Twilight i Filar Starej Equestrii, Starswirl Brodaty, jest zapisany do Uniwersytetu Przyjaźni.

Rarity i Rainbow Dash zaczynają zastanawiać się, dlaczego są przyjaciółkami, skoro nie mogą znaleźć niczego, co lubiłyby robić razem.

Pinkie Pie ma nowe hobby, które bardzo kocha — gra na Zenithrashu. Ale kiedy jej przyjaciele zniechęcają ją do grania z powodu jej braku umiejętności, powoduje to serię wydarzeń, które prowadzą do tego, że Pinkie Pie prawdopodobnie opuści Ponyville na zawsze!

Kiedy Trixie zostaje zaproszona na pokaz magii do odległej krainy Saddle Arabii, nie przychodzi jej do głowy lepszego kucyka niż jej wspaniała i potężna asystentka Starlight – ale nie wszyscy przyjaciele są stworzeni do podróżowania razem.

Kiedy Scootaloo zakochuje się w The Washouts, koncertowej grupie kaskaderskich kucyków, Rainbow Dash martwi się o jej bezpieczeństwo i martwi się, że dni Scoota jako jej fanki numer jeden dobiegł końca.

Kiedy Rockhoof, bohaterski Filar z przeszłości, ma problem z przystosowaniem się do współczesnego świata, Twilight i jej przyjaciele starają się pomóc mu znaleźć nowy cel.

Uczniowie Szkoły Przyjaźni Twilight przygotowują się do egzaminu „Historia magii w Equestrii” w szkolnej bibliotece, gdy odkrywają część szkoły, o której nie wie żaden inny kucyk. Kiedy decydują się na eksplorację, w końcu dowiadują się znacznie więcej, niż się spodziewali.

Fluttershy i Applejack udają się na skraj mapy w ramach Wyprawy przyjaźni, aby pomóc grupie kucyków nazywanych Kirinami — które tak bardzo boją się zranić swoje uczucia, że wypiły eliksir ciszy.

Kiedy dziwny smok ląduje w Ponyville, podając się za ojca Spike'a, Spike jest gotów zrobić wszystko, co powie jego „tata”, aby nauczyć się, jak być „prawdziwym” smokiem.

Kiedy magia Equestrii w tajemniczy sposób zaczyna zawodzić, Twilight prowadzi swoje przyjaciółki w poszukiwaniu odpowiedzi, pozostawiając Szkołę Przyjaźni otwartą na atak niebezpiecznego geniusza.

Podczas gdy Twilight i reszta kucyków próbują uciec z Tartaru, Cozy Glow kontynuuje spisek mający na celu przejęcie Szkoły Przyjaźni, podczas gry tylko uczniowie Twilight i Znaczkowa Liga próbują ją powstrzymać!