Han pasado tres años desde la última vez que los Decepticons atacaron la Tierra. Tras la muerte de CliffJumper, los Autobots intentarán proteger, una vez más la Tierra, junto con sus 3 nuevos aliados humanos, contra la amenaza de Megatrón y sus Decepticons.

Megatron ha regresado de su larga búsqueda en el espacio, y se ha traído con él, el antiguo y poderoso Energon Oscuro, que tiene la cualidad de revivir a los muertos y controlarlos, Megatron hace la prueba con el Autobot asesinado por Starscream "CliffJumper", reviviéndolo y convirtiéndose en un "Zombie" que acaba con todo lo que se cruza en su camino. Los Autobot al ver la señal de vida de CliffJumper se dirigen hacia el lugar de donde proviene la señal, encontrando una mina de Energon repleta de Decepticons, al ver a su compañero caído, Arcee va en su rescate pero al sujetarle la mano se da cuenta de que él no es el mismo de antes.

Al darse cuenta de que Megatrón ha descubierto Energon Oscuro, Optimus y Ratchet deciden ir a investigar a un lugar en donde hace tiempo se había librado la mayor batalla entre ambos bandos en esta galaxia. Mientras que el Agente Fowler es secuestrado por Decepticons, Bulkhead decide ir a rescatarlo y Miko va oculta atrás de él, luego Jack y Raf van tras ella y son secuestrados por Decepticons. Mientras, Megatrón levanta a un ejército de Zombies Robots controlados por el Energon Oscuro para que acaben con Optimus y Ratchet.

Optimus y Ratchet comienzan una batalla contra los Zombies controlados por Megatron y su Energon Oscuro, al acabar con todos ellos, Optimus se dirige a pelear contra Megatron, este se transforma en un avión y se escapa de las manos de Optimus Prime. Mientras que en la nave Decepticon, Raf y Jack son rescatados por Arcee y Bumblebee, y son puestos en un lugar seguro donde descubren una pantalla donde se encuentran los planes de Megatron, Miko logra sacarle una fotografía a la pantalla, y luego se la enseña a Ratchet, que asegura que ese plan es hacer un puente espacial para transportar a todo un ejército de Cybertronianos resucitados desde Cybertron hasta la Tierra, para que sigan los planes de Megatron para acabar con los Autobost y conquistar al planeta.

Al ver que no tienen otra alternativa, Optimus, Arcee, Bumblebee y Bulkhead se arriesgan a ir por el portal terrestre hacia el espacio corriendo el riesgo de que sean lanzados por el infinito espacio, al pasar que magnetizan al portal espacial de Megatron, luego de que Soundwave fija las coordenadas hacia Cybertron, Megatron va a luchar para acabar con el líder Autobot y se inicia la batalla final para impedir que el ejército de Megatron sea transportado hacia la Tierra, mientras que los demás Autobots intentan hacer estallar el portal siguiendo las instrucciones de Ratchet.

Luego de que el plan de Megatron fallara y quedara atrapado en la explosión del portal espacial, Starscream, que ahora se convirtió en el líder de los Decepticons, decide ir a despertar a un Decepticon que quedó en la Tierra mientras Cybertron estaba en Guerra, Skyquake. Optimus y Bumblebee van a la zona donde se encuentran Starscream y Soundwave. Mientras en la base autobot, Ratchet ayuda a Jack, Miko y Raf con sus proyectos de ciencia.

Mientras que en una misión de exploración en el Ártico, Bulkhead y Bumblebee encuentran una cápsula espacial que se estrelló y enterró en el hielo. Lo llevan a la base para el examen, y Optimus Prime y Arcee se aventuran en el Ártico para encontrar pistas sobre el origen de la cápsula. Mientras están fuera, los otros Autobots descubren que la cápsula contiene un gran enjambre de Scraplets, una forma cruel y altamente peligrosa de la vida silvestre que se alimenta de metal. Los Scraplets infestan la base Autobot, devorando cualquier metal a la vista y causan daños en el portal terrestre, dejando a Optimus y Arcee varados en el Ártico.

Los Autobots reciben un mensaje de Wheeljack, un viejo amigo de Bulkhead desde los días de la guerra, quien está de visita en la Tierra mientras viajaba por toda la galaxia. Después de recoger la señal del mensaje, Starscream y Soundwave capturan a Wheeljack antes de que se encuentre con los Autobots, y envían a MakeShift, un espía de los Decepticons en condiciones de asumir cualquier forma, disfrazado de Wheeljack para descubrir la ubicación de la base Autobot.

El Agente Fowler tras ser atacado y derribado por una nave enemiga pide ayuda a los Autobots para poder transportar con su ayuda una artefacto que podría causar una gran destrucción masiva, una vez que el artefacto esta en manos de los Autobots son atacados nuevamente por MECH, una organización terrorista, con la intención de apoderarse del artefacto.

Bulkhead y Miko investigan lecturas masivas de Energon en Grecia. Bulkhead ve una imagen de los dioses griegos, con una cosechadora de Energon Cybertroniana . Mientras tanto Knock Out y Breakdown se unen a Starscream en la búsqueda del artefacto. Raf logra encontrar el lugar donde se encuentra el recolector, Jack, Raf y Miko se infiltran en el museo mediante el Portal Terrestre y logran obtenerlo, Miko es atrapada por un guardia de seguridad mientras Soundwave logra quitarles el recolector.

Arcee le permite a Jack correr contra Vince para demostrarle que no es el mejor, al ganarle Vince al día siguiente lo reta a otra carrera, Jack para no quedar en ridículo frente a Sierra. En la carrera Jack compite conduciendo a Bumblebee, pero no saben que Knock-Out estará también presente en esa carrera, tratando de acabar con Bumblebee.

Jack y Arcee encuentran una nave que se estrelló en la Tierra. Al descubrirla Arcee se da cuenta de que pertenece a su enemiga mortal Airachnid, quien asesino a su mejor amigo en Cybertron e intento matarla a ella también. Ahora Arcee deberá luchar para impedir que Jack sea raptado por Airachnid.

Ratchet detecta a una nave autobot que se ha estrellado en la Tierra hace siglos, junto con Optimus van a investigar con la esperanza de encontrar a un autobot con vida, al llegar se dan cuenta de que una peste que al parecer no tenía cura, ha acabado con todos los que estaban dentro, Optimus se contagia al tocar energon infectado y la única esperanza para su recuperación es entrar en la mente de Megatron para encontrar la cura antes de que Optimus muera.

Megatron estando ya en la mente de Bumblebee, decide tomar el control total de su cuerpo e intentar reparar su cuerpo original, para eso abre un portal para recuperar un fragmento de Energon Oscuro, al obtenerlo se dirige hacia la nave Decepticon para cumplir su objetivo.

Starscream luego de ser muy maltratado por Megatron, decide ir en busca de Skyquake y revivirlo con Energon Oscuro, los Autobots abren un portal terrestre para ir a detenerlo pero Miko lo atraviesa, Jack y Raf van para detenerla, pero cuando Arcee abra un portal terrestre para que regresen los Decepticons abren uno también y crean una alteración en el tiempo espacio y los tres humanos quedan atrapados en la cuarta dimensión (Zona Fantasma) junto con el Zombie de Skyquake que los persigue.

Mientras Bulkhead y Breakdown tratan de terminar su rivalidad en una batalla a vida o muerte M.E.C.H. llega y captura a Breakdown para analizarlo y obtener más información sobre su tecnología. Mientras tanto en la base, los Autobots, deciden ir a rescatar a Breakdown antes de que M.E.C.H. logre "abrir" a Breakdown.

Jack es castigado por su madre y esta obligado a no usar su motocicleta (Arcee), al día siguiente la madre de Jack es secuestrada por M.E.C.H. que ha hecho un trato con Airachnid, para atraer a Arcee hacia una trampa y usarla para experimentos.

Bulkhead y Arcee si dirigen hacia una misión de exploración, para investigar una extraña formación magnética de procedencia desconocida, al llegar se encuentran con que no fueron los únicos en enterarse, y deberán luchar contra Airachnid y Breakdown para recuperar el extraño objeto antes de que caiga en manos de Megatron.

Arcee y Bulkhead entran a una cueva donde hay señales de Energon junto con Jack y Miko, sin darse cuenta, Megatron y Starscream también entran en esa cueva para comprobar que no haya mas Energon. Megatron al darse cuenta de que Starscream lo traicionó, decide eliminarlo pero justo en ese instante Megatron descubre que los Autobots se encuentran ahí y empieza a atarcarlos, pero por error dispara hacia la parte superior de la cueva y esta empieza a derrumbarse con todos adentro.

Megatron envía a Starscream y Airachnid al sitio de una nave Decepticon estrellada con el fin de recuperar "el inmovilizador", una poderosa arma con la capacidad de congelar Cybertronianos. Pero después de que Airachnid activara una señal, los Autobots llegan al lugar y se sorprenden al descubrir que Airachnid dejó atrás a Starscream y este ruega unirse a los Autobots.

Los Autobots en su búsqueda de un cilindro cybertroniano antiguo son atacados por Decepticons, Miko usa el portal terrestre para ir al lugar de la batalla e intenta traer el cilindro hacia la base, pero al ser muy pesado le es imposible moverlo y activa por error el cilindro y es disparado un láser hacia la cabeza de Bulkhead y luego de eso su inteligencia aumenta desmesuradamente y al comenzar a tener nuevos conocimientos va perdiendo la memoria hasta el punto de no recordar a sus amigos.

Ratchet se inyecta Energon sintético para poder ser más util en el campo de batalla, pero al no ser totalmente completa la fórmula los efectos secundarios le hacen perder la cabeza y lo vuelven muy engreído y orgulloso, tanto que decide enfrentar a Megatron sin ayuda.

Optimus se siente nervioso debido a una antigua profecía cybertroniana que hablaba de una batalla que se libraría en un planeta donde habría caos y empieza a sospechar que el planeta al que hablaba es la Tierra. Megatron confiado en que derrotaría a Optimus decide volver a construir un portal para buscar mas Energon Oscuro en el universo y volver a crear un ejército de "Cybertrionanos Zombies". Mientras tanto, la madre de Jack intenta salvar a vida de Raf, que fue infectado con energon oscuro por Megatron

Cuando Megatron esta apunto de terminar con la vida de Optimus, Bulkhead aparece para alejar a Megatron de Optimus así Arcee y Ratchet lo llevan de vuelta a la base, al haberlo logrado Megatron regresa a su nave. Ya en la base, Optimus se da cuenta de que él y Raf estuvieron expuestos al energon oscuro de Megatron y que aunque ya está curado, la madre de Jack regaña a los autobots por lo que pasó y trata de llevarse a los niños pero solo se lleva a Raf ya que Mikoy Jack se negaron a dejar a sus amigos detrás. Luego de que diversos desastres comienzan a manifestarse en la Tierra (Terremotos, Tsunamis, Tormentas, Etc), y Bumblebee salva a June y Rf de ser tragados por un tornado, Ratchet logra descubrir que la Tierra se había formado cuando un montón de rocas especiales chocaban contra Unicron, por lo que la tierra se formó alrededor de su cuerpo y que los desastres que estaban ocurriendo era debido a que el cuerpo de Unicron comenzaba a funcionar otra vez.

Después de ayudar a los Autobots en una pelea contra un ejército de clones de piedra de Unicron, Megatron forma una difícil alianza con sus enemigos para derrotar a Unicron y salvar a la Tierra de la destrucción. Los Autobots y Megatron luego viajan al núcleo de la Tierra, planeando enviar de vuelta a Unicron a un estado de hibernación utilizando la Matriz del Liderazgo de Optimus Prime.

En la base Autobot, Ratchet cuenta la historia de Optimus antes de que fuera un Prime, y su amistad con el gladiador Megatronus (Megatron) quien quiso ser un descendiente de Primus. Mientras tanto, al estar dentro de el cuerpo de Unicron, los Autobots y Megatron se enfrentan a las defensas del destructor para evitar que lleguen a su Spark, al no poder con todas, Optimus y Megatron entran a la Spark de Unicron, para que La Matrix del Liderazgo de los Prime acabe con Unicron. Pero al salvar a la tierra Optimus pierde su memoria y se vuelve a convertir en Orion Pax, el archivista de Iacon.

Optimus Prime ha perdido todo recuerdo de alguna vez ser un Prime después de utilizar la Matriz de Liderazgo para enviar de vuelta a Unicron estasis, convirtiéndolo de nuevo en el archivista histórico y amigo de Megatronus, Orion Pax. De vuelta a la base, los otros Autobots están consternados por este un giro de los acontecimientos, y al descubrir que Jack tiene la clave para Vector Sigma, que urden un plan para obtener su líder de vuelta.

Con la ayuda de la información de Starscream, los Autobots planean usar el puente Espacial Decepticons para enviar Jack y Arcee al planeta natal de los Transformers, Cybertron, con un plan para utilizar la información almacenada en Vector Sigma para restaurar los recuerdos de Optimus. Mientras tanto, después de un encontronazo con Starscream, quien afirmó Megatron estaba muerto, "Orion", comienza a preguntarse si Megatron le está diciendo toda la verdad ...

En Cybertron, cuando se dirigían a Vector Sigma, Jack y Arcee son atacados por una criatura salvaje llamado Insecticon, así como un enjambre de Scraplets. En la Nemesis', "Orion", cada vez con más curiosidad por saber quién es realmente, empieza a rebelarse contra Megatron y descubrir las mentiras elaboradas puestas en frente de él. Finalmente los recuerdos de Optimus son restaurados y vuelve a la base, pero sin poder recordar que fue lo que sucedió mientras era de nuevo Orion Pax.

Mientras investiga una señal de energía que podría dar lugar a una reliquia de las Bóvedas de Iacon, Bumblebee es asaltado por MECH y su T-Cog es robado (el dispositivo que permite a los transformers convertirse en vehículos y desplegar sus armas). Incapaz de hacer nada, Bumblebee es retenido en la base. Starscream se acerca a su líder Silas y sugiere una alianza con el MECH, ofreciendo su conocimiento y asesoramiento sobre tecnología Cybertroniana y cómo funciona.

Mientras los autobots intentan conseguir otra reliquia de las bóvedas de Iacon, un martillo legendario conocido como la fragua de Solus Prime, El Agente Flower avisa de la ubicación de la base de MECH. Bumblebee se dirige hasta allí para recuperar su T-COG, teniendo que enfrentarse a Starscream

Wheeljack regresa a la Tierra en busca del Decepticon Dreadwing, quien es responsable de la muerte del Autobot Seaspray (que también era un miembro de los Wreckers), y pide ayuda al equipo Prime en la detención del Decepticon. Mientras Bulkhead es, naturalmente, emocionado por ver a su mejor amigo de nuevo, Optimus Prime se pone rápidamente molesto por el desprecio por los civiles de Wheeljack en la busca del decepticon.

Megatron envía a Breakdown, Airachnid y Dreadwing tras la pista de una potencial fuente de Energon. Sin embargo Airachnid descubre que se trata de una trampa para eliminarla por su traición, que fue revelada a Megatron por Sounwave, y escapa matando a Breakdown. Luego encuentra a Starscream y a un Insecticon grande. Ella utiliza sus habilidades para controlar a la criatura y llama a Megatron para retarlo a una pelea a muerte. Ella va a utilizar al Insecticon para matar a Megatron para que pueda reclamar liderazgo de los Decepticons.

M.E.C.H. produce un clon de Optimus Prime, que Miko bautiza como Nemesis Prime, primero se le programa para atacar al agente Fowler, lo que hace que los autobots duden de Optimus cuando regresa de explorar una mina de energon, y luego se establece que se suelte en una base militar, donde se programa para hacer estragos. El militar de Estados Unidos inmediatamente culpa al verdadero Optimus por el caos, y ordena que los Autobots sean fusilados en el acto. Mientras que el Agente Fowler trata de convencer a sus superiores de que Optimus no atacaron la base, los Autobots intentan localizar a Nemesis Prime y eliminatlo para limpiar sus nombres.

Agente Fowler se ve obligado a explicar los últimos acontecimientos a su superior, el general Bryce. Amenazado con un tribunal militar y la terminación del Equipo Primer, Fowler trata de convencer al General de que los Autobots son todavía del lado de los militares, pero el general cree que Optimus Prime fue pícaro y ha perecido, sin comprender plenamente que Nemesis Prime no era el verdadero Optimus.

Bulkhead accidentalmente queda atrapado a bordo del buque de guerra Decepticon, el Nemesis', mientras que en una misión de exploración, y trata de escapar sin ser descubierto. Mientras tanto Starscream y Airachnid envían a sus respectivos ejecitos(Starscream a sus 5 clones y Airachnid a su enjambre de Insecticons) a la Némesis a matar a Megatron.

El Nemesis se ha estrellado en una ladera de la montaña y sus motores están muy dañados. Megatron intenta reiniciar los motores con Energonoscuro, que funciona, pero tiene un efecto secundario inesperado: el buque desarrolla una mente propia y comienza a rebelarse en contra de su propia tripulación, congelandolos como al equipo Prime. Con la nave volando fuera de control y tanto los Autobots y los Decepticons congelado en estasis, Jack, Miko, Rafael y Agente Fowler son los que quedan para detener alboroto de la nave.

Habiendo descubierto la ubicación de las cuatro reliquias de las bóvedas del Iacon escondido todo el mundo, los Autobots se dividió en pequeños grupos y a cada lugar al mismo tiempo para recuperarlos. Arcee, Bumblebee, Jack y Miko viajan a Nueva York para encontrar la reliquia en primer lugar, un alternador de fase, un dispositivo que permite a su usuario a caminar a través de objetos sólidos, que está enterrado profundamente en los túneles del metro de la ciudad subterránea. Durante su búsqueda sin embargo, Arcee y Bumblebee son atacados por Knock Out y un Insecticon. Al final Knock Out queda un poco rasguñado.

Optimus Prime está en la Antártida en la búsqueda de la segunda reliquia de Iacon , la armadura Apex, una armadura de cuerpo completo indestructible que se expande desde un disco pequeño. Sin embargo, él entra en conflicto tanto con Dreadwing y Starscream durante su búsqueda, y se ve obligado a formar una alianza incómoda con Dreadwing cuando Starscream se pone la armadura y pone en peligro a los dos.

Ratchet se reúne con Wheeljack para una misión para recuperar la tercera reliquia de Iacon , un arma sónica llamado Sonic Blaster . En su camino a la ubicación, los dos Autobots son atacados por Soundwave, pero Wheeljack logra derribar a Laserbeak, lo que da una idea a Ratchet. Mientras Wheeljack y Soundwave lucha por el Sonic Blaster , Ratchet ingresa un virus en Laserbeak que descargará en la base los datos de las computadoras Iacon, sin darse cuenta los Decepticons.

Bulkhead va a una isla volcánica en el Ecuador para encontrar la cuarta reliquia Iacon y última. Pero para su horror, descubre que la reliquia es una pieza de Tox-En una forma de Energon altamente tóxico que es letal para los Transformers. Bulkhead intenta deshacerse del Tox-En, pero en el proceso el Energon tóxico le está deteriorando su fuerza. Además, un grupo de Insecticons intentan enfrentar y atacar el Autobot, mientras tira el Tox-En en el volcán. Al hacer su camino de regreso a la base, sufre un golpe fatal a partir de Hardshell, el líder Insecticon.

Wheeljack y Miko salen para encontrar a Hardshell. Mientras Knock Out intenta convencer a Megatron que los Insecticons son un peligro para el resto de la tripulación después de que Hardshell había atacado a un par de soldados.

Miko y Arcee parte de sus respectivas experiencias que no deben ser cerradas de los demás.Arcee le cuenta a Miko de la vez que ella y Cliffjumper fueron capturados y llevados a Keion por Starscream, interrogados por el científico Decepticon Shockwave, y descubierto el plan de Shockwave para construir un puente espacial.

Durante una pelea con los Decepticons, los Autobots son inesperadamente la ayuda de Smokescreen, un joven y aventurero Autobot. A pesar de que el equipo no tiene confianza en el recién llegado, Optimus Prime invita a Smokescreen a la base para la formación continua. Más tarde, Starscream y los Autobots pelean para conseguir Red Energon, que otorga al consumidor una mayor velocidad. Los Autobots regresar a la base, donde Optimus Prime acoge a Smokescreen como el miembro más reciente del grupo, aunque no muchos no estén muy contentos, en especial Bulkhead que siente que lo remplazaron.

Silas se fusiona con el cuerpo de Breakdown como resultado de una cirugía de biotecnología realizado por el cirujano de MECH. Con el nuevo órgano, le pone fin a sus soldados, a continuación, le pide a Megatron un puesto en las filas Decepticons, con la promesa de ayudar a su causa con el proyecto Damocles, un satélite activado para poder disparar un haz de partículas con precisión a cualquier lugar en la Tierra. Raf, a pesar de estar castigado, logra hackear el sistema, lo que lleva el proyecto al fracaso. Megatron vuelve a llamar Silas a su buque de guerra, y ordena que sea diseccionado por Knock Out.

Los Autobots se desvían con un señuelo de los Decepticons puesta por Megatron para recuperar una reliquia nueva, hasta que Ratchet informa al resto de la tripulación de la ubicación que contiene la reliquia real, el Star Saber. La reliquia se encuentra alojada en una montaña, y sólo pueden ser removidos por un líder Autobot, un "Prime". Los Autobots finalmente llegan a la ubicación. Optimus Prime es capaz de ejercer su poder y enviar un poderoso ataque a buque de guerra de la Decepticon. Ya en la base, el sable comienza a brillar, porque Alfa-Trio le estaba enviando un mensaje a Optimus, que fue puesto hay por siglos.

Alpha Trion informa a Optimus Prime acerca de las últimas cuatro reliquias restantes que quedan en juego, esos son las llaves Omega capaces de regenerar Cybertron. Megatron va a Cybertron y profana una tumba sagrada de un Prime no identificado junto con su segundo al mando para conseguí una extremidad del prime para tener su poder.

Cuando Optimus determina el paradero de la segunda llave Omega, Bumblebee y Arcee van al destino para recuperarlo. Pero Knock Out, empuñando el Sonic Blaster, llega primero y se apodera de la reliquia. Del mismo modo, Bulkhead y Smokescreen van para encontrar la tercera llave Omega, pero Starscream, equipado con Red Energon. Finalmente, por un regaño de Arcee, Smokescreen se va creyendo que no es de utilidad para el equipo, casi simultáneamente Optimus codifica las últimas coordenadas y esas coordenadas eran Smokescreen. Los decepcticon lo descubren también y secuestran a Smokescreen.

Después de que Smokescreen es traído a bordo del Nemesis', Megatron se entera de que la última llave omega está dentro del joven Autobot. A pesar de esto, Smokescreen logra no sólo robar las 3 llaves Omega (sin contar la que tiene Starscream) sino que también el alternador de fase de Knock Out, al cual lo deja incrustado en la pared. Después Starscream engaña a los autobots y consigue las 4 llaves Omega para convencer a Megatron de volver a meterlo entre los Decepcticons.

Starscream se acerca a Megatron con las llaves Omega, proponiendo una tregua con los Decepticons. Al final Megatron le permite a Starscream reunirse con los Decepticons, para la participación de cada miembro es fundamental en la ayuda a causa del líder de Cybertron conquistador, pero durante la conexión citica cortical Dreadwing descubre que Starscream convirtió a su gemelo Skykake en un zombicon (suceso que ocurrió en la primera temporada) lo que muy molesto con él, con deseos de arrancarle su Spark.

Dreadwing ofrece la Forja de Solus Prime a los Autobots, Optimus Prime utiliza la reliquia para convertir el portal terrestre de los autobots en un portal espacial, lo que les permite el transporte directo a Cybertron. Luego, en el Nemesis', Dreadwing trata de matar a Starscream después de que su T-Cog está instalado, pero Megatron lo mata por desobedecer la orden de retirarse. Los Autobots van a Cybertron para recuperar las llaves Omega, pero como siempre los decepcticons pelean sucio secuestrando a los amigos humanos de lo autobots y Megatron amenaza con matarlos liberándolos en cybertron si no entregaban las llaves,

Después de conseguir las llaves, Megatron empieza a reconstruir Cybertron pero también empieza a cyber formar la tierra. Sin más elección, Optimus destruye el cerrojo Omega, condenando Cybertron en el proceso. Finalmente los Autobots tienen que abandonar la base, pero Optimus no consigue salir y queda atrapado en la explosión.

El Equipo Prime lucha para reunirse después de la victoria de Megatron, y Optimus lucha por sobrevivir.

Con el regreso de un Decepticon clave, la situación de los Autobots se vuelve aún más desesperada, y una victoria para Wheeljack puede llevar a la derrota.

El Máximo Cazador de Autobots está desatado contra nuestros héroes. ¿Será la llegada de un nuevo Autobot suficiente para salvarlos?

Liderados por un nuevo miembro, el Equipo Prime lanza un desesperado ataque contra la ciudadela Decepticon.

Mientras los Autobots se ajustan a sus nuevas dinámicas de grupo en su alineación extendida, los Decepticons lanzan un nuevo esquema para clonar un ejército de bestias.

Mientras la tensión crece entre los Wreckers, se encuentran confrontados con el regreso de Predacon.

Las parejas inusuales abundan cuando Arcee hace equipo con Wheeljack en una misión, y el Agente Fowler se encuentra en una situación difícil con la madre de Jack, June.

Los experimentos de Knock Out y Starscream llevan a resultados monstruosos.

Cuando el Predacon revela el secreto de sí mismo, Megatron comienza a cuestionar su lealtad.

Los Autobots capturan a Soundwave mientras Megatron decide resucitar un antiguo plan.

Mientras Optimus se enfrenta a Predaking, Megatron monta una campaña para formar una nueva alianza.

Ratchet se encuentra a sí mismo en una serie de predicamentos al reiniciar sus experimentos en Energon Sintético.

El destino de la Tierra está en la balanza cuando los Autobots y Decepticons marchan hacia su última parada.