Sono passati 100 giorni dall'assassinio del presidente degli Stati Uniti e Nikita è ancora in fuga e sulla sua testa vi è una taglia di svariati milioni di dollari. Alex e Sonya sono in India per cercare di rintracciare e smascherare i trafficanti di umani, sapendo che questo li porterà direttamente alla "Bottega", l'associazione criminale terroristica che collaborando con Amanda ha incastrato Nikita per l'uccisione del presidente. Nel mentre Ryan, Michael e Birkhoff, a bordo di un aereo attrezzato che è la loro nuova base operativa, formulano teorie e cercano di rintracciare Nikita prima che lo facciano le autorità.