Dopo mesi di fuga, Nikita torna negli Stati Uniti per consegnare a Dale Gordon (guest star Todd Grinnell), un giornalista d'assalto, una prova fondamentale per lo svolgimento delle indagini sulla morte della Presidente Spencer. Durante l'operazione, Nikita viene riconosciuta e intercettata dall'FBI, ma, inaspettatamente, riceve l'aiuto di Michael e di tutti i suoi amici della ex -Divisione. Grazie a loro riesce a fuggire, ma viene gravemente ferita e ora è di nuovo sola e di nuovo in fuga. Alex indaga su un traffico di esseri umani e viene a sapere che The Shop è coinvolto, sarà sorpresa quando Owen / Sam si presenta sulla scena.

Ryan, mettendo insieme gli indizi raccolti in tanti mesi, riesce a comprendere un elemento fondamentale del piano di Amanda: il vice direttore dell'FBI e la stessa presidente Spencer, ormai deceduta, non sono realmente loro, ma sono stati sostituite da dei sosia.Nikita e Michael entrano quindi in azione per rendere pubblico quanto hanno scoperto, nella speranza che l'FBI esegua un test del DNA su Graham e possa avviare nuove indagini sull'omicidio della presidente che, a questo punto, potrebbe addirittura essere ancora viva.

Le tensioni continuano a crescere tra gli Stati Uniti e il Pakistan dopo che Amanda piazza prove che il Pakistan ha assunto Nikita per uccidere il Presidente. Birkhoff è costretto dagli eventi a rivelare la sua vera identità, nascosta da anni, e scopriamo che si tratta di Lionel Peller, figlio creduto morto di un funzionario dell'NSA il quale, funzionario, ora è stato rapito da Amanda e sostituito con un sosia. Nikita e gli altri decidono così di tendere una trappola ad Amanda: grazie alle conoscenze di Birkhoff su suo padre, attireranno il sosia in un tranello e cercheranno di usarlo per scoprire dove si nasconde la loro avversaria. Nel frattempo, la CIA cattura Alex e le fa alcune domande circa il suo coinvolgimento con Nikita.

Finalmente sembra che Nikita e i suoi compagni siano alla fine della guerra. Riescono a trovare la base dove si nascondono Jones e Amanda e, nel confronto che ne segue, la stessa Amanda perde la vita. Almeno, questo è quello che sembra. La realtà e' che fa tutto parte di un piano della Bottega. Amanda è ancora viva ma ora Nikita crede che la sua guerra sia finita ed è pronta ad abbassare le sue difese e diventare più vulnerabile.

Alex e Sam hanno finalmente un chiarimento. Alex capisce che di Sam si può fidare e questi, stanco di resistere all'orgoglio, dichiara alla donna i suoi sentimenti sperando in una reazione che, però, non arriva. Ryan viene catturato da Amanda che ha intenzione di programmarlo sconvolgendogli la mente. Pur di evitare il trattamento, Ryan tenta disperatamente la fuga lanciandosi dalla finestra della stanza in cui è rinchiuso, ma l'impatto è' fatale.Quando Nikita scopre quello che è successo, si scatena e decide di chiudere i conti con Amanda una volta per tutte.

Finale della serie, intitolato per uno strano gioco di parole, Canceled. Nikita prepara la trappola finale per Amanda! Mettendo in piedi una gigantesca ed elaborata messa in scena, convince la sua rivale che dentro di se' sta riemergendo il lato animale, sempre difficile da controllare. Amanda, convinta di essere in vantaggio, muove le sue pedine fino a catturare Nikita... o, almeno, cosi' crede. Con un repentino rovesciamento di fronte, Nikita scopre le sue carte, cattura Amanda e la abbandona nei sotterranei di un complesso dal quale, per la donna, è' impossibile uscire.