Ryan si fa carico della Divisione con Nikita al suo fianco. La loro prima missione è occuparsi degli agenti che non hanno risposto all'ordine di rientro dopo la morte di Percy. Purtroppo la missione è un fallimento, Michael viene arrestato forzando Nikita a organizzare un piano di fuga. Alex riprende la sua falsa identità, quella della principessa Alexandra Udinov, per liberare Michael. Intanto Birkhoff cerca di rimanere in relazioni professionali con Sonya, nonostante i sentimenti che prova per lei.

Nikita, Michael e il team sono impegnati nel salvataggio di una ragazza di nome Liza che è tenuta in ostaggio da un ex agente della Divisione, Wade, che ha condizionato Liza istruendola come un'agente per i suoi scopi personali. Nikita cerca disperatamente di far breccia nella mente della ragazza, che in un momento di caos approfitta per scappare. Purtroppo Liza è determinata a portare a termine la sua missione di rilasciare una tossina biologica in un palazzo delle Nazioni Unite.

Ryan informa Nikita che un' agente sotto copertura è stata arrestata e che bisogna organizzare un piano per salvarla. Nikita si chiede perchè la Divisione sta ancora mettendo in opera i piani di Percy. Insieme a Michael e Sean cerca di fermare un attentato terroristico, ma si ritrovano con un membro mancante dopo che Alex viene ferita.

Amanda manda un ex agente della Divisione, Anne, a liberare Owen che si trova in una prigione russa. Owen riesce a liberarsi e a mandare un messaggio a Nikita. Quando finalmente i due si ritrovano, Owen è scioccato di scoprire che Nikita ora è con la Divisione, ma decide di ritornare alla base con lei. Michael e Ryan non sono sicuri di potersi fidare di lui, ma Nikita garantisce per il suo amico.

Un ex agente della Divisioe, Markov, viene eletto Presidente dell'Uzbekistan e Nikita organizza un piano con il suo team per catturarlo durante una visita agli Stati Uniti.

Nikita e Michael catturano Cyrus, un trafficante di armi che sta cercando di acquistare un nuovo tipo di tecnologia per Ari. Nikita convince Ryan a usare Cyrus come esca per catturare Amanda, ma Cyrus riesce a scappare. Tuttavia quando Amanda lo tradisce, Cyrus si rende conto che la sua sola possibilità di salvezza è Nikita. Birkhoff è sulle tracce della talpa di Amanda.

Birkhoff informa Nikita che Sonya è la talpa di Amanda e quest'ultima ha riattivato il killer chip che Sonya ha impiantato, ma allo stesso tempo ha introdotto un'ulteriore spia all'interno della Divisione per tenerla d'occhio. Nikita, Michael e Ryan organizzano un piano per usare Sonya e scoprire dove Amanda si sta nascondendo, mentre Birkhoff tende una trappola alla seconda talpa. Michael affronta Alex in merito al suo abuso di droghe e lei lo supplica di non farne parola con Nikita.

Nikita e Owen sono alle prese con un agente mercenario di nome Liam mentre Michael occupa una nuova posizione all'interno della Divisione. Le cose tra Michael e Nikita sono tese per via dell'intesa che c'è tra lei e Owen mentre lavorano sul campo.

Ray, un agente mercenario, rapisce la sua fidanzata, Kate e Ryan manda il team in missione per recuperarla. Tuttavia Nikita è confusa dall'atteggiamento di Michael che decide di mandare Owen invece di intervenire personalmente.

Michael abbandona il suo posto come agente operativo e riprende il suo ruolo come capo delle Operazioni. Nikita viene a conoscenza di informazioni chiave da Birkhoff e prepara una missione che la porterà in un territorio pericoloso. Quando Michael, Alex e Ryan scoprono il suo piano la seguono fino in Kosovo.

Un'agente della CIA di nome Naomi scopre un file su Madeline Pierce e sul suo coinvolgimento con la Divisione e lo consegna al Direttore dell'agenzia. Morgan Kendrick, che viene ucciso poco dopo. Amanda incastra Sean per l'assassinio e la CIA lo trattiene in custodia. Nikita promette ad Alex che riusciranno a liberare Sean e organizza un piano rischioso per salvarlo.

Ari Tasarov viene tradito da Amanda e si fa catturare dalla divisione per stare al sicuro. Ari propone uno scambio a Nikita: Lui le dirà la prossima mossa di Amanda a patto che lei gli dia cinquanta milioni di dollari.

Per mettere le mani sulla scatola nera, Amanda organizza il rapimento del figlio di Ari, Stefan, per usarlo come leva. Ari, ancora in custodia protettiva alla Divisione, supplica Nikita di aiutarlo. Tuttavia la situazione si ribalta quando la guardia del corpo di Stefa, Krieg, riesce a catturare sia Nikita che Amanda, costringendo le due a collaborare per salvarsi.

Nikita è convinta che la Divisione debba organizzare una missione per eliminare il Presidente del Chad durante la sua visita a Parigi, ma Alex non è d'accordo e rifiuta di partecipare. Turbata dal fatto che Nikita stia nascondendo dei segreti, come faceva Percy, Alex chiede aiuto a Birkoff per scoprire qualcosa da usare contro Danforth nel caso la situazione dovesse precipitare.

Nikita e Michael scoprono l'esistenza di un nuovo arto prostetico che darebbe a Michael l'opportunità di ritornare a essere quello di prima. Purtroppo il prezzo da pagare è molto alto. Alex e Sean sono incaricati di indagare all'interno della Divisione per scoprire chi si nasconde dietro un ammutinamento, i sospetti ricadono su Rachel, un agente operativo, che cerca di scappare ma viene catturata e interrogata da Ryan. Durante l'interrogatorio Rachel fa un passo falso e Ryan capisce che è solo un burattino e il burattinaio è Alex. Alex si sente minacciata da Ryan e gli spara mandandolo in coma. Rachel si prende la colpa per far si che Alex continui la sua manovra di sabotaggio.

Alex confessa a Birkoff il suo desiderio di lasciare la Divisione. Amanda intanto riesce a fornire a Owen qualcosa che lui sta cercando da molto tempo: informazioni sul suo vero passato.

Nikita è nelle mani di Amanda che usa le sue tecniche di condizionamento mentale su di lei. Mentre è costretta ad affrontare i demoni del suo passato, Nikita scopre il più importante segreto di Amanda. Michael è stato messo sotto chiave da alcuni cospiratori all'interno della Divisione. Birkhoff e Sean cercano di salvare le loro partner.

Distrutta dai recenti eventi, Alex ricade nelle sue vecchie abitudini. Nikita e Michael intanto cercano di rimettere insieme i cocci della Divisione e cercano di salvare il salvabile prima che il Presidente scopra cosa è accaduto. Birkhoff affronta il dolore delle perdite subite.

La scatola nera finisce nelle mani di un gruppo di agenti ribelli al comando di Amanda. Senza le risorse appropriate e con poche liste da seguire, Nikita, Michael e Alex organizzano una missione rischiosa per riappropriarsi della scatola nera.

Michael mette in dubbio le certezze di Nikita sul loro futuro insieme, lontano dalla Divisione e non è l'unico ad avere dubbi. Purtroppo Amanda è ancora una minaccia persistente, specie adesso che si è alleata con dei nuovi partner che le hanno fornito un'arma terrificante. Alex prende in considerazione un'allettante offerta dal Premio Nobel che sta proteggendo.

Amanda costringe Nikita in una situazione di grave pericolo dove è costretta a scegliere tra la sua vita e quella di Michael. Il team cerca disperatamente un modo per fermare Amanda, ma senza le risorse a cui sono abituati sarà una lotta impari.