Percy tiene in ostaggio quattro membri della Direzione della Divisione fino a che Amanda non accetterà le sue richieste. Se Amanda rifiuterà di collaborare allora Percy darà il via all'operazione Clean Sweep, uccidendo tutti, compreso Amanda. Nikita nel frattempo è combattuta tra lasciare che le cose vadano per il loro corso, sconfiggendo una volta per tutte la Divisione, o se intervenire per salvare le vite degli innocenti che lavorano al suo interno. Sean è disperato e cerca di salvare sua madre da Percy e chiede aiuto a Nikita, Micheal, Alex e Birkhoff.

Nikita e Owen sono alle prese con un agente mercenario di nome Liam mentre Michael occupa una nuova posizione all'interno della Divisione. Le cose tra Michael e Nikita sono tese per via dell'intesa che c'è tra lei e Owen mentre lavorano sul campo.

Amand tiene Alex in ostaggio e intende rilasciarla solo in cambio di Ari. Michael assegna la missione di scambio degli ostaggi a Nikita e Sean, ma Ryan aggiunge Owen all'ultimo minuto, insospettendo Michael. Alex intanto fa amicizia con un'altra prigioniera, Larissa e le promette di liberarla. Purtroppo il piano di Alex è in contrasto con quello di Nikita e Alex è costretta a scegliere tra quest'ultima e la promessa fatta a Larissa.