Endlich konnte Naruto das Jutsu der Weisen im Land der Kröten erlernen. Fukasaku macht ihn trotzdem auf einige Risiken bei der Anwendung des Jutsus aufmerksam. Unterdessen wird Konoha von Tendo, einer Gestalt von Pain und seinen Gefolgsleuten angegriffen. Die Ninja konnten die Schutzbarrikaden des Dorfes überwinden, worauf die Bevölkerung in Panik gerät.

鹿丸一行人持续进行培因情报的解析工作。但在此同时，培因六道却破坏了木叶的结界，并且展开攻击。面对这突如其来的异变，众人都因措手不及而陷入一片慌乱。另一方面，在妙木山修炼的鸣人，则是面对了一个残酷的事实……。

더없이 평화로운 나뭇잎마을의 한 때에 페인이 코난과 함께 나타난다. 사쿠라는 시카마루 시호와 함께 암호 ‘진짜는 없었다’의 의미를 풀기 위해 머리를 짜내고 시즈네는 시체에 박혀있던 막대기의 분석에 들어간다. 그리고 정보부에서는 이노이치가 비마을 닌자의 머릿속을 들여다보기 위해 애쓰지만 방어벽이 있어서 뚫고 들어가기가 쉽지 않다. 한편 묘목산의 나루토는 선술수행에 박차를 가하고 어느 정도 진전이 있자 후카사쿠는 선술의 리스크에 대해 알려준다. 움직이지 않아야 쓸 수 있는 선인모드의 경우 동료가 많아야 쓸 수 있다는 것, 또 실망하는 나루토에게 자신과 융합을 하면 문제가 해결된다고 알려준다. 페인은 양동과 탐색으로 팀을 나눠 작전을 개시하고 마을을 공격한다. 시즈네는 막대기가 고주파 차크라를 받아들이는 수신기라는 결론에 도달하고 이노이치도 마침내 닌자의 머릿속에 근접한다. 하지만 마을은 페인의 공격으로 아수라장이 되고 보고를 받은 츠나데는 아카츠키가 공격해온 것을 알고 비상경보를 발령하고 나루토를 호출할 것을 명령한다.

Pain ha llegado a Konoha junto con Konan y los otros caminos para buscar al Kyūbi, alterando el orden de la aldea decide destruirla, todos los ninjas van a la lucha pero no pueden contra Pain y sus 6 caminos, La Hokage determina que Naruto debe regresar.

Pain ha llegado a Konoha para buscar al Kyūbi, alterando el orden de la aldea decide destruirla, todos los ninjas van a la lucha pero no pueden contra Pain y sus 6 caminos, La Hokage determina que Naruto debe regresar.

Pain et Konan arrivent à Konoha. Ils se séparent en deux groupes, un pour la diversion (Shuradô, Chikushodô et Gakidô) et l'autre pour les recherches (Tendô, Ningendô, Jigokudô et Konan). Ils s'infiltrent, commencent à faire des dégâts dans Konoha, et recherchent Naruto. Tsunade déclenche alors l'état d'urgence et cherche à faire revenir Naruto.

פלישתו של פיין לקונוהא מתחילה. במחלקת המודיעין בכפר, אינואיצ'י מגלה כי מוחו של השינובי מאמגאקורה מלא במחסומי גנג'וטסו. פיין מחלק את הגופות שלו לשתי קבוצות-הסחה וחיפוש, ומגלה כי קיים מחסום המגן על קונוהא מפני פולשים. בזמן שצ'יקושודו נשלח בתור הסחה, שאר הגופות חודרות אל קונוהא. לאחר החדירה לקונוהא, פיין מחפש אחר נארוטו וגורם להרס רב. בינתיים בחדר הנתיחות, מתברר כי הפירסינגים של פיין הם למעשה מקלטי צ'אקרה. אירוקה פוגש את סאקורה, ושולח אותה לטפל בפצועים הממלאים את בית החולים. טסונאדה שמקבלת את הדיווחים על פלישת האקאטסוקי לכפר, פוקדת להכריז על מצב חירום ולקרוא לנארוטו.

The Akatsuki Leader, Pain, begins his invasion of the Hidden Leaf Village. The Leaf ninja assemble to protect Naruto's whereabouts, but when Pain targets Iruka, Kakashi must face off against him.

Pain e Konan irrompono nel Villaggio della Foglia in cerca di Naruto mentre quest'ultimo sta ultimando il suo addestramento al monte Myoboku. Intanto, i servizi segreti della Foglia cercano di estrarre informazioni dal ninja della Pioggia catturato e Shizune studia gli inserti metallici nel corpo di Pain. Nel frattempo, Sakura e Shikamaru soccorrono alcuni abitanti del villaggio mentre l'Hokage viene informata dell'identità degli invasori ed ordina di far richiamare Naruto. Tuttavia Danzo ucciderà il rospo messaggero destinato a Naruto.

自来也が持ち帰った情報の解析を待つシカマル達。情報解析を進める木ノ葉の面々だが、その時、里の各地で異変が起きる。白昼堂々、木ノ葉の結界を破ってペイン六道が襲撃を開始したのだ。突然の来襲に事態が飲み込めず、騒乱に飲み込まれてゆく木ノ葉の住人達。忍達も反撃を開始するが、ペイン達の攻撃はあまりにも強力だった。一方その頃、妙木山ではナルトがフカサクより無敵にみえる仙人モードが抱える、重大なリスクについての説明を受けるが…。

Shikamaru e os outros esperam pelo resultado da análise do material coletado por Jiraiya, mas algo terrível abala a Vila Oculta da Folha.

Пэйн и Конан нападают на Коноху с целью узнать местонахождение дзинтюрики Девятихвостого. В составе команды вскрытия, Сидзунэ определяет, что металл на лице убитого тела Пэйна, — это чакроприёмники. Цунадэ объявляет тревогу и приказывает вернуть Наруто в деревню.

Лідер Акацукі, Пейн, починає своє вторгнення в поселення Прихованого Листа. Ніндзя Листя збираються, щоб захистити місцезнаходження Наруто, але коли Пейн націлився на Іруку, Какаші доводиться зіткнутися з ним.

Trong khi các ninja Làng Lá đang phân tích thông tin mà Jiraiya mang về, Lục Đạo Pain phá vỡ hàng rào phòng thủ của Làng Lá và tấn công.