Orochimaru agoniza em seu esconderijo e o ritual em que ele tomará o corpo de Sasuke como recipiente está próximo, mas o jovem Uchiha tem outros planos.

Orochimaru destrói seu corpo antigo e se transforma em uma serpente branca. Enquanto ele ataca Sasuke para conseguir seu corpo, se lembra do tempo que achou a pele de uma cobra branca na frente do túmulo de seus pais.

Sasuke derrota Orochimaru e liberta Suigetsu, um rapaz preso dentro de um tanque de água. Sasuke quer o apoio de Suigetsu, mas este não parece querer colaborar sem receber nada em troca.

Sasuke e Suigetsu visitam o esconderijo sul para recrutar o próximo companheiro, Karin. Suigetsu fica surpreso com a baixa segurança do esconderijo, mas dizem que nenhum prisioneiro consegue escapar graças às habilidades de Karin.

Sasuke e seu time vão para o esconderijo norte recrutar o próximo membro, Juugo. No caminho, Karin explica que esse esconderijo é local de horripilantes experimentos em humanos.

Sasuke chega na cela de Juugo, mas Juugo não quer ser solto. Ele prefere morrer sozinho a sair do esconderijo.

Mais de dez anos atrás, um tratado entre as Cinco Grandes Nações foi abalado, dando início ao conflito conhecido como a Terceira Grande Guerra Ninja. Kakashi, Obito, Rin e Minato estão encarregados de uma missão na Ponte Kannabi...

Obito ignora a ordem de Kakashi de continuar com a missão e vai salvar Rin, que foi sequestrada pelos ninjas da Pedra. Mas os inimigos detectam Obito e o detêm.

Depois de caçar o Quatro Caudas, Itachi e Kisami são convocados pelo líder da Akatsuki, que anuncia a morte de Orochimaru e seu possível assassino...

Sob o comando de Kakashi, os ninjas da Folha saem a procura de Itachi. Usando os cães de Kakashi, eles reúnem o máximo de informações possível. Enquanto isso, os membros da Hebi também tentam o mesmo.

Quando se encontram, Sasuke e Deidara começam uma batalha. Depois de trocar golpes para testar a força de Sasuke, Deidara é forçado a usar um ataque especial contar Sasuke.

Determinado a destruir o Sharingan para se livrar do gosto de derrota recebido de Itachi, Deidara usa seu mais forte ataque, o C4 Kagura.

Sasuke some depois de ser pego pela bomba suicida de Deidara. Sentindo seu desaparecimento, Juugo, Karin e Suigetsu vão para onde Sasuke estava e...

Para fazer com que Sasuke possa se focar na batalha com Itachi, Karin inventa um plano para manter os ninjas da Folha ocupados.

Durante o governo do Segundo Hokage, os jovens Jiraiya, Orochimaru e Tsunade são colocados no esquadrão de Sarutobi como Genin. Fascinado pelas inovações de Sarutobi, Jiraiya tenta dominar as técnicas de invocação.

A jornada do Jiraiya em busca de seu discípulo é atrasada devido à Terceira Grande Guerra Ninja. Ele então se junta a Tsunade e Orochimaru em uma batalha no País da Chuva.

Jiraiya se infiltra com sucesso no País da Chuva, se escondendo no sapo Gamagoro. Ele está em busca de informações, mas não encontra indícios de guerra civil.

Prevendo uma possível batalha, Jiraiya se previne e libera o sapo com a chave para o Selo de Oito Trigramas de Naruto.

Jiraiya batalha para derrotar seu antigo discípulo, Pain, que agora está tomado por seus malignos ideais e é membro da Akatsuki.

Jiraiya completa sua transformação em Modo Sábio para enfrentar os três Pains.

Sasuke chega em um dos esconderijos da Akatsuki seguindo os passos de Itachi. Sasuke está prestes a entrar sozinho, mas seu irmão aparece...

Enquanto Itachi espera Sasuke no esconderijo dos Uchiha, ele se lembra do incidente que levou sua saída da Folha. Quando Sasuke chega, a esperada batalha começa.

Seguindo a feroz batalha de Genjutsu com Sharingan, Itachi explica o segredo do mais poderoso Jutsu Ocular, o Mangekyou Sharingan, assim como a história dos Uchiha...

Sasuke perde seu olho esquerdo para Itachi, mas no fim era um Genjutsu criado pelo Mangekyo Sharingan. Sasuke, então, se liberta do à força do Reino das Chamas Infernais de Itachi.

No ápice da batalha, Itachi e Sasuke ficam sem Chakra. Mas Sasuke revela que tudo até aquele momento era só uma prévia do que está por vir.

Naruto e seus companheiros são pegos por Tobi, que usa um estranho Jutsus muito além de Genjutsu.

No esconderijo da Akatsuki, Sasuke encontra Madara. Anunciando ter sido cúmplice de Itachi na noite do massacre dos Uchiha, Madara conta a Sasuke a verdade desconhecida sobre Itachi.

Madara deixa Sasuke totalmente atônito quando revela a verdadeira história do Clã Uchiha.

As Chamas Infernais de Itachi ainda ardem no campo de batalha quando Naruto e seus companheiros chegam e busca de Sasuke.

Sasuke nomeia seu novo grupo de Taka e se une à Akatsuki em busca das Bestas de Caudas que ainda precisam ser capturadas. E, no País do Raio, eles partem em busca do Jinchuuriki do Oito Caudas, o ninja Killer Bee.