遂に新術にて角都を倒したナルト。カカシはその姿に訪れつつある世代交代の時を感じ取る。綱手は里に戻った一行をねぎらい、アスマ班とヤマト班にしばしの休息を与える事に。アスマの墓前で妊娠中の紅に会ったシカマルは、アスマの残した『玉』を今度は自分が守ると宣言するのだった。一方、角都戦で痛めたナルトの右腕は思いの他重症だった。風遁螺旋手裏剣の危険性を把握した綱手は、ヤマトとカカシに二度とナルトに新術を使わせないよう警告する。――その頃、遠方の地では大蛇丸の次なる計画が動き出そうとしていた。

やっと訪れた束の間の平和を打ち破る『大蛇丸のアジト』発見の報。報せを受けた綱手は直ちにカカシ、ヒナタ、シノ、キバによる探索班を結成し、早速アジトを探らせる事に。一方、新術『風遁螺旋手裏剣』が、術者をも蝕む術である事を感じ取り、悩みに悩むナルトは、丁度里に戻ってきた自来也に新たな術を伝授してもらう為、共に温泉郷へと旅立ってゆく。――丁度その頃、遠く離れた地では大蛇丸の女配下・紅蓮が大蛇丸から与えられた任務遂行の為、部下の選抜を開始する。

温泉地に着いたナルトと自来也。自来也はナルトに風遁螺旋手裏剣に代わるガマとのコラボ忍術を提案する。ところが相棒のガマとして口寄せされたのは、三年間の修業期間でナルトと決定的にウマがあわなかった忍ガマのガマ力さんだった。一方、大蛇丸の指令を受けた紅蓮はそれに見合う実力を持つものをアジトの忍の中から選抜していた。紅蓮はその強引なやり方に反発する者達を一気に叩き伏せ、実力を見せ付ける。その後をひそかに追尾するカカシ達だが…

大蛇丸のアジトにて、サスケの千人斬りを目撃する紅蓮。かつて大蛇丸の器になり損ねた紅蓮は嫉妬心をあらわにする。そんな紅蓮に大蛇丸が持ちかけた計画とは――？　一方、三尾召還実験をするカブトと幽鬼丸。消耗の激しい幽鬼丸を癒す為、カブトは温泉に立ち寄る事にする。しかしそこではナルトと自来也が滞在し、ガマ吉、ガマ竜とのコラボ忍術修業にはげんでいた。立ち込める湯煙の中、ナルトは敵とは知らず、幽鬼丸との出会いを果たす。その頃、紅蓮達の追尾を続けるカカシは戦況の変化を伝える為、木ノ葉へ伝令を放つのだった。

自来也の元に届く新たなる情報。ナルトの新術に一応の目処が立ったと考える自来也は、暁の動向を探るため旅立ってしまう。骨折の治ったナルトは里に戻り、修業の続きを行うことに。その木ノ葉の里では、カカシからの伝令を受けた綱手が、届けられた謎の結晶の調査を開始していた。一方その頃、大蛇丸配下の者たちの探索を続けているカカシ達だったが、シノが晶遁で死滅したと思われていた寄壊蟲の生き残りの気配を察知する。ともすれば敵への有効な切り札となりえる蟲を入手するため、シノは皆と別れ、蟲の探索を開始するが…。

アジトに残されたリンジとゴズは、残された痕跡から自分達を追尾する忍の存在を感じ取っていた。時を同じくして、敵がコウモリを使って周辺を監視していることに気づくカカシ達。両勢力は互いの存在を意識しつつ、互いの動きを探りあうことに。――その頃、幽鬼丸を連れて部下のもとに急ぐ紅蓮だったが、道中、雨に打たれた幽鬼丸が熱を出し看病せざるを得なくなってしまう。慣れない看病に疲れ、いつしかまどろんでしまう紅蓮は、夢の中で奇妙な光景を目撃する。

木ノ葉にてガマ吉、ガマ竜と共に修業に励むナルト。だがカカシ達が大蛇丸のアジト探索任務に当たっている事を知ると居ても立ってもいられず、綱手に直談判を申し込む。「お前がこの任務に志願するのは何のためだ？」厳しく問う綱手にナルトが提示した答えとは…？　一方その頃、カカシ達は蟲を連れ帰ったシノと合流するが、シノは晶遁に対する免疫を持つ寄壊蟲を増やすため、一度戦線を離脱する事に。木ノ葉のリスク回避のため、引き続き探索続行を決意するキバとヒナタに、カカシが提案した新たなる追尾手段とは…。

カカシ班の援護に出発するヤマト班。ナルトは出発直前にガマ竜の腹に入ることで新術へのヒントを掴むのだった。一方、手がかりのない中、追跡任務を続けていたカカシ達だが、間一髪の差で気取られ、そのまま紅蓮の配下たちと予定外の戦闘へとなだれ込んでしまう。不意打ちにて二手に分断される探索班。苦戦を強いられる中で明らかになるゴズとリンジの能力、そして探索班を待つ運命とは――？

結晶化した寄壊蟲の解析結果により、カカシ達が戦っている相手は「晶遁」という稀少な術の使い手である事が判明した。未だ見えぬ大蛇丸の目的に苛立つ綱手は焦りをにじませる。一方、ゴズとリンジを退けた探索班にはある異変が起きていた。展開しているシノの寄壊蟲の包囲網ごと、結界忍術に捕らわれたのだ。それは紅蓮の翠晶迷宮の術だった。晶遁使いとの直接対決を覚悟するカカシ。しかし部下に行わせた戦闘により、木ノ葉の手の内を把握している紅蓮が取った戦術とは…？　――その頃、増援班としてカカシ班を追いかけるナルトは、温泉で会った少年・幽鬼丸と再び遭遇する。

ガマとのコラボ忍法を成功させ、結界を粉砕してカカシ班の元に駆けつけたナルト達増援班。しかし、ナルトの新術は流体を結晶化させる紅蓮の能力により返り討ちになってしまう。戦況を不利と判断するカカシは増援班の協力の元、盾に取られたヒナタを奪還し、辛くも戦闘から離脱する事に成功する。木ノ葉に追い討ちをかけようとする紅蓮だったが、現れたカブトに促され、本来の任務に戻る事に…。たどり着いた湖で再び行われる実験の果てに紅蓮たちが目にしたものとは ――？

蝙蝠を使って、紅蓮たちを追尾する木ノ葉達。その行く先に大量のチャクラの気配を感じ取る赤丸とキバ。ただならぬ事態が起こりつつあると確信するカカシは、現れたリンジ達との交戦に入る直前にナルトを湖に向かわせることに。その頃、湖では紅蓮達による三尾捕獲作戦が展開していた。幽鬼丸の消耗により制御不能となる三尾を力づくで押さえつける紅蓮。その紅蓮に危機が迫った時、幽鬼丸が発揮するおもわぬ力とは…？　ガマ吉、ガマ竜と共に湖にたどり着いたナルトは信じられないものを目撃する。

濃霧の中、ナルトとの合流を果たす木ノ葉達。湖を覆う霧に幻覚作用がある事を知り、仲間たちは警戒感を強めてゆく。またナルトの報告により、敵の狙いが三尾である事を知るカカシは、想定外の事態に綱手の判断を仰ぐ事に…。一方、幽鬼丸と共に取り残された紅蓮は、三尾の吐き出す霧の作用で不思議な幻覚に捕らわれる。幻覚に苦しむ紅蓮を救ったのは…。――そして同じ頃、木ノ葉では三尾出現の報告を受けた綱手が対策を打ち出していた。

幽鬼丸を探して霧の中に入ってゆくナルト。分断された状況の中で動けない幽鬼丸を守るべく、警戒を強める紅蓮。はからずも両者が相対した時、幽鬼丸を巡る激しい感情が火花を散らす。その一触即発のギリギリの緊張を打ち破ったものとは――？　一方、姿を消したナルトを探す、木ノ葉の仲間達。敵の尾獣捕獲手段を考察するカカシはナルトの話から、ある推論に辿り着いていた。

木ノ葉より増援部隊が到着した。綱手より下された新たな任務は「尾獣三尾を誰の手にも渡らぬよう封印する事」と「尾獣に関わる能力を持つ幽鬼丸を保護する事」。チャクラコントロールに長けたヒナタ、サクラ、いの、シズネで封印班を組み、残りの仲間達は二班に別れ、封印班を護衛する事に。予測される晶遁使いとの再戦に備え、カカシが打ち出した対策とは。一方その頃、対する大蛇丸陣営では、紅蓮がカブトへの不信感を募らせていた。その時、カブトに歩み寄る人影とは――？

三尾を封印したい木ノ葉側と、何としても阻止したい紅蓮側。それぞれの思惑を抱き、作戦を開始する両陣営。三尾捕獲の為の結界四方封陣を発動し、三尾の探索を開始するシズネ達封印班と、それを護衛するヤマト班とカカシ班。それぞれの元にリンジ班、紅蓮班が現われた時、ついに再戦の幕が上がる。ヤマト班として再びキギリ、ヌラリ、キホウと対峙するキバは以前戦ったときの事を思い出し、リーとテンテンに忠告をするが――。

三尾封印の為の結界四方封陣を守るべく、紅蓮との死闘を繰り広げるカカシとナルト。サイは一人、ゴズとの闘いを繰り広げる。紅蓮の圧倒的な晶遁の威力に劣勢に追い込まれるカカシ班。カカシ達の奥の手は紅蓮の晶遁を切り崩す事は出来るのか？　一方、遂に三尾の居場所を探し当てる封印班達。チャクラコントロールに全神経を集中させるが、護衛班が迎撃に出払い、無防備になったその側面に敵の影が忍び寄る…

幽鬼丸の力を使って三尾を暴れさせ、内側から木ノ葉の結界四方封陣を破ろうと考えるカブト。カブトに弱みを握られ、逆らう事が出来ない紅蓮だが、もう一度だけ自分に結界四方封陣を壊すチャンスをくれと進言する。そこでカブトが提示した条件とは…？　一方、カカシとサイ、ナルトとシノは二手に別れ、逃れた紅蓮の探索を続けていた。幽鬼丸の居場所を特定する為、何としても紅蓮と接触したいナルトだが…。また同じ頃、湖では三尾封印の為の結界四方封陣が完成のときを迎えていた。

怒れる三尾から紅蓮の身を守ろうと、限界を超えた力を発揮する幽鬼丸。その決意に心を打たれる紅蓮は、幽鬼丸の母を殺した己の罪を心から悔いる。しかし幽鬼丸が力尽きるのと同時に、コントロールから解き放たれた三尾は己を操る幽鬼丸に激しい怒りをぶつけ、亡き者にしようと攻撃を加えるのだった。執拗な攻撃から必死に幽鬼丸を遠ざけようとする紅蓮だが――そんな互いを想い守りあう二人の関係を冷静に眺めている人物がいた。そして紅蓮に、最大の窮地が訪れる…！

幽鬼丸を守る為の共闘の果てに、三尾に飲み込まれてしまったナルトと紅蓮。そこはどこまでも鍾乳洞が広がる異様な世界だった。幽鬼丸を巡り互いに敵意をむき出しにする両者だが…そこには思いがけぬ危機が迫りつつあった。一方、戦いの中、幽鬼丸を保護するも、ナルトの姿を見失ってしまった木ノ葉の仲間たち。幽鬼丸の治療に当たるサクラに目覚めた幽鬼丸が告げた驚くべき言葉とは――。その頃、湖近くの洞窟では瀕死の重傷を負ったヌラリ、キホウ、キギリを冷酷に見据えるカブトの姿があった。

ナルトが三尾の中にいると聞かされる木ノ葉の仲間たち。幽鬼丸の不可思議な感覚を信じるしかないカカシ達は導きに従い、救出作戦を試みる事に。異空間に消えた三尾の中にいるナルト達を救い出す手段とは――？　その頃、三尾の内部では襲い来る小型三尾の攻撃にさらされたナルトと紅蓮が窮地に陥っていた。霧に包まれた峡谷で二人が目の当たりにする恐るべきものとは…？　絶体絶命の危機の中、自らの命運が尽きたと感じる紅蓮は、幽鬼丸をナルトに託そうとするが…

救助手段を講じても戻らないナルトと紅蓮に、焦燥感を募らせる仲間達。しかし目覚めてしまった三尾に対抗する為、再び封印班は結界四方封陣を試みる事に。危険な場所から幽鬼丸を遠ざけようとするサイだが、カブトの術によって強化されたヌラリ、キホウ、キギリの突然の奇襲を受け、幽鬼丸を奪われてしまう。だが、木ノ葉による三尾封印が完成しかねない状況はカブトの心に暗い影を落としていた。逡巡の果てに、カブトが取った行動とは？　そして消えたナルトと紅蓮の行方とは――？

幽鬼丸の全ての力と命を使い切り、三尾に木ノ葉を叩かせようと目論むカブト。幽鬼丸に操られた三尾の凄まじい力に封印を破られそうになるシズネ達の危機を救った意外な存在とは――。一方、力を引き出され、憔悴する幽鬼丸の元に駆けつけるナルトと紅蓮。紅蓮の懸命の呼びかけに意識を取り戻す幽鬼丸だが、リンジは幽鬼丸に、母親の死の真相を暴露してしまう。真実を明かされた幽鬼丸がたどり着いた答えとは――。

遂にナルトの前に姿を現したカブト。紅蓮と幽鬼丸の気持ちを利用した、大蛇丸の計画を聞かされ激昂するナルトは、カブトとの戦闘に突入する。衰弱した幽鬼丸と共に、その場から脱出を図る紅蓮だったが、カブトに操られたリンジがその前に立ちはだかる。超音波の干渉によりあらゆる結晶化を阻止され、劣勢に追い込まれる紅蓮。「絶対に守る」と約束した幽鬼丸の為に、紅蓮が取った戦術とは――。幽鬼丸の絶叫と共に、制御不能の暴走を始める三尾を前に立ち尽くす仲間達。幽鬼丸の命を救う為、そして果たせなかった約束を受け継ぐ為、暴走を止めるべくナルトが三尾に立ち向かう。

一度拠点に戻り、それぞれの治療をする木ノ葉の仲間達。しかし先の戦闘は皆に深刻なダメージを残していた。昏睡する幽鬼丸を診るシズネだが、幽鬼丸は二度と三尾を操れぬ体となっていた。全ての報告を聞いた綱手は、これ以上の任務続行は不可能と判断。これまで得た情報を元に新たな対策を練るべく、代替要員を派遣し、交代で皆に里へ戻るよう告げる。しかしその夜、幽鬼丸は一人姿をくらましてしまう。幽鬼丸を案じ、懸命に追いかけるナルトが月明かりの中で目にしたものとは――？　そしてナルト達の出立の日、湖には三尾を求めてやってきた暁のデイダラとトビの姿があった…。