戦いの爪跡の残る木ノ葉では復興作業が進められていた。作業を手伝う木ノ葉丸達の姿に、生徒達の成長を実感するイルカ。一方、自来也との調査から戻ったカカシは、綱手に暁が動き出した旨を報告していた。新術開発が中断したままのナルトの身を案じる綱手だが――その頃、雷の国雲隠れの里では飛段と角都による二尾狩りが終盤を迎えつつあった。

カカシの帰還により、再開されるナルトの新術開発。張り切るナルトだが、性質変化の修業は次段階に入り、今度は風のチャクラのみで滝を切る事になるとの説明を受ける。一方、捕縛した二尾をゼツに託した飛段と角都は、九尾を求めて火の国に向うことに。火の国にて、九尾のいそうな場所をしらみつぶしにする二人が最初に訪れたのは火ノ寺だった。招かれざる訪問者を前に色めき立つ僧侶たちを背に、暁を迎え撃つ地陸の辿る運命は…？

生き残った僧により木ノ葉にもたらされる、火ノ寺全滅の報せ。暁の火の国侵攻を知った綱手は、国内で暁を討つべく、新編成した二十小隊を対暁戦へと差し向ける。一方その頃、ナルトは滝を切る修業に懸命に打ち込んでいた。常人では成し得ないハードな修業を見守るサクラは、もはや修業では追いつけない力の差を感じとる。自分たちが「七班」と呼ばれた頃の懐かしい記憶が蘇り、満天の星を見上げるサクラ。ナルトもまた星空を見上げ、去っていったサスケを思うのだった。

暁を追い、蟻の這い出る隙もない包囲網を敷く木ノ葉達。しかし一考につかめぬ足取りに、ツナデの苛立ちはつのってゆく。一方その頃、アスマ班は無残に壊滅した火ノ寺に到着していた。地陸の遺体だけが見当たらないことから、暁の目的は地陸にかかっていた賞金ではないかと推測するアスマ達。早速、木ノ葉に伝令を走らせ、自分たちは近隣の換金所に向かう事にする。その頃木ノ葉では、休憩の為一楽を訪れたナルトにかつてない事態が襲い掛かっていた。

風遁属性を入手したナルトはカカシに新術開発の難しさを告げられていた。螺旋丸に属性を組み込む事は四代目火影にさえできなかったと知らされるが、カカシの言葉に背を押され、渾身の力で新術の開発に打ち込んでいく。一方、暁の二人は換金所に到着、そこで地陸を倒した賞金を受け取っていた。暁探索のため、換金所に向かう木ノ葉達の運命は――！？

遂に暁の飛段との戦いになだれ込むアスマ班。隙を突いて先手を取るも、次第に明らかになる飛段の能力に戦慄する一同。そこにもう一人の暁、角都も登場し、圧倒的な実力差の元、木ノ葉勢は絶体絶命の窮地に立たされる。撤退すら不可能と悟り、厳しい表情で皆に作戦を言い渡すアスマだが――その内容はシカマルを始め、仲間達を驚かせるものだった。

飛段が行った不可解な術によって、全ての攻撃をわが身に受けてしまうアスマ。その術は特殊な仕掛けで飛段とアスマの体をリンクさせるというものだった。間一髪、影首縛りで飛段の動きを止めるシカマルだが、その効力は長くは持たない。増援部隊も期待できない圧倒的窮地の中、飛段の術の分析を進めるシカマルは、時間内にその秘密を暴く事ができるのか――！？

シカマルがカラクリを見破った事により、飛段に渾身の一撃を叩き込むアスマ。しかし、首を切断されたにもかかわらず飛段は生き続けていた。その人間離れした不死性に唖然とする木ノ葉達の前で、今まで静観を決め込んでいたもう一人の暁、角都が参戦を宣言する。賞金首を狩りにかかるノーダメージの暁二人からアスマを救おうとする木ノ葉勢だったが――一瞬の隙をつき、アスマは飛段の術中に落ちてしまう。

飛段の術により瀕死の重傷を負うアスマ。暁によってそれぞれ窮地に追い込まれ、絶体絶命のシカマルたち。しかしそこに駆けつけたのは、イノとチョウジをはじめとする木ノ葉の増援部隊だった。仲間達を救出し、再び暁とにらみ合う木ノ葉達だが――何者かの突然の介入により、暁達は突如撤退してゆく。辛くも戦闘を回避した木ノ葉勢だが…急所を貫かれたアスマには最期の時が迫っていた。

はるか遠方の地で、暁が『世界征服』こそ組織の目標である事を明かしていた頃――木ノ葉では帰還したシカマルたちが綱手に任務報告をしていた。紅の心中を慮る綱手だが、シカマルは自らアスマの死を紅に告げる役を買って出る。一方、困難を極める新術開発に行き詰まりを感じているナルトは、カカシの助言をきっかけに思わぬヒントを得ることになるが――そこに、アスマの訃報が飛び込んでくる。

深い悲しみの中、木ノ葉の里ではアスマの葬儀が営まれていた。一人葬儀を欠席したシカマルは、深い喪失感から立ち直れずにいた。同じくチョウジもまた、やりきれない思いを噛み締めていた。失意の第十班それぞれが冷静に己を見つめなおした時、見えてくる『通すべき筋』とは…。自らの意思で『暁拘束任務』の続行を決める第十班。綱手に無謀な出撃を反対されるシカマル達だが――そこに思わぬ救いの手が差し伸べられる。

暁拘束の為、旅立った十班とカカシ。連携のとり易さから、増援はナルト達七班が最適と考える綱手は、ナルトに24時間以内に新術を完成させるように命じる。一方、全ての策を確認し終えたシカマル達は、角都、飛段との対決の時を待っていた。そしてイノの心転身の術が飛段達を発見した時――遂に戦いの火蓋が切って落とされる。張り巡らされたシカマルの計略は、暁の二人を倒すことができるのか…？

先制攻撃を仕掛けるものの、物理攻撃一切を無効化する角都の能力に戦慄するシカマルとチョウジ。だが、そのカラクリを看破したカカシにより、角都はあっけなく倒される。――だがそこに起こるある異変とは？　想像を超えた現象を目の当たりにするシカマル達は新たなる窮地に追い込まれる。一方その頃、着々とオリジナル忍術をと完成させつつあるナルトは、ヤマトより『五大性質変化の優劣関係』について説明を受けていた。

頭刻苦の猛烈な火遁攻撃をかろうじてかわすシカマル達。だが、写輪眼と雷切を連続で使ったカカシには疲労が蓄積していた。不死身である飛段と角都を倒す為には、敵を分断するしかないと判断するシカマルは自ら進んで飛段を角都から遠ざけるための陽動役を買って出る。シカマルに飛段を任せ、角都の相手を引き受けるカカシだが――その時、不意に明かされた、角都の恐るべき秘密とは…？

一人森の奥で飛段と対峙するシカマルは、チャクラ切れにより飛段に血を取られ絶対絶命の危機を迎えていた。同じ頃、カカシもまた角都の猛攻撃を受け、遂に捕らわれてしまう。潰した心臓の代替品として心臓を抜き取られる寸前のカカシだが――その時、優位に立っていた筈の角都にある異変が起きる。だが全ては予定調和だった。今、シカマルが考えぬいた作戦の全貌が明らかになる…！

間一髪のタイミングでカカシ班の増援に駆けつけたナルト達。サクラとサイはカカシの指示で孤軍奮闘するシカマルの援護に向かうことに。その頃、飛段に追い詰められたかに見えたシカマルには、勝負の時が迫っていた。不死身の飛段を倒すべく、シカマルが周到に用立てたモノとは…そして勝負の行方は？　一方、修業の経験を活かし、影分身を使って角都の情報収集を行うナルトは、新術である『風遁・螺旋丸手裏剣』を作り上げてゆく。

ナルトの新術の威力に驚くイノとチョウジ。角都もまた本能的にナルトの術の危険性を察知するが、発動時間の短い新術は角都に当たる手前で消滅してしまう。手の内がバレた以上、ナルトの新術で角都を倒すのは難しいと判断する仲間たち。しかしナルトは自分の更なる成長の為、もう一度やらせて欲しいと懇願する。その真摯な気持ちに折れる仲間たちだが…。ナルトの新術を避ける為、遠距離タイプに形態を変化させる角都に、ゼロ距離で当てなければならない『風遁・螺旋手裏剣』は届くのか？