마침내 카쿠즈는 쓰러지고 아이들은 마을로 돌아온다. 시카마루는 아스마의 묘에서 쿠레나이를 만나 아스마가 늘 자신을 지켜주었다며 아스마의 아이가 태어나면 자신이 그 아이를 지켜주겠노라고 한다. 아버지와 장기를 두던 시카마루는 왕장이란 나뭇잎마을을 짊어진 미래의 아이들이라고 한다. 한편 카쿠즈에게 나선수리검을 쓴 후 나루토의 팔은 큰 상처를 입고 츠나데는 카쿠즈의 검시를 통해 놀라운 사실을 알게 된다. 나선수리검의 공격이 세포 수준까지 공격을 하여 경락계 하나하나가 다 끊어진 상태로 그 여파로 나루토의 팔도 부상을 입은 것. 츠나데는 카카시에게 절대로 나루토가 그 술법을 다시 쓰지 못 하게 해야한다고 한다. 나루토는 자신을 걱정하는 사쿠라에게 사쿠라와 함께 사스케에게 가까워진 기분이 들어서 좋다고 말한다. 한편 오로치마루는 카부토에게 어떤 이를 데려오라고 말하고 카부토는 그 장본인인 구렌을 만나러 간다.

오로치마루의 아지트를 찾아나선 나뭇잎마을의 암부가 성공을 눈앞에 두고 습격을 받아 대충의 장소를 약도로 그려 나뭇잎마을로 보낸다. 편지를 받은 츠나데는 탐색대를 짜서 보내기로 한다. 한편 구렌은 카부토가 전한 오로치마루의 말에 따라 가둬두었던 개조닌자들을 서로 싸우게 한다. 카카시는 나루토에게 강한 술법일수록 위험성이 크다고 하지만 나루토는 걱정하지 말라고 한다. 아카츠키를 찾으러 떠났던 지라이야는 츠나데가 새 술법의 위험성에 대해 걱정하는 이야기를 듣게 된다. 한편 오로치마루의 아지트에 있는 소년 유키마루는 사스케에게 자신이 돌아갈 곳이 어디냐며 묻는다. 카카시는 탐색대로 뽑힌 시노 키바 히나타와 함께 오로치마루의 아지트를 찾아 길을 나서고 지라이야는 또 다른 새로운 술법이 필요하다고 걱정하는 나루토에게 함께 여행읠 떠난 수행을 하자고 제안한다.

카부토는 오로치마루의 명령에 따라 유키마루를 데리고 길을 떠난다. 한편 개조닌자들이 싸우고 쓰러져 어느 정도의 숫자가 남자 구렌은 싸움을 중지시키고 남은 이들에게 부하가 되라고 명령하고 데리고 떠난다. 나루토는 여탕 엿볼 생각에 정신없는 지라이야한테 실망하지만 지라이야는 3년 전과 변함없이 사스케를 생각하는 나루토의 모습에 감동을 받는다. 마침내 아지트를 찾은 카카시일행, 하지만 그 곳에는 싸우다 쓰러진 개조닌자들뿐이고 기지가 무너진다. 하지만 아지트를 나간 자들을 뒤쫓기 위해 다시 길을 나선다. 지라이야는 두꺼비 가마리키를 소환해내어 두가지 술법을 결합한 콜라보인술을 나루토에게 전수하려 하지만 가마리키와 사이가 좋지 않은 나루토는 계속 가마리키와 투닥거린다. 한편 오로치마루는 사스케를 불러 힘이 얼마나 커졌는지 시험해보고 싶다고 말한다.

카부토는 유키마루를 데리고 아지트를 떠나 호수로 가서 이상한 테스트를 한다. 카카시는 결정체 안에 갇혀 죽은 기괴충을 파쿤에게 맡겨 츠나데에게 분석을 부탁한다. 가마리키와 나루토는 수행 내내 서로 다투다 결국 결별을 선언하고 나루토는 자신과 궁합이 잘 맞는 다른 녀석을 찾겠다면 가마키치와 가마타츠를 불러낸다. 사스케는 오로치마루가 준비한 천명의 닌자를 한번에 쓰러트리고 이타치에 대한 원한을 토로한다. 오로치마루의 다음 그릇이 되기 원했던 구렌은 이를 지켜보고 놀라고 오로치마루는 부탁이 있다며 그 일이 잘 되면 다음 그릇에 대해 다시 생각해보겠다고 말한다. 나루토는 가마타츠의 이상한 행동을 따라하는 가마키치의 수행방식에 크게 실망하고 우연히 온천에서 나루토를 만난 유키마루는 생각해주는 사람이 있는 곳이 돌아갈 곳이라는 말에 기뻐한다. 가마타츠의 마음을 읽고 거기에 어떻게 응답하느냐가 중요하다는 가마키치의 말에 나루토는 다시 수행을 결심한다.

나루토는 가마키치 가마타츠와 수행을 계속하고 조금씩 가마타츠와 마음이 통하는 것을 느낀다. 수행중 급한 정보를 받은 지라이야는 잠든 나루토를 두고 떠나고 나루토는 가마키치 가마타츠와 함께 마을로 돌아간다. 한편 츠나데는 파쿤이 전해준 기괴충이 든 결정의 분석에 들어간다. 시노는 자신의 벌레가 살아남아있다면 적의 술법에 내성이 있는 귀중한 존재가 된다며 살아남은 벌레를 찾으러 혼자 떠나고 아카마루는 개호루라기 소리를 들었다고 하지만 어째서인지는 알 수가 없다. 한편 린지패거리가 미리 손을 잡고 있었던 것을 눈치채고 있었다고 말하는 고즈와 린지 사이에 긴장감이 감돌지만 고즈는 린지의 뜻에 동참할 뜻을 비춘다. 마을로 돌아온 나루토와 두꺼비 일행, 나루토는 가마타츠에게 물대포를 부탁하지만 두꺼비 둘 다 수둔을 쓸 줄 모른다는 사실에 깜짝 놀란다.

구렌은 오로치마루의 명령에 유키마루를 데리고 떠난다. 시노는 알을 품고 있는 벌레를 발견하고 부화에 들어간다. 나루토는 수둔도 못 한다는 가마타츠와의 수행을 재개한다. 츠나데는 야마토에게 나루토에게 비밀로 하고 사이 사쿠라와 카카시팀 지원을 떠나라고 한다. 린지 일행은 카카시팀의 존재를 눈치채고 구렌은 몸이 약한 유키마루 때문에 늦어지자 화가 나지만 유키마루는 구렌을 잘 따른다. 비가 와서 동굴에서 몸을 피하던 카카시 일행, 키바는 박쥐를 보고 개 호루라기소리의 비밀을 알아낸다. 개 호루라기 소리와 같은 초음파를 쓰는 박쥐, 자신들이 적에게 감시당하고 있다는 것을 눈치챈 것. 유키마루는 구렌에게 엄마도 결국 돌아오지 않았다고 한다. 구렌은 그런 유키마루에게 동백을 결정에 넣어서 준다.

나루토의 말대로 물을 마시고 물대포를 뿜는 연습을 하는 가마타츠, 하지만 수행에는 진전이 없고 결국 나루토가 억지로 코를 막아 물대포를 나오게는 만든다. 우연히 사이를 만난 나루토는 자신만 빼놓고 임무를 간다는 것을 알고 츠나데를 쫓아가 열심히 생각하면 마음이 전해질 거라고 하고 지라이야의 편지를 받은 츠나데는 결국 나루토가 가는 것을 허락한다. 한편 시노는 부화에 성공하지만 벌레의 수가 너무 작아 수를 단숨에 불리겠다며 혼자 떨어진다. 구렌은 린지로부터 카카시일행에 대한 얘기를 듣고 찾아내서 해치우겠다고 한다. 카카시는 불필요한 전투를 막기 위해 박쥐의 냄새를 피해 숲속을 전진한다. 나루토는 빨리 술법을 완성해야한다고 가마키치를 조르고 가마키치의 말대로 가마타츠의 입속에 들어가 수행을 계속하고 유키마루는 나가려는 구렌을 붙잡고 자신의 부적을 지어준다. 한편 숲속을 전진하던 카카시 팀은 마침내 적의 존재를 포착한다.

수행을 하는 나루토는 마침내 진전이 있지만 찾으러 온 사쿠라 손에 이끌려 마을을 떠난다. 한편 불시에 습격해온 린지 일행, 고즈가 먼저 카카시를 공격하고 남은 히나타와 키바는 키기리의 연막 때문에 앞도 안 보이고 후각까지 쓸 수 없게 된다. 키바가 자리를 피하고 히나타가 유권으로 누라리를 공격하지만 누라리에게는 먹혀들지 않는다. 카카시는 고즈의 엄청난 힘에 다소 고전하고 히나타가 위험한 것을 안 키바는 아통아로 공기를 날려버림으로써 시각과 후각을 되찾고 부상당한 히나타를 도우러 간다. 린지와 다른 부하들은 둘을 공격하려는 하지만 벌레들을 몰고 나타난 시노 때문에 후퇴하고 카카시도 뒤이어 나타난다. 모든 것을 지켜보고 있던 구렌은 자신이 나서서 싸울 것을 결심한다.

츠나데는 시노의 기괴충 분석을 통해 적의 술법이 오래 전 소문이 돌았던 정둔이라는 사실을 알고 오로치마루가 전생을 위해 손을 썼다는 것을 알게 된다. 카카시를 찾아나선 나루토일행, 나루토는 다시 유키마루와 만나고 생각해주는 사람이 있다는듯한 유키마루의 말에 꼭 붙어있으라고 말한다. 구렌은 스스로 나서서 정둔으로 카카시일행을 가둬버리고 나루토일행은 뒤늦게 도착해서 커다란 결정덩어리를 보고 놀란다. 구렌은 분신을 만들어서 각각 전투를 벌이고 결정 때문에 백안이 오히려 약점이 된 히나타는 결국 구렌의 인질이 되고 만다. 구렌은 카카시 일행에게 인질로 잡은 히나타를 보여주고 카카시 일행은 놀란다. 한편 나루토는 야마토의 목둔으로도 결정을 파괴할 수 없다는 것을 알자 가마키치와 가마타츠를 불러내서 두꺼비 철포로 거대한 결정덩어리를 공격한다.

나루토는 결정을 부수고 진입하는데 성공하지만 히나타가 인질로 잡힌 것을 알게 된다. 카카시의 지시대로 공격하여 히나타를 손에 넣고 구렌은 달아나지만 가마타츠의 실수로 히나타를 가둔 결정덩어리에 금이 간다. 마침 파쿤이 도착해 정둔에 대해서 알리고 히나타를 가둔 결정덩어리가 부서지지만 히나타는 멀쩡하다. 차크라를 써서 자신의 몸을 보호했던 것. 히나타의 부상에 적을 쫓을 것인가 말 것인가 고민하지만 결국 사쿠라와 사이를 히나타 곁에 남겨두고 적을 쫓기로 한다. 박쥐를 이용해서 추적하던 중 시노는 다른 방법이 있다고 말하고 나루토의 분신을 이용해 분신을 이용한 박쥐가 린지에게 알리기 위해서 가는 것을 모두 쫓아간다. 한편 카부토는 배에 고즈 유키마루 구렌만 태우고 호수로 가고 싫어하는 유키마루를 달래서 약을 먹이고 실험을 시작한다. 그리고 마침내 유키마루의 비명에 맞춰서 호수에 엄청난 일이 일어나려 한다.

유키마루의 비명과 함께 3미가 나타나려 하고 이를 나루토일행과 린지일행도 느낀다. 나루토일행은 박쥐를 쫓아 안개가 낀 곳으로 향하고 이를 알게 린지는 키호의 술법을 이용해 연막을 피워 시야를 막는다. 카카시는 나루토를 혼자 호수로 보내고 유키마루는 3미를 불러내는데 성공하지만 3미는 제어가 되지 않고 멋대로 날뛴다. 구렌은 카부토의 말에 따라 정둔으로 3미를 가두는 데 성공하고 카카시 일행은 연막에 꼼짝없이 잡혀있다 위험에 처할뻔하지만 뒤이어 달려온 히나타의 도움을 받는다. 3미는 결국 구렌의 결정을 벗어나 미쳐 날뛰어 구렌과 싸움을 벌이고 나루토는 미수를 알아본 가마키치의 말과 구렌과 함께 있는 유키마루를 보고 놀란다. 그리고 구렌은 위기에 처한 유키마루를 구하기 위해서 온몸을 던진다.

3미가 불러온 엄청난 물결에 휩쓸려 모두 뿔뿔이 흩어진다. 그 와중에 나루토는 오로치마루의 환각을 보고 키바를 공격할뻔하고 카카시는 안개가 환각을 불러일으킨다는 것을 알게 되고 3미를 봤다는 나루토의 말에 크게 놀란다. 구렌은 겨우 정신을 차리고 유키마루가 아픈 몸으로 자신을 돌보고 있었다는 것을 안다. 유키마루는 구렌이 깨어나자 다시 쓰러진다. 히나타로부터 안개에 차크라가 섞여있다는 얘기를 들은 카카시는 유키마루를 찾으러 가겠다는 나루토를 말리고 안개밖으로 나서서 감시를 할 것을 명령한다. 파쿤을 통해 소식을 들은 츠나데는 3미를 봉인할 방법을 찾고 이노 텐텐 리, 시즈네를 3미를 봉인하기 위해 파견하기로 한다. 한편 나루토는 사쿠라에게 지라이야가 한 ‘생각해주는 사람이 있는 곳이 돌아갈 곳’이라는 말을 들려주고 두 사람은 사스케를 위해 돌아갈 곳을 지켜주겠노라 다짐한다. 그리고 나루토는 다시 어딘가로 달려간다.

지원군은 서둘러 현장으로 향한다. 한편 사쿠라는 나루토가 없어졌다는 것을 알게 되고 카카시와 야마토는 나루토를 찾아나선다. 구렌은 나루토가 정찰하러 온 것으로 생각하고 공격하고 나루토는 구렌에게 유키마루를 데려가겠다며 구렌을 찾아 나타난 유키마루에게 오로치마루는 나쁜 놈이며 부하인 구렌 또한 제대로 된 인간일 리가 없다며 같이 가자고 하지만 유키마루는 구렌이 자신이 돌아갈 곳이라며 자신을 지켜준다고 한다. 때마침 나타난 카카시와 야마토 구렌은 사라지고 나루토는 크게 야단을 맞는다. 카카시는 유키마루가 미수를 제어하는 힘이 있으며 오로치마루가 인주력으로 만들 것이라 말하고 나루토는 절대로 그렇게 하게 두지 않겠다며 다짐한다. 그리고 돌아온 나루토 앞에 반가운 지원군이 기다린다.

3미를 봉인하러 아이들과 달려온 시즈네는 카카시로부터 유키마루 얘기를 듣고 놀란다. 한편 자신을 의심하는 고즈에게 린지는 고향에 두고온 동생 때문에 돈이 필요하다고 말한다. 카부토는 자신이 돌아갈 곳은 구렌 곁이라는 유키마루에게 손찌검을 하고 구렌은 유키마루를 감싸고 돈다. 한편 원래 카부토의 지시로 잠입해있던 린지는 자신에게 일을 맡겨달라고 위협하고 카부토는 이를 받아들인다. 시즈네는 츠나데의 지시를 전달한다. 3미를 봉인하고 유키마루를 보호하는 것으로 히나타 이노 사쿠라와 함께 자신이 3미 봉인을 맡겠다고 한다.카카시는 팀을 둘로 나뉘어 시노 나루토 사이와 자신이 한 팀으로 정둔술사를 맡고 나머지는 야마토와 함께 봉인팀을 지키는 역할을 맡기로 한다.

시즈네와 사쿠라일행은 미수를 봉인하기 위해 결계 사방봉진을 펼치고 나머지는 두팀으로 갈라진다. 리는 연막 대처법이라며 엉뚱한 소리를 해서 사람들을 황당하게 만들고 고즈와 구렌은 카카시팀을 공격한다. 린지 일행이 나타나 키기리가 연막을 피우고 리는 급한 마음에 연막 속으로 뛰어들어간다. 앞이 전혀 보이지 않지만 가이와 수행을 계속해온 리는 적의 인기척을 감지하고 공격한다. 린지가 두고 가버리는 바람에 앞을 보지 못 하는 키기리 누라리 키호는 오히려 리와 텐텐의 공격에 속수무책이고 마지막으로 키바의 공격에 무너지고 만다. 한편 구렌은 카카시를 공격하고 시노는 싸움은 나루토와 카카시에 맡기고 정둔술사를 해치울 벌레를 키우는데 열중한다.

자신의 장난 때문에 화가 풀리지 않은 데이다라를 두고 토비는 혼자 다른 곳으로 가다가 카카시와 구렌의 싸움을 보게 된다. 카카시는 구렌의 파정강룡에 맞서 뇌절을 쓰지만 구렌의 공격을 받고 위기의 순간 정둔에 내성이 있는 시노의 벌레가 나타난다. 카카시 일행의 협공에 수세에 몰린 구렌, 그 때 고즈가 나타나 자신의 몸을 던져 구렌을 구하고 죽음을 맞는다. 한편 야마토팀은 리와 텐텐은 봉인팀 호위를 맡고 야마토와 키바는 카카시를 지원하기 위해 나선다. 시즈네팀은 3미를 찾아내는데 성공하여 봉인준비에 들어가고 린지는 이를 막으려 하지만 리의 방어에 물러난다. 한편 구렌은 유키마루를 찾으러 가다 풀피리소리에 자신이 유키마루의 어머니를 죽였다는 사실을 알고 경악한다. 이 때 나타난 카부토는 유키마루를 걱정하는 구렌을 비웃으며 그래서 이 일에 널 선택한 것이라며 모든 것을 유키마루에게 알리겠다고 협박하여 구렌과 유키마루를 3미가 있는 곳으로 데려간다.

모두 큰 파도에 휩쓸려 호숫가로 밀려나고 카부토는 구렌이 위기에 빠지자 유키마루가 힘을 발휘하여 3미를 제어한 것을 보고 기뻐한다. 유키마루는 구렌에게 달려가고 구렌은 그런 유키마루를 보고 유키마루의 돌아갈 곳이 되어주겠다고 다짐한다. 린지는 구렌을 찔러서 쓰러지게 하고 유키마루에게 구렌이 죽게 될 거라고 부추겨서 3미를 제어하려 하지만 어린 몸에 차크라가 다 된 유키마루는 쓰러지고 3미는 유키마루를 공격하려 한다. 구렌은 몸을 날려 유키마루를 구하려 하고 유키마루가 와있는 것을 눈치챈 나루토도 합류해서 3미를 막는다. 눈을 노린 구렌의 공격이 성공해 한숨을 돌리려던 찰나 3미는 두 사람을 삼켜버리고 카카시는 쓰러진 유키마루를 발견하고 데려간다.

카카시는 유키마루를 데려와 치료를 부탁하고 히나타 등과 나루토를 찾으러 간다. 한편 삼미 뱃속에서 눈을 뜬 나루토는 구렌과 마주치고 구렌은 정신을 잃는다. 정신을 차린 구렌에게 나루토는 자신이 인주력으로 유키마루를 자신처럼 만들지 않겠다고 하고 구렌은 유키마루를 향한 자신의 진심을 말한다. 그러던 중 작은 삼미떼가 나타나고 두 사람은 황급히 몸을 피한다. 카부토는 키기리 일행 앞에 나타나 곧 죽게 될 거라 겁을 준 뒤 살려달라 매달리는 세사람의 몸을 변형시키고 유키마루를 찾아오라고 한다. 한편 나루토는 그림자분신을 이용해 출구를 찾기 위해 나서고 유키마루는 나루토와 구렌이 삼미 뱃속에 있다고 말한다.

카카시는 유키마루의 얘기를 듣고 나루토와 구렌을 찾아나선다. 누라리 일행은 카부토가 준 힘으로 키바 텐텐 리를 공격하고 유키마루는 출구가 없다며 출구를 만들어줘야한다며 동백꽃을 많이 가져다달라고 한다. 구렌을 두고 뱃속을 돌아다니던 나루토는 사스케를 보고 뒤따라가지만 사스케의 공격을 받는다. 나루토의 비명을 듣고 3미의 안개가 환각을 불러일으킨다는 것을 알게 된 구렌은 몸을 던져 나루토를 구하고 사스케를 되찾겠다는 나루토의 말에 놀란다. 그리고 위기에 처하자 다친 자신을 구해준 유키마루의 어머니를 죽인 사실을 고백한다. 그 때 유키마루가 흘려보낸 동백꽃을 보고 두 사람은 다시 함께 탈출을 시도한다.

동백을 흘려보내도 나루토가 나타나지 않고 삼미가 깨어나자 카카시는 사이에게 유키마루를 데려가라고 하고 봉인팀은 사방봉진에 들어간다. 누라리일행은 사이를 공격하고 유키마루를 찾아 데려가고 카부토는 봉인이 성공해 오로치마루의 일에 지장이 있을 것을 우려해서 유키마루를 희생할 결심을 한다. 키기리 일행은 카부토가 없자 가버리려 하지만 카부토가 준 힘 때문에 부작용이 일어나고 린지가 가진 약을 얻기 위해 오로치마루에 충성을 맹세한다. 린지는 구렌을 위해서라며 유키마루를 협박해 약을 먹이고 삼미를 제어할 것을 강요한다. 키기리일행은 나뭇잎 닌자들을 공격하고 달라진 힘에 모두 고전한다. 봉인팀의 봉인은 위기에 빠지고 3미를 빠져나온 나루토와 구렌은 3미를 제어하는 유키마루의 비명을 듣고 놀란다.

츠나데가 보낸 카츠유의 차크라로 봉인팀은 힘을 얻고 나루토는 유키마루의 어머니를 죽인 일로 힘들어하는 구렌에게 자신이라면 포기하지 않고 계속 생각하겠다고 말한다. 삼미는 엄청난 차크라로 날뛰고 봉인팀은 이를 막기 위해 안간힘을 쓴다. 카카시는 키기리, 시노는 누라리, 야마토는 키호와 전투를 벌인다. 카부토의 힘으로 강해진 적에 다소 고전하던 세 사람은 결국 승리를 거둔다. 유키마루의 힘이 밀리자 린지는 유키마루에게 주사를 놓으려 하지만 나루토와 구렌이 나타나 막는다. 구렌과 유키마루의 감동적인 재회를 본 린지는 구렌이 유키마루의 어머니를 죽인 사실을 밝히지만 그래도 유키마루는 구렌과 함께 할 것을 약속한다. 나루토는 이를 비웃는 린지를 공격하고 이제 린지로 변장했던 카부토가 모습을 드러낸다.

죽은 줄 알았던 누라리 키기리 키호는 몸이 합쳐져 거대한 괴물이 되어 공격하고 카부토는 린지를 이미 죽였으며 유키마루와 구렌을 이용했다는 사실을 밝힌다. 나루토는 구렌과 유키마루를 먼저 보내고 카부토와 대결을 벌이지만 카부토가 사혼술로 불러낸 린지가 구렌의 앞길을 막는다. 린지의 박쥐 때문에 정둔이 통하지 않자 구렌은 자신의 몸을 던져 린지와 함께 최후를 맞고 이를 본 유키마루는 엄청난 힘을 발휘하여 삼미를 폭주하게 만들고 나루토는 가마키치와 가마타츠를 불러낸다. 그리고 가마키치와 가마타츠의 도움으로 화둔에 풍둔을 더해 3미에 큰 타격을 입힌다.

유키마루는 큰 상처를 입고 의식을 차리지 못 하고 3미를 제어하는 능력도 잃어버린 상태다. 나루토는 그런 유키마루를 보면 구렌의 죽음이 자기 탓이라며 힘들어하고 츠나데는 보고를 듣고 교대할 닌자를 보내고 귀환명령을 내린다. 그날 밤 오래 전 자신을 살려준 구렌을 구하려는 고즈의 힘이 구렌을 깨우고 유키마루는 구렌을 찾아 나간다. 유키마루를 찾아나선 나루토는 유키마루의 수정이 멀쩡한 것을 보고 구렌이 무사하며 둘이 만났다는 것을 알게 된다. 다음날 아침 암부가 도착하고 나루토 일행은 마을로 향하고 토비의 안내를 받아 호수로 온 데이다라는 3미를 유인하고 결국 3미는 두 사람의 손에 잡힌다. 한편 오로치마루의 몸은 한계에 다다르지만 사스케의 몸을 차지할 생각에 기뻐한다. 나루토는 유키마루에 대해 묻는 사쿠라에게 계속 생각하면 마음이 전해질 거라면 사스케가 돌아올 곳이 없어지지 않도록 계속 생각하자고 말한다.