Наруто бачить кошмари про вивільнення сили Дев'ятихвостого. Згодом Какаші повідомляє Наруто, що має для нього спеціальне тренування, яке швидко зробить його сильним. Їх застає Команда 10, яка також прийшла в гості. Сай обідає з ними намагаючись подружитися за допомогою прізвиськ, розлючує Сакуру, називаючи Іно "розкішною", після того, як дійшов висновку, що жінкам не подобається чути, якими вони є насправді.

Какаші виписується з лікарні і починає тренувальну програму Наруто. Наруто дізнається, що у нього є чакра стилю Вітру. Ямато допомагає йому, облаштовуючи тренувальне поле зі своїм особливим дзюцу. Наруто також дізнається, що може використовувати своє дзюцу Багатотіньового клона для прискорення тренувань, оскільки все, чому навчаються клони, оригінальний користувач дізнається після того, як клон розсіюється. Наруто та його маса клонів беруть по листу і намагаються розрізати його навпіл за допомогою чакри вітру, як перший крок до створення нового дзюцу.

Наруто та його клони продовжують працювати над маніпуляціями з природою чакри, нарізаючи листя. Після деякої боротьби Наруто звертається до Асуми, який також належить до стихії вітру, за порадою, після чого Асума дає клону Наруто кілька підказок. Згодом Наруто може розрізати листок навпіл. Асума та Ямато вирушають зі своїми командами на нові місії. З'ясовується, що Асума - син Третього Хокаге, і що він має стосунки з Куренай. Тим часом на пагорбі, що височіє над спаленим селом, чотири постаті в плащах обговорюють пробудження Країни Вогню шляхом знищення селища Листя.

Наруто, Сакура, Сай та Ямато вирушають на нову місію поблизу Храму Вогню. Коли друга сторона не з'являється на місці зустрічі, команда розділяється, Наруто натрапляє на одну з чотирьох прихованих гробниць, які вони прийшли захищати. Через непорозуміння він б'ється з одним з монахів-тренерів з Храму Вогню, Сорою, який також використовує техніки, засновані на чакрі вітру. Після плутанини ченці та команда Какаші вирушають до Храму Вогню і Наруто впізнає його зі свого нічного кошмару.

Ченці храму пояснюють, що в гробницях поховані вірні охоронці феодала Країни Вогню. Наруто спостерігає, як Сора спарингує з іншими ченцями, і ображається, зрозумівши, що той стримується. Наруто кидає виклик Сорі, але щойно справа стає серйозною, його зупиняє інший монах. Наруто розуміє, що інші монахи зневажають Сору так само, як і він сам і хоче подружитися з ним. Наруто знову відвідує Сору і спостерігає, як той серйозно практикує дзюцу вітру, сподіваючись стати достатньо сильним, щоб помститися за свого батька. Пізніше вони повертаються до храму, щоб отримати звістку про пограбування ще однієї гробниці.

Цунаде підозрює, що Данзоу щось замишляє і наказує провести розслідування. Команда Какаші, Чіріку та Сора помічають, що труни рухаються самостійно, але перехопити їх не вдається. Труни з'являються на скелі, де ватажок ворожих ніндзя наказує своїм підлеглим розправитися з ворогами. Ніндзя перетворюють місцевість на лабіринт скелястих каньйонів і ям, повних смертельних пасток. Члени команди відокремлюються один від одного і починають протистояти ворогу. Ямато припускає, що ніндзя, можливо, організував крадіжку, щоб поцілити в когось із його команди.

Команда Какаші починає протистояння з ворожими шинобі. Ямато вислизає від свого супротивника Фудо, інсценувавши свою смерть. Сора, не бажаючи шукати Наруто, йде сам. Повернувшись до Конохи, Данзо виявляє, що знає, що за ним стежить АНБУ Цунаде. Наруто б'ється з Фукою, поцілунок якої виявляється фатальним і показує її здатність використовувати дзюцу землі, вогню, води і блискавки. Сайу вдається втекти від нападника Фуена, а згодом рятує Сакуру від величезного павука, отримавши при цьому поранення. Потім Сора натрапляє на лідера ворогів, Фурідо, і з'ясовується, що саме він був метою групи.

Фурідо знущається над Сорою, доки той не розкриває свої справжні сили, а потім повідомляє Сору, що планує використати чотири трупи для порятунку Країни Вогню. Наруто продовжує боротьбу з Фукою і дізнається, що вона може використовувати всі п'ять стихій. Фука встигає поцілувати Наруто і починає висмоктувати з нього чакру. Зрозумівши, що Наруто в біді через екстрасенсорне сприйняття, Сора поспішає його врятувати. Сакура, Сай та Ямато прибувають на допомогу, але потрапляють у пастку до Фудо та Фуена. Фука висмоктує чакру Наруто, доки не починає черпати чакру Дев'ятихвостого, що є надто неприродним для неї, щоб успішно поглинути її. Ворожа команда відступає, коли Чіріку приводить підкріплення.

Команда Асуми повертається з місії. Команда Какаші також повертається до Конохи, а Сора замінює Сая в команді. Наруто намагається показати Сорі Коноху, але Сора йде своїм шляхом. Образи Сори спричиняють бійку з Кібою та Чодзі, до якої приєднуються Наруто та Рок Лі. Шикамару та Асума зупиняють бійку. Пізніше Асума розповідає Сорі, що знав батька Сори, який виявився одним з Вартових, причетних до спроби перевороту. Він також показує Сорі свою атаку чакровим клинком. Фурідо та інші викрадачі тіл починають атаку на клан Кохаку.

Асума спостерігає за тренуванням чакри вітру Наруто і Сори помічающи що Сора, як і Наруто, має дуже потужну чакру. Цунаде та Ямато дізнаються від Чіріку, що Сора ненавмисно спричинився до інциденту, внаслідок якого було зруйновано Храм Вогню. Пізніше Асума дає Сорі кіготь, зроблений з тих же матеріалів, що і його чакральні леза. З'ясовується, що Асума вбив батька Сори, Казуму, який планував вбити Хокаге. Фурідо підходить до Сори, каже йому, що Асума відповідальний за смерть його батька і передає йому дві "королівські" фігури з набору сьоґі для Асуми. Данзо таємниче зникає. На тренувальному полігоні Наруто стикається з розлюченим Сорою, який з легкістю кидає кунай, що живиться чакрою, через дерево і руйнує камінь, що стоїть за ним.

Дандзоу викликають на допит після того, як його спіймали на зустрічі з молодим ніндзя Дощу. Сора стикається з Асумою і Асума зізнається, що вбив Казуму. Він нападає на Асуму, його рука знову набуває демонічної форми. Згодом Наруто отримує поранення, прикриваючи Сору від нападу невідомого, ймовірно, з Коріння. Потім до Сори підходить Фурідо і каже йому вбити Асуму і Хокаге, щоб помститися за свого батька. Пізніше Наруто застає Сору, коли той йде за Цунаде. Сора відступає, коли прибувають Шізуне та кілька інших ніндзя, але Наруто переслідує його. У цей момент починається таємнича гроза, яка знеструмлює все село.

У повній темряві поселення Коноха намагається захиститися від чотирьох нападників, які забарикадували все село за бар'єром. Усе село перебуває у стані надзвичайної ситуації. Асума, якому Цунаде наказала слідувати за Сорою та Наруто, нарешті наздоганяє їх. Асума розуміє, що четверо загарбників планують знищити все село, використовуючи блискавичну силу вкрадених ними трупів. Одкровення шокує Сору. Коли Асума йде, щоб допомогти стримати нападників, він доручає Наруто продовжувати переслідувати Сору.

Ніндзя Конохи відбиваються від воскреслих зомбі-членів клану Кохаку. Чотири ніндзя-охоронці - Сейто, Тоу, Наума та Кітане - також оживають. Асума розуміє, що вони планують використати Проміння, дзюцу, за допомогою якого четверо створюють блискавку, достатньо потужну, щоб знищити Коноху. Асума відправляє Сакуру та Ямато за трьома іншими, а сам залишається битися з Кітане, але Фуен б'ється з Сакурою, а Фудо - з Ямато. Тим часом Наруто наздоганяє Сору, але Сора тікає в пошуках Фурідо. Наруто намагається переслідувати його, але на нього нападає Фуука. Невдовзі Сора знаходить Фурідо, який зізнається, що планував знищити Коноху.

Сора відмовляється дозволити Фурідо знищити село, незважаючи на свою злобу на Асуму та Хокаге. Його б'є Фурідо, який стверджує, що його батько мав подібну ваду. Асума потрапляє в пастку Кітане у силовому полі блискавки. Тим часом Ямато і Сакура вбивають своїх супротивників, а Шикамару вирушає на поле бою з планом перемоги над зомбі. Однак щойно він починає його втілювати, як падає бар'єр Фуена, закінчується техніка відродження Фудо і зомбі перетворюються на пил.

Наруто здогадується, що секрет Фууки полягає в тому, що вона змінює тіла, щоб використовувати кожну відповідну стихію, і що її волосся зберігає її молодість і тіло. Наруто пошкоджує її волосся, і воно починає жити власним життям, але врешті-решт Наруто вбиває його расенґаном. Тим часом Асумі вдається звільнитися від електричного бар'єру, наздогнати Кітане і перемогти його в короткій сутичці. Зрозумівши, що Кітане більше немає, а троє його товаришів загинули, Фурідо змушує зникнути трьох інших ніндзя-охоронців. Але у Фурідо є запасний план, Сора.

Фурідо знімає з Сори печатку і розповідає йому правду: Сора - псевдо-джинчуурікі. Чакра, що витекла з Дев'ятихвостого Лиса, коли він напав на Коноху 15 з половиною років тому, була зібрана та імплантована в Сору. Саме тоді на місце події прибуває Асума з Наруто. Асума впізнає Фурідо, і з'ясовується, що він - Казума, батько Сори. Також з'являються Ямато, Сакура, Кіба, Лі, Іно, Чодзі та Шикамару. Розлючений Сора хоче все знищити і перетворюється на Трихвостого у формі Дев'ятихвостого. Однак Ямато не в змозі стримати його, адже на ньому немає намиста Першого.

Чакра Дев'ятихвостого виходить з-під контролю в Сори, заважаючи Наруто та іншим підкорити його. Асума і Казума відновлюють свою стару битву, при цьому Казума виправдовує свої дії обов'язком пішака перед "королем" Країни Вогню. Наруто неодноразово падає з ніг, намагаючись стримати Сору, а чакра просочується і в нього, перетворюючи його. Ямато не може придушити чакру Дев'ятихвостого в обох Джинчурікі, оскільки йому заважає невідома зовнішня сила. У Сори з'являється четвертий хвіст, і плащ Дев'ятихвостого огортає його тіло. Він тимчасово приходить до тями, коли бачить, як Наруто завдає собі удар ножем у ногу і успішно запобігає появі оригінального Плаща Дев'ятихвостого.

Боротьба між Наруто та Сорою триває. Асума і Казума б'ються. З'являється Сай, який втік з лікарні і зв'язує Казуму чорнильною змією. Казума виривається з-під дзюцу Сая і нападає на Асуму, але гине. Зрештою Наруто добирається до Сори, якому вдається вивільнити чакру Дев'ятихвостого. Після цього Сора залишає село, щоб подорожувати світом. Асума та Шикамару грають у сьоґі та обговорюють, хто є королем Конохи. В іншому місці з'являються двоє членів Акацукі, Хідан і Какудзу, які переслідують Двохвостого Джинчурікі.