Naruto não é forte o bastante para vencer Madara e sua vida corre risco. De volta ao passado, ele não é forte o bastante para trazer Sasuke de volta então sai com Jaraiya em uma jornada de treinamento. Mas ele não é o único que se esforça: todos na vila querem ficar mais fortes e, passados dois anos de sua partida, Tsunade decide que é hora de refazer o Exame Chuunin e pede ajuda a Gaara, o Kazekage, para isso.

A Vila Oculta da Folha começa a preparar os novos Exames Chuunin. Enquanto isso, Ino e Chouji não precisam completar seu time, agora que Shikamaru já é um ninja Chuunin.

Os Exames Chuunin finalmente começam e Shikamaru é o supervisor da primeira etapa. E quando os membros de cada equipe são separados para fazer a prova escrita, a primeira etapa dos Exames mostra que não será nada fácil para ninguém.

Os genins não conseguem pensar numa solução para a prova e entram em pânico. No meio tempo, o Neji anuncia na sala como sair do predicamento.

Na noite antes do Segundo Exame, os participantes entram no refeitório e condições adversas causam uma luta entre todos. Os ninjas da Folha tentam solucionar a situação, mas no fim, quem consegue acalmar os ânimos é a Fuu, da vila da Cachoeira.

Finalmente começa a segunda etapa dos novos Exames Chuunin. Agora os jovens ninjas das diversas vilas participantes terão que passar pela difícil tarefa de sobreviver ao Deserto Infernal do País do Vento e Neji, Lee e Tenten confrontam seu primeiro oponente.

Percebendo as similaridades de suas circunstâncias, Lee fica indignado com aqueles que feriram e menosprezaram Shira, e parte para caçá-los.

Lee desafia Shira para uma batalha entre usuários de Taijutsu!

Kiba e seu time estão em perseguição dos Ninjas da Vila Oculta da Grama que roubaram seu pergaminho!

Kiba, Shino e Hinata precisam usar todas as suas habilidades de rastreio e recuperar o pergaminho roubado pelos ninjas da Vila da Grama!

Tenten não consegue se sentir realmente forte e importante para seu time, mas apenas uma presença "conveniente".

Neji, Lee e Tenten confrontam um time da Vila da Chuva nas ruínas do Deserto Infernal. Durante a batalha, Tenten e sua oponente caem em um desmoronamento e acabam presas. Agora só uma trégua entre os times de vilas rivais poderá ajudar a salvar as meninas. Mas será que o misterioso time da Chuva está disposto a não lutar?

Ino, Sakura e Chouji caminham pelo deserto sob o sol escaldante e sem muita disposição. Ino e Sakura então começam a discutir, mas um escorpião gigante aparece e ataca o trio.

Sakura, Ino e Chouji são atacados enquanto atravessam o deserto rumo a um oásis. O time que os desafia é formado por fortes oponentes da Areia: o ninja sensorial Shishio, o habilidoso em luta corporal Kouji e a talentosa ninja médica Ameno.

Sakura e os demais continuam percorrendo o deserto rumo ao ponto de chegada, mas pelo caminho há uma estranha e assustadora marionete à espera.

Ino e Chouji lutam para proteger Sakura, mas a discípula de Tsunade não quer mais ser protegida, ela quer ser alguém forte também.

Fuu e seu time da Vila Oculta da Cachoeira rumam para a torre central, assim como diversas equipes que participam da Segunda Etapa. No entanto, um misterioso e poderoso ninja inicia seu plano secreto, um plano que colocará em risco a vida de todos os participantes do Exame Chuunin.

Matsuri sai em busca de ajuda e encontra o time de Neji. Com dois pergaminhos iguais em mãos e com o tempo da Segunda Etapa chegando ao fim, Neji precisa pensar rápido e tomar as atitudes certas, mesmo que, para isso, ele arrisque a chance de seu time de virar Chuunin.

A Segunda Etapa dos Exames Chuunin finalmente acaba e, com o seu fim, surgem muitas surpresas e uma nova etapa na vida de todos os participantes começa.