ナルトに死の危機が迫り、木ノ葉の仲間たちや綱手が不安に駆られその身を案じる中、ナルトはいつでも里の希望だった事を思い出し、時は遡っていく――。それはナルトと自来也が修業の旅に出て長い月日が経った頃。木ノ葉の里では久々に砂隠れとの合同で中忍試験が行われようとしていた。しかし、人柱力を狙って“暁”が暗躍し、さらには我愛羅の命を狙う怪しい影が背後でうごめいているにも関わらず試験を「風影就任の初仕事として砂隠れで開きたい」と我愛羅は申し出る。各里の思惑や野望が渦巻く中、新たな中忍試験が幕を開く！

中忍試験開始に向けて本格的に準備が始まる木ノ葉隠れの里。綱手の命令によりカカシは、内部の状況がわからない雨隠れの里へと情報収集も兼ねて招待状を届ける任務を任される。霧、雲、岩隠れの里からは参加を拒否されるが、滝隠れの里や草隠れは参加を表明し、続々と参加人数が決まっていく。そんな中、ナルトとサスケが不在のためスリーマンセルが組めないサクラに、いのとチョウジは中忍となったシカマルの代わりに一緒に試験に出ようと声をかけるのだが、サクラはその誘いを断ってしまい…。

ついに始まる中忍試験。一次試験の試験管はシカマル！最初の試験は筆記試験。チームをバラバラにされ受験する下忍たちが混乱する中、シカマルは説明も手短に試験を開始してしまう。制限時間は３０分。出されたのは一筋縄ではいかない三つの問題。刻一刻と時間がカウントされる中、ネジは前回の筆記試験でナルトが白紙で合格したことを思い出し、この試験が問題回答能力を問われているわけではないと気づき始める。

皆が問題を解く事ができず焦る中、「解き方を教えてやる」と部屋の皆に突然言い出すネジ。リーダー的立場で指示するネジの態度が気に入らない他の受験者がネジに戦闘をしかけるのだが、試験中は戦闘禁止。失格を恐れる者はしぶしぶネジの指示通りに試験を解こうと動き出し、３０分が経過して試験は終了する。しかし、シカマルが続いて出した問題は制限時間３分。果たしてネジたちは合格することができるのか！？

二次試験会場は砂隠れの里。しかし砂隠れでは我愛羅の命を狙う者たちがおり、警護が手薄になる管理官の立場は危険だとカンクロウは我愛羅を止めようとする。我愛羅にとって中忍試験はナルトと出会うきっかけとなった全ての始まり。特別な想いがある我愛羅は必ずやり遂げると宣言する。そして二次試験が始まる前夜。参加者が食堂に集うのだが、他里の者同士で乱闘騒ぎが起こる。木ノ葉のメンバーでも騒ぎを止められない中、その場を静めたのは滝隠れからやってきたフウだった。

ついに二次試験が始まる！試験の内容は、広大な魔の砂漠での“天の書”と“地の書”の巻物争奪戦。この二つの巻物を持って魔の砂漠の中央にある拠点まで届けられれば合格。制限時間は７２時間。スタートの合図が鳴り、ネジ、リー、テンテンの三人は灼熱の砂漠を走り出す。この試験の前夜に敵の分析を終えているネジは、リーの蹴りを受け止めたシラの班とフウの班との戦闘は避けるべきだと提案する。しかしリーはそんなシラと戦ってみたいと闘志を燃やす!!

シラはリーと同じく忍術が使えない忍であり、砂隠れでは忍術を使えない者は忍として認められなかった。しかしシラは体術の才能を我愛羅に評価され忍として認めてもらい、体術指南役にまで抜擢された。そんなシラの大出世を妬む砂隠れの仲間たちにシラは襲撃されてしまう。自分と似た境遇であるシラを放っておけないリーは、シラを傷つけ努力を侮辱した砂隠れの者たちを一人で追うも多数の敵に囲まれてしまう。しかしリーの心は「謝るまで許しません！」と怒りで燃えさかる!!

同じ体術使いとしてシラに戦いを挑むリー。体術を極めた者同士、剛拳と剛拳の闘いが始まる！お互い本気の体術と体術のぶつかり合い。技のスピード、手数の多さは互角――と思われたが、体格の差で押され始めるリーにダメージが蓄積されていく。その状況を破るためリーは、八門遁甲（はちもんとんこう）を解放する！が、しかし第一門すら開くことができない。それはシラの攻撃によるものなのか？そしてシラの攻撃は容赦なくリーの体に叩き込まれる!!

砂漠を行くキバ、ヒナタ、シノの班。その三人の前に草隠れの忍が現れる！キバたちが所有するのは天の書。そして草隠れは地の書。お互い必要な巻物を奪うための壮絶な戦闘が始まるがキバは巻物を奪われてしまう。草隠れの忍たちは逃げることに関してのエキスパート。匂いでキバの嗅覚を封じ、砂の中に潜りシノの蟲をも回避する。ヒナタの白眼を頼りに追うも天の書を奪って逃げる草隠れの策略により、キバたちは底なし流砂にはまり動けなくなってしまう！

巻物を草隠れの忍たちに奪われてしまったキバたち。追跡を試みるも、相手は逃げることに関してのエキスパート、感知能力に長けたキバたちでも足取りがつかめない。ゴールの塔はもう目前だがこのまま発見できなければ、草隠れの忍たちが先にゴールする。もうだめか…と悔しがるキバ。が、その時――キバは何故か突然ナルトを思い出し、「ナルトなら絶対諦めない」と言い出す。その言葉でナルトを思い出した三人は諦めず、再び草隠れの忍の追跡を開始する！

魔の砂漠にある古い遺跡。その遺跡が巻物を奪い合う戦闘で崩れ、テンテンとアジサイの二人は遺跡の奥深くへと落ちて閉じ込められてしまう。脱出するため一時休戦ということにする二人。出口を求めて先へ進む二人だが、その二人に巨大なアリの大群が襲いかかる！時空間忍術で武器を出しアリに挑むテンテン。しかし、同じ術を使うアジサイはそのアリを自分の口寄せにしようとする。口寄せの術をうまく使うアジサイを見てガイとの修業を思い出したテンテンは…？

強い日差しが照りつける中、砂漠を歩くいの、サクラ、チョウジの三人。しかし、数々の戦闘で水と食料を失い窮地に陥っていた。その原因をなすりつけあって喧嘩するいのとサクラ。そんな中、突然巨大なサソリに襲われサクラが怪我をしてしまう。サクラの怪我を医療忍術で治療するいの。そして治療しながら、自分がかつて猪鹿蝶の修行から逃げ、サクラにライバル心を燃やして綱手に弟子入りをし、修業した頃のことを思い出す。

オアシスを目指すいのたちの前に砂の忍のアメノ、シシオ、コウジの三人が襲いかかる！アメノはサクラの腕を凌ぐほどの医療忍術の使い手。治療だけではなく、攻撃にも特化した術でサクラたちを苦しめる。そしてコウジはチョウジと似たパワータイプでその力はほぼ互角。更にシシオは姿を消す術で翻弄し、いのたちを追い詰める。強敵の出現に苦戦を強いられるいのたち。しかし、山中一族の修業から逃げていたはずのいのは何故か感知の術を発動し、逆に敵を翻弄し始める！

ゴールを目指して砂漠を歩くサクラたち。連戦続きだったためサクラはチャクラを使い果たしてしまい少し休憩をとることにする。がその時――サクラたちの目の前に砂隠れの忍が操る怪しげなお菊人形が現れサクラたちは敵の忍に発見されてしまう。チャクラが回復していないサクラは戦うことができない。二人で戦う覚悟を決めるいのとチョウジだが、非情にも砂隠れの忍たちは三人で容赦なく襲いかかる!!

動けないサクラを守るように戦ういのとチョウジ。しかし二人も連戦続きのため体力とチャクラが底を尽きかける。この何もできず守られている状況に、かつてナルトとサスケに守られてばかりだった自分を思い出すサクラ。だが綱手の修業を経て、“今の自分ならいのとチョウジを守ることができるはず”とサクラは闘志を燃やし始める。そんなサクラたちにトドメを刺そうと敵の砂の忍は最後の攻撃を仕掛けてくるのだが、果たして、サクラは立ちあがることができるのか！？

五代目風影・我愛羅の命を狙う砂隠れの上忍・フギは監督官として砂漠を監視している我愛羅の目を欺き、魔の砂漠に大規模な大砂嵐を巻き起こす。あまりに巨大な砂嵐のため受験者たちの安全を考慮し試験は一旦中断。その時、砂隠れのマツリたちは流砂に飲みこまれ絶命の危機に陥ってしまう。我愛羅は皆の反対を押し切ってマツリたち救出のため、罠だとも知らずに砂漠へと飛び出してしまう！

マツリたち救出に向かった我愛羅は謎の法師に襲われ尾獣を縛るチャクラの鎖に捕らわれてしまう。大砂嵐は収まるが、我愛羅の消息が掴めないため混乱する砂隠れの里。フギの目的はその混乱に乗じて我愛羅の中にいる尾獣を引き抜くこと。そして、尾獣を抜かれた人柱力は死ぬという特性を生かし我愛羅の命を狙うと同時に危険な尾獣を封印することだった。一方、同じ人柱力であるフウは我愛羅の危機を感じ取る。そして中忍試験を投げ出して我愛羅救出へと向かう！

砂漠の途中で倒れていたマツリを偶然助けた事により、ネジたちは我愛羅の危機を知る。その頃、我愛羅とフウは謎の法師・ホウイチが放った特殊な鎖により尾獣を抜かれようとしていた。「誰も助けには来ない」と諦める我愛羅に対して「きっと救援は来るッス！」と諦めないフウ。しかし、ホウイチの鎖はそんなフウの想いを無視して尾獣を引きずり出していく。そして我愛羅の危機を知ったネジ達は、ナルトなら試験よりも仲間を優先するはずだと考え、迷わず我愛羅救出へと向かう！

五代目風影暗殺の首謀者であるフギと我愛羅が対峙する。かつて里の人々に恐怖と傷を与えた自分には風影の資格はないのかもしれないとフギに語る我愛羅。しかし、この砂隠れにも自分の思いを受けとめてくれた者がいるとも。それは次の時代を担う若者たち。中忍試験を通してそれを感じた我愛羅は、若者たちを巻き込まず、自分の命だけを狙えと確固たる決意をフギに突きつける。一方、フウは自分に似ているというナルトの存在が気になって会いに向かうのだが…。