백제츠로 각 전장은 혼란스럽다. 시카마루의 부대는 동료끼리의 싸움을 피하기 위해 움직이지 않고, 의료부대에서는 백제츠의 침입을 막기 위해서는 부상자 치료 하기가 어려웠다. 네지가 있는 전장에서는 자기편으로 끌어들이기 위한 백제츠의 공격으로 히나타가 절체절명의 위기에 빠지지만, 그 곳에 나루토가 도착한다! 각 전장에 도착한 나루토의 감지능력으로 백제츠를 쓰러트리는 닌자 연합군. 기세 역전으로 닌자연합의 사기가 오르는 가운데, 누구도 눈치 채지 못한 예토전생으로 어느 인물이 소생한다.

가아라와 오오노키 앞에 나타난 예토전생 ‘우치하 마다라’. 진짜 마다라가 나타나기 전 가면 쓴 남자는 누구인가… 더욱 깊어진 수수께끼에 혼란스러운 나루토 일행들에게 마다라가 공격해 온다! 맞서 싸우는 나루토, 가아라, 오오노키 등은 앞선 싸움으로 몸이 지쳐 있는 상황이었지만, 마다라를 쓰러트리기 위해 힘을 합쳐 맞선다. 전설로 알려진 우치하의 강한 힘으로 상상을 초월한 맹공이 전장을 휘젓는데, 과연 나루토는 마다라를 쓰러뜨릴 수 있을 것인가?!

마다라의 힘은 상상을 초월했다. 많은 닌자들은 쓰러뜨리고, 오오노키도 중상을 입었다. 나루토도 차크라를 다 써 혼자서는 힘든 상황이다. 닌자들은 전의를 잃어버리지만, 오오노키는 포기하지 않고 평화를 얻기 위해 일어선다! 나루토와 가아라도 그 모습에 힘을 내어 일어서지만, 마다라는 가차없이 냉철하게 공격해 온다. 이제 절체절명――그 때, 츠나데와 이라카게가 질풍처럼 나타나 마침내 현재 5카게 전원이 하나의 전장에 집결한다!!

5카게로부터 이길 것을 부탁 받은 나루토가 드디어 가면 쓴 남자와 만난다! 비와 함께 전장을 달렸던 나루토가 가면 쓴 남자와 대결하지만, 예토전생으로 조종 당하는 인주력들이 공격한다. 6명이나 되는 인주력이 공격을 하던 중, 나루토는 우타카타의 모습을 발견하고 경악한다. 사실은 예전에 만난 적이 있는 두 사람. 그 때 나루토는 우타카타가 행방 불명이 되었다는 것을 들었지만, 지금 눈 앞에 있는 것은 예토전생으로 소생한 모습. 왜 우타카타는 목숨을 잃게 된 것인가?!

나루토, 키라비 두 사람과 예토전생으로 소생한 인주력 6인과의 싸움이 시작됐다! 인주력 6인은 각 한 사람마다 높은 전투력을 지녔을 뿐 아니라 윤회안에 시계가 연결되어 있는 강적이다. 비는 빠른 움직임으로 뒤에서 오는 공격을 모두 피한다. 하지만, 과거에 싸웠던 육도페인이 검은 수신기로 조종 당한 것이 떠오른 나루토는, 수신기를 찾아 파괴하려는 작전을 세운다. 과연, 나루토와 비는 인주력들의 움직임을 멈추게 할 수 있을 것인가?!

위기를 맞은 나루토에게 카카시와 가이가 달려왔다! 지원군 두 사람이 더 늘어 나 주인력 6인 vs 나루토 4인의 싸움이 되어 반격을 노렸으나, 위기는 계속되고 완전히 미수화 된 오미와 남은 인주력의 맹공이 나루토 무리들에게 다가온다! 팔미도 완전히 미수화가 되어 공격해 오고, 거기다 사미와 육미가 완전히 미수화 되어 나루토 무리들에게 공격해 온다. 거대한 미수들의 싸움이 벌어지는 가운데, 카카시와 가이도 전력을 다하여 인주력에 맞서고, 절체절명의 위기에서 나루토는 빠져 나온다.

사미에게 먹힌 나루토는 정신 세계에서 사미와 대면하고, 쇠사슬 봉인을 풀어주겠다고 약속한다. 그러나 인주력을 믿을 수 없다는 사미의 말을 들었던 구미는 과거에 자신도 무리하게 나루토에게 봉인 된 것이 생각나 증오감을 품었던 과거를 돌아보는데…

하지만 그것은 동시에 구미가 나루토와 함께 했던 기억들. 지금까지 나루토가 어떻게 지냈는지, 어떻게 싸웠는지, 행동한 모든 것을 본 구미. 지금 사미를 구해주려는 나루토의 행동을 보고 구미는 무엇을 생각하고 있는 것일까?

아카츠키 측의 전력은 갑자기 떨어지고, 전쟁은 닌자 연합군의 우세가 됐다. 각 전장의 닌자들은 잔당소탕을 마치고, 나루토와 가면 쓴 남자가 싸우고 있는 최전선을 향해 이동하기 시작했다. 그러나 닌자들 중에는 우치하 마다라가 상상을 초월하는 힘으로 전장을 괴멸시키고 있다는 것을 알고, 불안해 하는 자들도 있었다. 그러던 중, 나루토가 가면 쓴 남자를 굉장한 힘으로 누르고 있다는 것을 안 시카쿠는, 모든 닌자들의 사기를 올리고, 나루토에게 지원을 보내 반격을 꾀하는 작전을 짠다!

대부분의 닌자가 전쟁에 동원된 나뭇잎마을에서는 사스케가 만든 소대 ‘매’의 멤버 한사람 카린이 포로가 되어 있다. 한편, 같은 ‘매’의 멤버인 스이게츠와 쥬고는 사스케를 찾기 위해 오로치마루의 아지트에 들어가는데, 그 곳에서 이 전쟁과 관련 있는 중대한 물건을 발견한다. 그리고 제4차 닌자대전이 끝나가는 가운데, 아카츠키의 아지트에서 안정을 취하던 사스케는 바깥에 나가 전쟁이 난 것을 알고 마침내 나루토에게 가기로 결심한다.

진짜 우치하 마다라를 상대하는 5카게들. 순간 숲으로 만들 정도의 목둔 인술을 사용한 마다라의 압도적인 공격에 5카게들은 고전을 치루게 된다. 이 전투에서 5카게들은 쓰러지고, 오오노키는 한때 포기하려고 했지만, 마다라와 다퉜을 때, 그리고 어릴 적 츠치카게에게 들었던 말이 생각나고 다시 투지를 되찾는다. 이에 호응하듯 5카게들도 일어선다! 한 편, 전장으로 향하고자 한 사스케는 어떤 인물을 발견하고…

츠나데만 사용할 수 있는 금술인 백호의 술을 사용하며 강적인 우치하 마다라에게 도전하는 츠나데. 이어서 이라카게, 오오노키, 미스카게, 가아라 5카게가 힘을 모아 공격을 한다. 하지만 5카게들의 맹공으로 마다라를 봉인까지 몰아붙였으나, 예상 밖의 공격으로 츠나데는 치명적인 타격을 입고 만다. 한편, 카부토가 있는 곳을 알아낸 이다치는 카부토와 만나고, 그 곳에 사스케도 합류한다. 예토전생 술법을 막기 위해, 이타치와 사스케 VS 카부토의 싸움이 시작 된다.

예토전생 술법을 막기 위해, 형제인 사스케와 이타치가 팀을 이뤄 카부토에게 싸움을 건다! 두 사람은 강력한 암술인 스사나오로 공격하지만, 카부토의 빠른 움직임으로 공격이 닿지 않는다. 카부토는 과거에 나루토가 수행했던 묘목산과 전승지 ‘용지동’에서 새로운 힘을 얻어 자연 에너지를 사용하면서 감지능력이 뛰어나졌다. 그 힘을 대항하는 이타치와 사스케는 예전에 둘이 멧돼지 퇴치 임무 한 것이 떠오른다.

동료를 죽여서라도 나뭇잎 마을을 지키려 했던 이타치와는 달리, 나뭇잎 마을을 부수려는 사스케의 행동은 이타치를 적대하는 것으로, 과거에 오로치마루가 이루려 했던 나뭇잎마을을 부수려는 일을 잇고자 하는 자신의 목적과 같다고 카부토가 말하며 사스케를 한 패로 끌어 들이려 한다. 하지만 사스케는 나뭇잎 마을을 부수려는 것은 자신의 뜻 일뿐이라며 카부토의 말을 부정하고, 다시 싸움이 시작된다. 같은 스파이로서 살았던 카부토에게서 과거의 자신의 모습을 떠올린 이타치는 자신을 다시 한번 보라고 설득하는데…

결국 카부토 과거가 밝혀졌다. 어린 시절, 부상으로 기억을 잃어버린 카부토를 나뭇잎마을에서 고아원을 운영하는 노노오라는 여성이 구해주고 카부토라는 이름을 붙여주었다. 자금난으로 운영이 힘들어진 고아원 때문에 노노오에게 배운 의료 인술로 닌자를 치료해주는 일을 하고 있을 때, 카부토는 처음으로 오오치마루를 만난다. 그 후, 삼대 호카게 히루젠의 소꿉친구이기도 한 암부 양육부대 ‘뿌리’를 결성한 ‘단조’가 지원금 이야기로 오오치마루와 함께 고아원에 찾아 온다.

카부토는 지금까지 자신의 존재를 알기 위해, 키미마로, 소리의 4인방, 그리고 존경하는 오로치마루의 능력과 정보까지 자신 안에 축적하며 살아가고 있었다. 거기다 우치하 일족의 능력과 정보를 원했던 카부토는 이타치를 끌어들이려고 공격을 시작한다. 그러나 그렇게 끌어들인다 할지라도 존재가 되는 것은 아니라고 카부토의 행동을 부정하는 이타치는 우치하의 금술이라 불리는 동술을 펴기 위해 반격한다. 상대의 운명을 쥐고 있는 운명을 결정한다는 궁극의 동술이란?!

‘이자나미’는 몸의 감각으로 이루어 지는 동술로 과거에 우치하 일족 사이에서 일어났던 ‘이자나기’로 얻은 좋은 결과를 서로 빼앗으려는 싸움을 멈추기 위해 만들어진 술법이다. 이자나미에 걸린 카부토의 의식은 환상의 이타치와 무한으로 싸워야 하는 루프 안에 갇혀 있다. 그러나 그 루프는 자신의 운명을 받아들이게 되면 풀릴 수 있으며, 과거의 자신과 겹치는 카부토에게 이타치는 자신이 잘못하고 있다는 것을 알았으면 하는 마음에 이자나미를 썼던 것이다.

마다라와의 사투가 계속되는 5카게들은, 그 압도적인 파워에 고전하면서도 힘을 합쳐 마다라를 봉인으로 몰아 넣는다. 그러나 마다라는 산정도로 거대한 ‘완성체 스나노오”를 발동하여, 5카게들을 절망으로 몰아 넣는다. 반면, 카부토에게 이자나미로 움직일 수 없게 한 것이 성공한 이타치는 예토전생을 푸는 인을 발동시킨다. 그것은 동시에 예토전생 몸으로 있는 이타치 자신이 사라지는 것을 의미하고, 사스케와의 이별 앞에 이타치는 진실과 자신의 생각을 말하기 시작한다.

닌자연합군을 괴롭힌 예토전생 술법은 이타치의 활약으로 해제 되었다. 그것으로 나루토의 앞길을 막은 인주력들과 치요할멈, 데이다라라는 수련 닌자가 잇달아 빛에 에워싸이며 사라졌다. 완전체 스사노오로 5카게를 힘들게한 마다라의 몸도 빛에 에워싸이며 사라지면서도는 5카게에게 최후의 공격을 하고 츠나데를 몰아붙인다. 그러나 마침내 마다라의 몸에서 혼이 분리되고 승리를 확신한 그 때, 혼이 다시 마다라의 몸으로 돌아오는데…

사스케와 함께 합류한 스이게츠와 쥬고. 스이게츠가 손에 넣은 두루마리를 본 사스케는 만나지 않으면 안 되는 녀석이 있다고 말하고, 오로치마루를 부활 시키려고 한다. 오로치마루는 위험하다고 스이게츠가 극구 반대하지만 사스케는 미타라시 앙코의 주인를 이용하여 오로치마루를 부활 시킨다! 마을을 지키려고 했던 이치타의 감정은 어떤지, 자신이 어떻게 해야 하는지, 어떻게 행동해야하는지 알고 싶다고 말하는 사스케에게 오로치마루는 협력을 약속하고, 마침내 ‘매’의 멤버로 오로치마루가 행동을 개시한다!!

외도마상은 십미의 껍데기였다. 구체 미수의 차크라를 손에 넣자, 외도마상은 드디어 십미 부활로 변화를 시작한다. 십미 부활을 막기 위해 나루토, 비, 카카시, 가이는 육탄전으로 가면 쓴 남자에게 공격을 했지만 공격이 잘 맞지 않는다. 요리조리 잘 피하면서 교묘하게 공격을 모두 피해가는 가면 쓴 남자에게 술책이 없는 나루토! 혼신의 일격도 피한 것 같아 보였으나, 가면 쓴 남자의 한 쪽 면에 한 가닥 금이 간다!

가면 쓴 남자의 능력은 피하는 것이 아니라 몸 일부가 시공간으로 이동하여 마치 피하는 것처럼 보인 것이었다. 게다가 시공간은 카카시의 카무이의 시공간과 연관 있는 것을 알게 된다. 현실과 나루토에게 맡겨진 것에 대해 부정하는 가면 쓴 남자. 그에 맞서, 나루토와 구미는 자신들에게 맡겨진 것이 틀리지 않다는 것을 증명하기 위해 전력으로 공격한다! 그 때, 나루토의 나선환이 가면 쓴 남자를 공격하면서 마침내 가면 쓴 남자의 정체가 드러나게 된다!!

가면 쓴 남자는 과거에 신무비교에서 죽었다고 생각한 카카시의 친구 오비토였다! 게다가 예토전생의 술법을 거스른 우치하 마다라가 등장! 마침내 그 제4차닌자대전을 일으킨 원흉이 나루토 앞에 모습을 나타낸다. 마다라는 계획대로 잘 되지 않아 오비토에게 충고를 하지만, 그것은 죽었다고 생각 했던 오비토가 마다라와 이전부터 ‘달의 눈 계획’을 의도하고 있다는 것을 의미한다. 왜 오비토는 살아 있는 것인가? 그리고 우치하 마다라와 오비토의 관계는?!

신무비교에서 죽었다고 생각한 오비토를 센쥬 토비마라와 싸우다 죽었다고 생각한 우치하 하라다가 구해준다. 카카시와 린을 빨리 만나고 싶다는 오비토는 마다라에게 재활 치료로 시간 보내고 자유롭게 움직일 수 있을 때까지 회복한다. 그 때, 카카시와 린이 물분신술 닌자들에게 에워싸여 위험하다는 소식을 듣게 된다. 그 소식을 들은 오비토는 두 사람을 구하기 위해 마다라의 아지트에서 나와 두 사람이 있는 곳으로 급히 달려왔으나, 그곳에서 오비토가 본 광경은…

카카시가 린을 죽이는 순간을 본 오비토는 절망하여 그 곳에 있는 닌자들을 모두 죽이려 한다. 린의 죽음을 받아 들일 수 없었던 오비토는 환술로 꿈 속에 생각의 세계를 만든다는 마다라의 계획이 떠올라 린이 있는 세계를 만들기 위해 마다라의 의지를 이어, 자신을 ‘우치하 마다라’라고 말하기 시작했다.

‘아카츠키’를 결성하기 전 야히코와 나가토에 접촉한 오비토. 윤회안을 가진 나가토를 어둠에 끌어들이려 하지만, 야히코 일행들은 마을을 평화로 이끄는 활동에 집중해 있었다. 어떻게 해서 ‘아카츠키’는 결성된 것일까? 드디어 ‘아카츠키’ 결성 비화가 공개 된다!

나뭇잎마을의 미래를 위해 바위마을과의의 평화교섭을 막으려고 하고 있다는 단조의 말에 따라 의심을 품은 한조는 야히코 일행들을 함정에 빠뜨려 ‘아카츠키’를 없애기 위해 회합으로 불러낸다. 함정이라고 생각하지 못한 채 회합으로 향했던 야히코와 나가토. 그러나 아카츠키 조직단들은 회합이 함정이라는 것을 눈치 채고 구출하려고 하지만, 오비토가 그것을 막는다. 평화를 바라는 야히코 일행들의 생각과는 반대로, 평화 따위 존재하지 않는다는 오비토의 뜻대로 모든 것이 어둠을 향해 움직이기 시작한다.