나루토는 라이카게의 설득에 성공하여, 드디어 전장으로 향한다! 누구로 변했는지 알 수 없는 백제츠의 대처는 나루토의 감지능력만 의지할 수 밖에 없다. 게다가 백제츠를 통해 마다라가 불사라는 것이 밝혀진다. 시카쿠는 싸움에 참가하는 나루토에게 그 정보를 전하면서, 마다라는 평화 따위 바라지 않는 증오를 이용하는 위험한 적이라고 충고한다. 그러나 그 이야기를 들은 나루토는 “이 전쟁은 내가 멈추겠어!”라며 더욱 결의를 다진다.

역대 카게들을 불러모은 가아라 제4부대의 전투가 시작된다! 그 한 사람, 가아라의 아버지인 4대 카제카게는 아들이 카제카게가 된 것, 그리고 닌자연합군의 연대장을 맡고 있다는 것에 경악하고, 아들이 정말 그 가치가 되는지 확인하기 위해 자둔으로 사금을 공격한다. 격렬한 싸움 끝에 가아라가 자신을 뛰어 넘고, 성장했다고 느낀 아버지는 과거에 아들에게 한 잘못을 후회하고, 모래를 조종하는 힘과 가아라를 낳고 죽은 엄마 ‘카루라’의 진실에 대해 이야기하기 시작한다.

전장으로 향하는 나루토와 비 앞에, 예토전생 몸으로 우치하 이타치와 나가토가 나타났다! 구미의 힘을 컨트롤하는 나루토의 모습에 성장을 느낀 둘이지만, 카부토에 조종에 의해 전투를 시작한다. 사스케가 지금 어떻게 됐는지 나루토에게 확인하면서도 강력한 환술과 사륜안을 구사하고, 압도적인 힘으로 두 사람을 궁지에 몰아 넣는 이치타와 나가토. 싸우면서 새삼스레 나루토에게 사스케를 맡겨달라며 이타치가 결의한 순간, 만화경사륜안이 발동한다. 그 때, 나루토의 몸에서 이변이 일어난다.

최강환술 ‘별천신’의 힘으로 이타치는 예토전생 술법으로부터 해방된다! 한 편, 나가토는 완전히 의식을 놓아버리고, 윤회안의 힘으로 나루토 일행들을 공격한다. 엄청난 윤회안 기술 앞에 아무 것도 하지 못하는 나루토와 비. 어느새 절체절명의 위기…! 그 때 자유롭게 움직일 수 있게 된 이타치가 그 위기를 구한다! 그러나 나가토가 사용한 대술법, 한번 붙잡히면 다시는 벗어나지 못하는 ‘지폭천성’으로 세 사람은 아무 기술도 쓰지 못하고 궁지에 몰린다.

역대 카게들과 싸우는 제4부대. 가아라의 활약으로 2대 미즈카게와 3대 이라카게를 봉인하는 데까지 몰아 붙이지만, 바로 코 앞에서 실패한다. 2대 츠치카게 무우와 싸우는 오오노키에 가세하기 위해 이름없는 닌자들에게 2대 미즈카게를 부탁하고 그 장소에서 사라지는 가아라. 이길 생각이 없는 2대 미즈카게는 유명한 닌자가 없는 상황에서 자신과 싸우게 된 닌자들을 위해 자신의 인술과 약점을 설명하면서 싸우게 되지만, 그것마저 제대로 못하는 닌자들로 애를 탄다.

풍둔을 구사하는 3대 이라카게와 싸우는 테마리. 뇌둔을 사용하는 3대에게는 바람의 술법이 먹혀야 하지만, 어떠한 공격을 해도 타격을 받지 않는다. 테마리는 강한 풍둔을 사용하지만, 구름마을의 닌자인 도다이는 더욱 강력한 풍둔을 사용하지 않으면 승산이 없다고 말한다. 그 곳에는 테마리 이상의 기술을 사용하는 사람이 없는데… 그 때 갑자기 나루토가 나타난다! 나루토의 특기 ‘나선수리검’은 풍둔계 중에서도 초강력 술법! 과연 나루토는 3대 이라카게의 움직임을 멈출 수 있을 것인가?!

2대 미즈카게 신기루를 격파한 가아라와 오오노키. 그러나 지금까지 협력적이었던 2대 미즈카게는 배틀이 즐거워지면서, 한층 더 큰 술법으로 공격한다. 그것은 2대 츠치카게도 손을 태웠다는 무한폭파인술 죠키보이! 광범위 하게 몇 번이나 수증기 폭발을 일으키는 그 큰 기술에 가아라 일행은 고전을 면치 못한다. 그러나 그의 인정사정 없는 공격은 단지 싸우는 것만 재미있어 진 것뿐 아니라 “나한테 이기지 못한다면 마다라는 이길 수 없다”는 2대 미즈카게가 가아라 일행을 생각 해준 것이었다.

백제츠가 잠입해 있을지도 모른다는 의심을 품고, 휴식을 취하는 시카마루 일행들. 한 편, 다른 전장에서 싸움 하고 있는 네지와 키바. 그 떨어져 있는 전장에서 동시에 의외의 적인 닌자가 나타났다. 그것은 과거의 사스케 탈환임무 때, 뒤쫓아 가는 나루토 일행을 저지하기 위해 앞을 가로막는 강적 소리의 4인방! 카부토의 예토전생으로 부활한 것이다. 예전에 시카마루와 네지 일행을 무서운 힘으로 궁지에 몰아넣은 연인의 소리의 4인방. 그들이 부활한 목적은 대체 무엇인가?!

각각의 전장에서 나뭇잎 마을 사람들을 쓰러뜨린 소리마을의 4인방들. 하지만 그것은 4인방의 작전이었다. 4인의 몸이 썩어가면서 발동한 술법, 그것은 ‘시공술식 ? 환천전신의 술법’. 육체에서 영혼만을 결계로 전이시키고 가둬두는 결계인술이다. 그 술법으로 영혼을 결계에 가둬 버린 시카마루 일행들. 그 결계인술을 깨고, 빠르게 영혼을 육체에 돌려놓지 않으면 죽게 되지만, 소리 마을의 4인방은 복수를 위해 가차없이 공격해 오는데…

4인방을 쓰러뜨리려도 결계가 풀리지 않는 것을 안 시카마루 일행들. 이대로라면 목숨을 다할 것도 시간 문제지만, 이노와 시노가 필사적으로 육체에 차크라를 보내 목숨을 이으려고 한다. 그러나 둘의 차크라도 얼마 남지 않았다. 그리고 본부에 있는 시카쿠는 아들의 위기에도 불구하고, 유일한 희망 나루토에게 “구하러 가지마”라고 명령한다. 절체절명의 상황에서, 복수심에 불타는 소리마을 4인방은 주인상태 2보다도 더 힘을 올려, 시카마루 일행들에게 공격한다!

전장에서 백제츠와 교전하는 네지와 히나타. 네지는 사각을 찔리는 습격을 당하지만, 그 위기에서 히나타가 구해준다. “네지오빠는 내가 구할거야.” 의기 충만한 히나타. 츠나데가 호카게로 취임하고, 사스케가 아직 마을에 있을 무렵―― 마찬가지로 네지가 자신을 지켜 주었던 때가 떠올랐다. 며칠 후에 있는 불꽃놀이에 나루토와 가게 된 것이 기쁜 히나타. 그러나 네지와의 엄격한 연습으로 시력을 너무 많이 사용하여 눈이 잘 보이지 않게 된다. 네지는 그에 책임을 느끼는지….?

나뭇잎 마을 암부 출신 우즈키 유가오와 죽은 중급 닌자 시험 시험관 겟코 하야테는 예전부터 연인 사이였다. 유가오는 완전히 암부를 그만두고, 지금은 의료 닌자들이 분주하게 돌고 있는 의료 부대 텐트에서 도움을 주고 있다. 한편, 카부토 쪽에서는 예토전생의 술법으로 하야테가 다시 살아나고 있었다. 하야테가 다시 살아나는 것을 알 길이 없는 유가오. 그리고 시체를 빼앗도록 카부토에게 명령을 받은 하야테는, 유가오가 있는 것을 모르고 의료부대 텐트 쪽으로 출격한다.

생각지도 못한 하야테와의 재회에 당황한 유가오. 하지만 적의 정보를 누구보다도 잘 알고 있다며 무정하게 하야테를 쫓아가라고 명령한다. 쫓아가면서도 뇌리에 두 사람이 지냈던 추억이 떠오르는 가운데, 드디어 하야테와 대면한다. 카부토의 예토전생으로 조종당하고 싶지 않은 의지와는 다르게 연합 닌자들에게 달려드는 하야테는 유가오에게 자신을 베라고 부탁하지만, 과거에 하야테가 죽은 이후로 유가오는 칼을 들 수 없게 되었다.

전장을 향해 질주하는 나루토는 싸우고 있는 닌자연합의 닌자들을 만나게 된다. 카이루를 앞세운 소대로 싸움 상대는 예토전생의 몸인 사무라이 타테와키라는 남자. 사실은 나루토와 그 사무라이는 어떤 임무로 만난 적이 있었다! 3년 전, 임무로 방문했던 ‘차나라’에서 있었던 일. 나루토 일행은 성에 있는 어린 후계자를 데리고 나오는 임무를 맡게 되었다. 하지만 어린 후계자 측에는 항상 경호하는 타테와키가 있었다. 과연, 나루토는 타테와키의 눈을 피해 무사히 임무를 수행할 수 있을까?!

차나라에 인질로 있었던 어린 후계자 슈와 나루토를 맞바꾸는 작전이 성공했다! 이제는 무사히 어린 후계자를 피나라까지 데리고 가는 일만 남았지만, 슈는 마을을 둘러 보고 싶다고 이야기를 꺼낸다. 한편, 슈의 모습으로 변한 나루토는 타테와키에게 정체가 발각 되고, 무섭게 다가오는 타테와키와 사무라이들에게 둘러싸인 절체절명의 대위기. 그러던 중 갑자기 슈가 있는 성 아래 마을 쪽에서 폭발이 일어났다! 위로 솟아오르는 연기 가운데, 아카츠키인 데이다라와 사소리가 모습을 나타낸다.

극장판 로드 투 닌자의 전날 밤에 일어난 이야기를 애니화! 가면 쓴 남자 마다라가 새로운 닌자 기술 한정 츠쿠요미 상대를 나루토로 지명했을 때 즈음...

나뭇잎마을에서는 각 반 임무를 수행하고 녹초가 되어 있었다. 한편, 임무가 없었던 나루토는 휴일을 혼자 쓸쓸히 보내야 했는데… 쓸쓸해 보이는 나루토를 목격한 리는 모두에게 나루토도 함께 목욕탕에 가자고 설득한다. 목욕탕에서 재충전하고 있던 중, 갑자기 여탕 지붕이 무너졌다!

어느 재빠른 자에게 당한 닌자들. 그곳에 황급히 달려온 가이가 본 정체는 예토전생의 몸인 첸 노사라는 노인이었다. 보기에는 약해 보이지만, 과거에 나뭇잎 마을의 영웅이었던 최강 체술자. 그런 상대와 싸우는 것에 가이는 감격하지만, 고전을 면치 못한다. 가이의 위기에 리가 급히 달려 오지만 첸이 죽은 것은 리가 태어나기 전임에도 불구하고 리는 그 노인과 만난 적이 있다고 말한다. 과연 두 사람의 과거에 무슨 일이 있었던 것일까?!

이노시카쵸 3명과 사쿠라, 키바는 각자 다른 전장에 있음에도 불구하고, 같은 모습을 하고 있는 소년 예토전생의 몸이 각 전장에 동시에 나타났다. 그 소년은 날씨를 조종하여 강렬한 비와 눈, 천둥으로 공격을 한다. 힘든 싸움을 하면서 그 소년과 맞선 시카마루와 키바 일행들. 갑자기 그 소년은 그들의 이름을 말하기 시작한다. 그 소년이 왜 자신의 이름을 알고 있는지 이상하게 생각 했지만, 그 소년과 어린 시절에 만났던 것을 조금씩 기억해 낸다.

모두의 앞에 예토전생 요타라는 소년이 나타났다. 아직 나루토와 사쿠라가 알기 이전에 요타는 어디서든 난데없이 나타나 울면 비가 내리고, 웃으면 바람이 부는 날씨를 조종하는 술법으로 금새 인기인이었다. 그 무렵 나루토는 혼자 외롭게 지내고 있었는데, 특이한 요타와 만나 금새 친구가 된 덕분에 사쿠라와 시카마루 일행과도 친해질 수 있었다. 그런데 왜 모두 요타를 잊은 것일까? 그리고 왜 요타는 예토전생술로 소생하게 된 것일까?!

나루토 일행들은 요타와의 추억을 완전히 기억해 낸다. 그러나 그건 슬픈 추억... 어린 시절, 요타는 나루토와 시카마루 일행들과 친했지만, 적의 스파이라고 의심한 마을 어른들에게 잡혀간다. 나루토와 친구들은 요타를 구해주고, 안전한 곳으로 도망치게 하려 했지만, 거센 물살이 흐르는 강이 막는다. 강을 건너야겠다고 결심한 나루토와 친구들. 하지만 거센 물살에 떠내려가게 된다. 그 때, 요타의 필사적인 행동으로 모두 살 수 있었다.

닌자 연합군 때문에 부하가 줄어 든 카부토는 봉인 된 예토전생 몸을 되찾기 위해, 오로치마루와 각지를 돌았을 때 모았던 실패작들을 불러 예토전생의 닌자들을 대량 소생시키면서 닌자 연합군을 수로 공격하는 작전을 짠다. 과거에 단조의 호위였던 예토전생이 된 토루네가 지휘하지만, 토루네 외는 모두 약한 자들로 연합군 닌자들에게 봉인 되어버린다. 그 중에는 죽기 전에 말하지 못했던 마음을 전하는 자들도 나타나 전장은 혼란스러웠지만, 그 혼란한 틈을 타 토루네는 혼자 단독 행동을 한다.

백제츠와 키바 일행들이 한창 싸우고 있을 때, 시노의 벌레가 무엇인가 감지한다. 키바 일행들에게 백제츠를 부탁하고, 전장을 나와 감지한 장소로 서둘러 가는 시노. 그곳에는 대량의 독충을 배양하며 금지술법을 준비하고 있는 토루네가 있었다. 시노와 토루네는 같은 아부라메 일족으로 유년시절 형제같이 지냈다. 그러나 토루네가 단조에게 ‘뿌리’를 떠맡은 이후로 만난 적이 없었다. 오랜만에 재회한 두 사람. 토루네를 봉인하기 위해 강력한 독충에 시노는 어떻게 도전할 것인가?!

전장으로 향하던 비가 휴식을 취하고 있을 때, 그 곳에 모토이가 합류한다. 카부토의 구치요세인 예토전생 술법으로 두 사람의 눈 앞에 과거에 팔미 인주력이었던 닌자 후카이가 나타나 두 사람의 신변을 걱정하며 도망가라고 말하지만, 카부토의 조종으로 강력한 힘이 발동하게 된다. 이외로 후카이에게서 나온 것은 비 안에 있어야 하는 팔미 차크라! 그리고 후카이의 몸은 순식간에 미수화가 되고 무시무시한 힘으로 공격한다! 그에 맞서는 비도 미수화하여, 인주력 vs 인주력으로 격투가 시작된다!!

미후네와 함께 싸우고 있는 칸쿠로 앞에 예토전생으로 조종당하고 있는 꼭두각시인 치요할멈이 공격한다. 칸쿠로와 맞서 싸우는 꼭두각시는 치요할멈의 손자기도 했던 ‘인간 꼭두각시 사소리’. 사소리를 눈 앞에 둔 치요할멈은 과거의 후회가 떠오른다. 사소리의 어린 시절, 부모님의 죽음을 말하지 않았던 치요할멈. 괴로워하며 애정을 갈구하는 사소리에게 거리를 두었던 것이 사소리의 마음을 삐뚤어지게 만들었고, ‘인간 꼭두각시’에 관심을 보이기 시작하는데…

닌자연합본부에 오모이가 전장에서 나갔다는 소식이 들려왔다. 오모이에게 신용을 가지고 있던 라이카게는 그 말에 동요하고, 함께 싸우고 있던 동료들도 충격을 받는다. 그러나 오모이가 향했던 것은 뇌운대라는 부대가 있는 전장. 그 부대는 12, 13세의 아이들로 구성되어 있는데, 많은 백제츠가 둘러싸여 고립되어 절체절명의 위기에 빠져 있었다. 그 사실을 안 오모이는 명령 위반에도 불구하고 구출하기 위해 향하는데… 과연 뇌운대는 구조 될 것인가?! 그리고 오모이의 운명은?!