A habilidade dos Zetsu Brancos de copiar cada detalhe das pessoas, incluindo seu cheiro e Chakra, tem causado grande problema para as Forças das Aliança Ninja. Mas Naruto consegue sentir o ódio do Zetsu Branco, então com a chegada de seus clones na linha de frente de cada campo de batalha, finalmente a Aliança Ninja tem sua chance de virar o jogo. Mas algo surpreendente aguarda o Quarto Esquadrão de Gaara.

O shinobi reanimado que aparece diante Gaare e Ohnoki é nada mais nada menos que Uchiha Madara... mas isso levanta na Aliança Ninja a questão: quem é o homem por trás da máscara que diz ser Madara?

O poder de Uchiha Madara ultrapassa as expectativas da Aliança Ninja. Apesar da diferença esmagadora de poder, o Terceiro Tsuchikage Ohnoki, Gaara e Naruto se recusam a desistir. Mas será necessário o poder de muito mais que dois Kages para enfrentar tamanho oponente.

Naruto e Bee finalmente encontram o homem por trás da máscara que dizia ser Uchiha Madara. Mas ele não está só. Lutando ao seu lado, forçados pela Reencarnação Impura, estão os outros Jinchuuriki, dos quais Naruto reconhece um.

Naruto e Bee precisam vencer os seis Jinchuuriki revividos, que além disso estão com o Sharingan num olho e conectados pelo Rinnegan no outro. Mas Naruto tem a seu favor a experiência que conseguiu lutando contra os Seis Caminhos de Pain, e isso poderá ser decisivo para vencer os poderosos seis Jinchuuriki.

Naruto está dentro do Quatro Caudas, onde ele promete libertá-lo do controle do homem mascarado. Ouvindo essa conversa, o Nove Caudas relembra de todo tempo que passou selado dentro de Naruto.

Por anos Naruto foi alvo do ódio incondicional do Nove Caudas. Mas todos esses anos juntos serviu para que o Nove Caudas entendesse Naruto mais que qualquer um. E a determinação de Naruto para libertar o Quatro Caudas do controle daquele por trás da máscara é tão forte que consegue mudar até mesmo o poderoso demônio das noves caudas.

Naruto usa suas últimas forças para libertar as Bestas de Caudas do controle do homem mascarado. Quando tudo parece perdido, uma ajuda inesperada e de uma forma ainda mais inesperada aparece.

O curso da guerra está virando lentamente a favor da Aliança Ninja, mas muitos ficaram receosos sobre a vitória após o surgimento do verdadeiro Madara. Para elevar os ânimos, Shikaku pede que Inoichi mande uma mensagem a todos os ninjas da Aliança.

Suigetsu e Juugo vão a um dos esconderijos de Orochimaru a procura de Sasuke e acabam encontrando algo muito melhor, algo que pode mudar o curso da Guerra. Enquanto isso, Sasuke finalmente se propõe a acertar as contas com Naruto.

Os Cinco Kages estão sendo massacrados pelos ataques devastadores do verdadeiro Uchiha Madara. Quando está prestes a desistir dessa difícil luta, Ohnoki se lembra das sábias palavras do antigo Tsuchikage.

Um Ninja Médico jamais deve ir à linha de frente, é seu dever curar os outros ninjas no campo de batalha e sempre ser o último a morrer. Mas contra Madara, Tsunade precisa mostrar sua verdadeira força, a força herdada do clã Senju. Enquanto isso, Sasuke vai atrás de Itachi querendo respostas e acaba cara a cara com Kabuto.

Sasuke e Itachi agora têm o mesmo propósito: parar o Jutsu da Reencarnação Impura de Kabuto. Mas o inimigo tem uma poderosa aliada, a Energia da Natureza, o que dificulta em muito a ação do Susano'o dos irmãos Uchiha. Enquanto isso, a luta continua cada vez mais cruel na frente de batalha. Poderão os Cinco Kages reagir ao poder do Susano'o de Madara?

O confronto entre os irmãos Uchiha e Kabuto continua. Usando poderosos argumentos contra Itachi, já que ambos foram ninjas espiões, Kabuto tenta trazer Sasuke para o seu lado com o objetivo em comum de destruir a Folha, mas a determinação ninja de Itachi mostra novamente o seu poder.

O passado de Kabuto é revelado. Quando criança, ele foi encontrado ferido e sozinho por uma freira chamada Nonou, que o levou para o orfanato. Mas Nonou, a doce freira que o tomou como filho, era na verdade uma kunoichi que havia abdicado à vida de espionagem e que agora só se dedicava ao orfanato e às suas crianças. No entanto, a inesperada visita de Danzou e Orochimaru ao orfanato para falar com Nonou muda para sempre a vida de Kabuto, a doce criança que usava seu Ninjutsu Médico para ajudar os outros.

A longa busca de Kabuto para descobrir quem ele era o levou a anos de análise, coleta e uso das habilidades de todo os ninjas que cruzaram seu caminho, incluindo Kimimaro, o Quarteto do Som e o próprio Orochimaru. Poderá Itachi vencer um oponente tão poderoso assim?

Itachi ativa o Jutsu Ocular Izanami para prender Kabuto num ciclo infinito de repetição. Ele então explica a Sasuke como o Izanami funciona e conta a história de como esse poderoso Jutsu Proibido foi criado, explicando que foi uma forma de salvar os Uchiha do abuso de seu poder e de sua própria arrogância.

A batalha entre os Cinco Kages e Madara está cada vez mais violenta e, não fosse pela determinação de Ohnoki, eles já teriam perdido as esperanças e sucumbido ao imenso poder do poderoso Uchiha. Enquanto isso, Itachi finalmente revela toda a verdade para Sasuke.

Graças a Itachi, o Jutsu da Reencarnação Impura é desfeito e todos os ninjas revividos retornam ao seu descanso eterno. Mas a guerra ainda não acabou e, para a surpresa de todos, Madara continua lá...

Suigetsu e Juugo finalmente alcançam Sasuke. No entanto, após todos os recentes acontecimentos Sasuke só quer saber a verdade e ele sabe exatamente quem o ajudará nisso: Orochimaru!

A guerra continua e Naruto, Bee, Kakashi e Gai precisam impedir a transformação do Dez Caudas de qualquer jeito. Mas o homem mascarado não deixará por menos e acaba se mostrando um poderoso oponente ao impedir de forma espantosa todos os ataques do grupo.

Kakashi fica atordoado ao perceber a conexão entre a Técnica de Transportação do homem mascarado e sua Dimensão Celestial. Mas Naruto não se deixa abater e, em uma ousada investida, ele consegue quebrar a máscara e revelar a identidade de seu oponente. Mas afinal, que é o homem por trás da máscara?

A identidade do homem mascarado finalmente é revelada e Kakashi fica profundamente chocado ao descobrir que se trata de seu querido amigo dado como morto da Batalha da Ponte Kannabi, Uchiha Obito. E a surpresa apenas aumenta quando Uchiha Madara surge como seu aliado, revelando que o Plano Olho da Lua foi algo minuciosamente planejado por ele durante anos.

Depois da batalha na Ponte Kannabi, Obito se encontra no esconderijo do lendário Uchiha Madara, que o salvou. Lá, Obito trabalha em sua recuperação após ter metade de seu corpo esmagado, tudo para que no fim ele consiga voltar para Kakashi e Rin. Mas quando Obito descobre que seus companheiros estão em perigo, nada o impede de voltar à superfície para ajudá-los. E quando ele finalmente os encontra...

Totalmente incrédulo, Obito vê Kakashi matar Rin. Incapaz de aceitar a realidade, Obito então agarra-se ao sonho de Madara e decide criar um mundo perfeito onde Rin ainda exista, o Mundo dos Sonhos. Para isso, o jovem Uchiha torna-se discípulo de Madara para poder colocar e aprende mais sobre o Projeto Olho da Lua, em que eles precisarão do lendário Rinnegan para poder realizá-lo. Mas como ganhar a confiança de Nagato, o gentil ninja da Chuva herdeiro do Rinnegan?

Há muitos anos, Yahiko, Nagato e Konan tinham um sonhos: trazer paz não só à sua triste nação, mas também para o mundo. Com isso em mente, eles começam de forma pacifista a espalhar seus ideais, usando o Ninjutsu que Jiriya ensinara anos antes apenas para defesa. Seu grupo cresce, é batizado de Akatsuki e ganha o reconhecimento de Hanzou da Salamandra, líder do país da Chuva. Mas cresce também a ambição de quem deseja usar o lendário Rinnegan de Nagato para outros fins...

Danzou engana Hanzou, falando que a bem intencionada Akatsuki quer, na verdade, sabotar as negociações de paz entre a Chuva e a Pedra. Acreditando em sua história, Hanzou arma uma emboscada para acabar com a Akatsuki pelo bem de sua vila.