O Time Samui da Vila Oculta da Nuvem chega à Vila da Folha. Impressionados por encontrar o lugar em ruínas, eles procuram a Hokage para entregar a carta do Raikage, mas quem a recebe é Danzou, que se autodeclara o novo Hokage.

Gai chega para ajudar Naruto com seu treinamento. Mas acaba encontrando Kisame, que se infiltrou na ilha para achar Naruto e Killer Bee.

Cada Kage vindo de cada uma das Cinco Grandes Nações comparece à Conferência dos Kage. E com cada qual possuindo um temperamento único, a Conferência promete ser tudo, menos pacífica.

Naruto está disposto a qualquer coisa para acabar com o ciclo de ódio que envolve o mundo. Ele então parte para o País do Ferro para fazer pessoalmente um pedido ao Raikage.

Mifune apoia a ideia de Danzou de criar uma Aliança Ninja para conter a Akatsuki. Enquanto isso, Sai revela Sakura tudo que Naruto fez por Sasuke.

O homem mascarado que diz ser Madara aparece diante de Naruto e revela toda a verdade por trás das ações de Itachi. Nos limites do País do Ferro, Sasuke e seu grupo partem para a Conferência dos Cinco Kage.

Naruto, Kakashi e Yamato ficam estarrecidos com a verdade sobre Itachi. Madara então revela ainda mais: ele conta a história do ciclo de ódio eterno que se iniciou com os filhos do Sábio do Seis Caminhos, as duas pessoas que originaram o clã Senju e o clã Uchiha.

A Conferência dos Cinco Kage está sob ataque do grupo de Sasuke! Mas eles não são oponentes comuns, eles são os líderes das Cinco Grande Nações, são os poderosos Kage!

Sakura vai ao País do Ferro determinada a fazer Naruto recuar. Enquanto isso, na Conferência dos Kage, a luta entre Sasuke e os Kage é interrompida por Madara, que tem um importante pronunciamento a fazer.

Os Cinco Kage recebem a declaração de guerra de Madara e decidem formar a Aliança Ninja sob o comando do Raikage. Mas a busca de Naruto por Sasuke continua e Sakura está disposta a fazer de tudo para detê-lo.

Com a recusa dos Cinco Kage em entregar para a Akatsuki as Bestas de Caudas restantes, Madara declara guerra contra o mundo e manda Kisame capturar o Oito Caudas de Killer Bee.

Sai revela a Naruto que Sakura pretende matar Sasuke com as próprias mãos. Enquanto isso, Gaara faz seus esforços para notificar Naruto do ocorrido na Conferência e de se reafirmar como um aliado da Folha e amigo de Naruto.

Kakashi manda Yamato e Naruto de volta para a Folha e corre para deter Sakura. Enquanto isso, Sasuke confronta Danzou, que revela ter muito mais que um Sharingan escondido na manga.

O excepcional Jutsu de Danzou prevê os ataques de Sasuke, o que lhe dá uma vantagem absurda. Karin tenta analisar, mas Madara já sabe que se trata do Izanagi, um Jutsu proibido do clã Uchiha.

Danzou acredita que venceu a luta contra Sasuke. Mal sabe ele que já está preso em um Genjutsu do jovem Uchiha.

Com a ajuda de Kiba e dos outros, Sakura localiza Sasuke. No entanto, parte de seu plano é enganar seus amigos, colocando-os para dormir, para assim poder ir matar Sasuke com as próprias mãos.

As lembranças da infância enchem a mente de Naruto. Ele está pronto para lutar contra Sasuke, mas não está pronto para cortar seus laços.

Sakura diz a Sasuke que quer fugir da Vila e se juntar a ele. Cético, Sasuke manda Sakura matar Karin e diz que só assim ela pode se unir a ele.

Naruto impede que Sasuke mate Sakura e o repreende por isso. Sasuke então revela que matou Danzou com as próprias mãos e que vai limpar o nome do clã Uchiha custe o que custar.

Há alguns anos, no Vale do Fim, Sasuke disse a Naruto que ninjas de alto nível são capazes de se entender apenas ao trocar golpes. Tendo se tornado um ninja de alto nível, Naruto agora é capaz de entender o coração de Sasuke.

Após derrotar Kisame, Bee volta para a Vila da Nuvem, para a alegria e alívio de seus discípulos Omoi e Karui. No entanto, era parte do plano de Kisame ser derrotado: ele na verdade está escondido na Samehada, espada que Bee tomou para si, e apenas espera o momento certo para capturar o Jinchuuriki do Oito Caudas.

Com a guerra iminente chegando, os senhores feudais e os Kage das Cinco Grande Nações se mobilizam para preparar seu povo para os tempos tempestuosos que estão por vir.

Naruto conversa com seus amigos sobre Sasuke e pede que o deixem derrotar Sasuke sozinho. Enquanto isso, os Anciões estão prontos para nomear oficialmente Kakashi como o novo Hokage.

No Monte Myoboku, Gerotora, Fukasaku e o Grande Sapo Sábio discutem sobre o último pedido de Jiraiya: entregar a chave do Selo do Tetragrama Duplo para Naruto e correr o risco de ter o Nove Caudas libertado.