Während Killer B Naruto hilft sein Bijuu zu kontrollieren, entdeckt Tokuma Hyuuga die Zetsu Armee. Die fünf Kage versammeln daraufhin die alliierten Shinobi, welche in fünf Divisionen aufgeteilt werden. Inzwischen beschwört Kabuto seine mächtige Armee von wiederbelebten Shinobi. Gemeinsam mit Tobi verlässt Kabuto das Versteck und leitet den vierten großen Shinobi Weltkrieg ein.

Während des Kampfes wird sich Sasori über seinen unsterblichen Körper bewusst. Daraufhin setzt Sasori Shin ein, um Kankuros Skorpionpuppe zu besiegen. Wie Omoi erfährt, ist Shins Bauch voll mit Deidaras Ton. Omoi versucht Shin zu stoppen, jedoch geht die Attacke daneben und Deidara lässt Shin explodieren.

Der Ninja-Weltkrieg ist ausgebrochen und die Fürsten der verschiedenen Reiche, die sich zu einer Allianz zusammengeschlossen haben, müssen sich vor den Gegnern verstecken, was ihnen nicht leicht fällt, zumal die Bedingungen ihrer unwürdig sind. Unterdessen werden in der Ninja-Allianz Strategien ausgedacht, wie man den drohenden Angriff der übermächtigen Feinde abwehren kann …

In der Sanitätseinheit werden plötzlich Ärzte ermordet. Aber alle Versuche, den Täter zu finden, scheitern vorerst. Auch Neji beteiligt sich an der Suche, obwohl er im Moment das Byakugan nicht einsetzen kann. Sakura gelingt es durch Zufall, Licht in das Dunkel zu bringen. Als Neji wieder einmal zu ihr kommt, um sich behandeln zu lassen, stellt sie fest, dass es der Falsche ist.

Tsunade und der Raikage finden Naruto und Killerbeat. Sie wollen Naruto um jeden Preis aufhalten, um zu verhindern, dass er in die Hände des Feindes gerät, was das Ende der Welt bedeuten würde. Der Raikage ist sogar bereit Naruto zu töten, wenn es nötig sein sollte, doch Killerbeat stellt sich zwischen die beiden und bietet dem Raikage an, lieber ihn statt Naruto zu töten.

Kakashi und Guy erfahren, dass eine Einheit nach heftigen Verlusten Unterstützung braucht. Es haben nach mehreren Kämpfen nur Omoi, Yurui , Nurui und ein paar andere überlebt und sie haben es als Gegnerin mit der wiedergeborenen Ameyuri Ringo zu tun, die zu den Sieben Shinobi Schwertkämpfern gehörte und mit ihrem ersten Jutsu gleich Yurui ausschaltet.

Der mit Edo Tensei wiederbelebte 3. Raikage soll besiegt werden, aber was auch versucht wird: Kein Jutsu führt zum Erfolg, obwohl Temari das Windversteck beherrscht, und Naruto es mit einem neu entwickelten Rasengan probiert. Dodai, ein früherer Gefährte des 3. Raikage gibt dann allerdings entscheidende Tipps.

Yota scheint im Moment an mehreren Stellen gleichzeitig zu sein, aber welcher ist nun der echte? Und warum ist Yota überhaupt hergekommen? Gibt er Naruto und seinen Freunden die Schuld an seinem Tod? Damals hatten sie Yota befreit, als er gefangen gehalten wurde, und in Schwierigkeiten war. Auf der Flucht mussten sie einen Fluss durchqueren, bei dem Yota fast ertrunken wäre.

Killer B und Naruto kämpfen gegen die Träger, die vom Rinnegan und vom Sharingan Besitz ergriffen haben. Sie erhalten Hilfe von Kakashi und Guy.

Der Kampf zwischen den fünf Kage und Madara geht weiter.

Kabuto versucht Sasuke davon zu überzeugen, sich ihm anzuschließen, um Konoha zu vernichten. Doch sie haben einen Interessenkonflikt.

Kabuto steht in Itachis Bann. Um die Seelen-Wiedergeburt aufzuhalten, wendet er die Hand-Versiegelungs-Technik an.

Vor seinem angeblichen Tod gab Obito Kakashi sein Sharingan und bat ihn, Lin zu beschützen. Nach seiner Rückkehr kann er nicht fassen, dass sie gestorben ist.

Orochimaru ist enttarnt und will aus dem Feuerreich fliehen. Danzos Doppelagent Kinoe bittet den Iburi-Clan, bei der Flucht des Abtrünnigen zu helfen.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Naruto, Kyubi, Kakashi, Guy und Hachibi setzen ihren Kampf gegen Obito und Madara fort. Der Dämon der Unterwelt ist kurz davor, das Juubi zu erwecken.

Eine erneute Rückblende zeigt, wie Hashirama und Madara in Konoha das erste Mal auseinanderdriften.

Sasuke ist wieder mit seinen Freunden vereint und berichtet von seiner Entscheidung, ein Hokage zu werden. Neben Team 7 bricht ein erbitterter Kampf aus.

Die Äste des Shinju haben Shikamarus physische Energie und einen Teil des Ninja-Bündnisses aufgenommen. Die fünf Kage eilen zu Hilfe.

Zetsu versucht, Kaguya wiederzubeleben, und das Chakra der Welt steht kurz davor, wiedervereint zu werden. Naruto und Sasuke sind die letzte Hoffnung der Menschheit.