Die Auswertung der DNA-Daten des weißen Zetsu ergibt, dass der Feind Zellen des ersten Hokage kultiviert, und bewegliche Pflanzen als Träger verwendet hat. Des Weiteren stellt sich heraus, dass Madara vermutlich unsterblich ist. Diese neuen Informationen machen es Naruto nicht leichter, endlich in den Kampf zu ziehen …

Gaara und Oonoki stehen den durch Edo Tensei wiederbelebten Kage gegenüber. Auch Rasa, der Vater von Gaara, welcher ihn einst umzubringen versuchte, ist unter ihnen. Für ihn war sein Sohn wertlos, da es Gaara als Kind nicht gelang, Shukaku zu kontrollieren und Gaara nur zu diesem einen Zweck geboren wurde.

Naruto und Killerbee treffen unterwegs auf Itachi und Nagato, zwei alte Bekannte von Naruto. Endlich ergibt sich für Naruto die Chance, aus Itachi die ganze Wahrheit über dessen Verhältnis zu Sasuke zu erfahren. Er weiß ja, dass Sasuke nach wie vor plant, Konoha zu zerstören. Plötzlich bringt Nagato alle in Gefahr, weil er seinen Körper nicht mehr kontrollieren kann …

Naruto kämpft gegen den mit Edo Tensei wiederbelebten Nagato, der Techniken anwendet, die Naruto noch nie zuvor gesehen hat. Killerbee eilt ihm zu Hilfe, doch auch er ist machtlos gegen Nagatos Fähigkeiten. Gerade als Nagato versucht, Naruto und Killerbee in einer Art kleinem Planeten zu fangen und zu Kabuto zu befördern, taucht Itachi auf …

Der 2. Mizukage beschwört unter Edo Tensei eine Riesenmuschel herauf, die ein großflächiges Genjutsu erzeugt. Gaara befiehlt seinen Shinobi, ihn zu versiegeln, doch eine durch die Muschel erschaffene Fata Morgana des 2. Mizukage, macht ihnen einen Strich durch die Rechnung.

Der 2. Mizukage verlangt Gaara und seinen Leuten weiterhin alles ab. Inzwischen bekommen sie es mit dem „Ninjutsu der endlosen Explosionen" zu tun, bei dem ein Doppelgänger des Mizukage erschaffen wird, der nur aus Öl und Wasser besteht. Je mehr sich dieser bewegt, desto stärker erhitzt er sich bis er schließlich explodiert.

Die Zetsus treiben noch immer ihr Unwesen in den Einheiten der Allianz und das Misstrauen untereinander steigt. Als wäre das nicht genug, taucht das wiederbelebte Oto-Quartett auf, Orochimarus ehemalige „Elite-Leibwächter". Shikamaru, Choji, Neji und Kiba haben schon einmal gegen sie gekämpft, doch inzwischen sind sie stärker, als noch zu Lebzeiten.

Nachdem Kabuto es mit Hilfe der wiederbelebten Viererbande aus Otogakure gelungen ist, Kiba, Shikamaru, Choji und Neji die Seelen zu entnehmen und in einem speziellen Bannkreis einzusperren, in der sie dann eine Gestalt einnehmen, versuchen ihre in „Freiheit" gebliebenen Kameraden alles, um sie zu retten. Und das muss schnell gehen.

Die Viererbande aus Otogakure, die von Orochimaru durch Edo Tensei wiederbelebt wurde, hat Shikamaru, Neji, Kiba und Choji in einem Bannkreis eingesperrt um sich an ihnen für eine frühere Niederlage zu rächen. Aus diesem Bannkreis gibt es angeblich kein Entkommen mehr. Aber Naruto spürt, dass seine Freunde in Gefahr sind und es gelingt ihm, herauszufinden, wo sie sich aufhalten.

Neji bereiten seine Augen große Probleme, doch Hinata steht ihm zur Seite und beschützt ihn. Er hat Gleiches schon früher einmal für sie getan, als sie nach dem traditionellen Senbon-Training außer Gefecht gesetzt war. Damals hat er sich in das unheilvolle Tal des Urteils begeben, um eine Pflanze zu suchen, die ihren Heilungsprozess hätte fördern können.

Die Allianz hat inzwischen eine gewaltige Zahl an Verlusten zu beklagen. Auf diesen Zeitpunkt hat Kabuto nur gewartet, um Hayate und weitere Tote wiederzubeleben. Hayate hatte Kabuto noch zu Lebzeiten ausspioniert. Nun muss der wiederbelebte Hayate aber mit Kabuto zusammenarbeiten, ob er will, oder nicht. Das führt auch dazu, dass er auf seine ehemalige Geliebte trifft …

Yugao, die sich mit Sakura und anderen um die Verletzten kümmert, trifft plötzlich den durch Edo Tensei wiederbelebten Hayate, der früher bei den Anbu ihr Geliebter war. Als Wiederbelebter bittet Hayate nun Yugao, ihn zu töten, aber sie bringt es nicht fertig. Sie möchte nicht noch mal erleben, dass er stirbt …

Um den entführten Prinzen Shuu zu befreien, muss Shikamaru sich mit seinem Team etwas Besonderes einfallen lassen. Da passt es sehr gut, dass in dem Schloss, in dem der Prinz gefangen gehalten wird, ein Essens-Wettbewerb stattfindet. Es geht darum, wer am meisten verspeisen kann. Da ist natürlich Choji gefragt.

Naruto, Shikamaru, Ino und Chouji helfen dem Prinzen Shuu aus „Diesesland," zu fliehen. Er soll aus der Burg in seine Heimat „Jenesland" zurückkehren. Naruto verwandelt sich in Shuu, um seine Aufgaben als Prinz zu erfüllen, doch der Schwindel fliegt schnell auf und der Samurai Tatewaki und Prinzessin Chiyo stellen ihn zur Rede.

Madara möchte mit dem eingeschränkten Mondlesen beginnen und schaut dafür tief in Narutos Seele. Dort spielt sich ein letzter Ferientag aus Narutos Jugend ab: Naruto ist langweilig, aber Rock Lee hat die Idee, mit allen gemeinsam ins Badehaus zu gehen. Er selbst möchte aber erst noch ein wenig trainieren, eher er nachkommt.

Guy und sein Trupp haben es mit einem überaus starken Gegner zu tun, der das Taijutsu extrem gut beherrscht. Um so überraschter ist Guy, dass es sich dabei um Meister Chen handelt, der durch ein besonderes Geheimjutsu, den „Konoha Drachengott" berühmt war, aber lägst tot sein soll. Wurde er durch Edo Tensei wiederbelebt?

Shikamaru, Ino und Choji treffen auf einen neuen Gegner, der das Wetter auf extreme Weise beeinflussen, und gegen sie einsetzen kann. Zuerst erkennen sie ihn nicht, doch schließlich fällt ihnen auf, dass es sich um Yota handelt. Ein Junge, der eher einem skurrilen Wesen, als einem Menschenkind gleicht und den sie in ihrer Kindheit auf kuriose Weise kennengelernt haben.

Yota setzt Shikamaru, Ino, Choji, Kiba und Sakura immer noch zu. Das Verblüffende daran ist: Er ist an drei Orten zur selben Zeit. Als die Kinder aus Konoha Yota damals kennengelernt haben, hatten sie gemeinsam eine Menge Spaß. Aber sie mussten vorsichtig sein, denn sollte jemand in Konoha erfahren, dass sich ein Fremder auch nur in der Nähe des Dorfes aufhält, würde es großen Ärger geben.

Yota scheint im Moment an mehreren Stellen gleichzeitig zu sein, aber welcher ist nun der echte? Und warum ist Yota überhaupt hergekommen? Gibt er Naruto und seinen Freunden die Schuld an seinem Tod? Damals hatten sie Yota befreit, als er gefangen gehalten wurde, und in Schwierigkeiten war. Auf der Flucht mussten sie einen Fluss durchqueren, bei dem Yota fast ertrunken wäre.

Kabuto hat seine Edo Tensei Allianz ins Schlachtfeld geschickt, aber sie ist nicht so durchschlagskräftig, wie er erhofft hat, obwohl sie angeblich zahlenmäßig überlegen ist. Der Zufall will es, dass unter den Kämpfern der jeweils gegnerischen Trupps sogar Verwandte sind, die sich zum ersten Mal seit ihrem Tod wiedersehen …

Torune, einer der ehemaligen Leibwächter Danzos, wurde, wie viele andere auch, durch Edo Tensei wiederbelebt. Er trifft zufällig Shino wieder, in dessen Familie er aufgewachsen war. Sie waren wie Brüder. Aber Torune hatte schon immer ein Problem, weil er hochgiftige Insekten in seinem Körper hatte. Jeder, der mit ihnen in Berührung kommt, ist verloren.

Während Bee „mal muss" ist Naruto schon vorausgelaufen. Auf einmal taucht Motoi auf, der vom Raikage den Auftrag bekommen hat, Bee zu unterstützen. Sie bleiben nicht lange allein, denn es kommt der wiederbelebte Fukai, der Bee früher trainiert hat und Schuld am Tod von Motois Vater sein soll. Er selbst hatte vor seinem Tod immer ein Gefühl, als sei ein Loch in seiner Seele …

Sasori baut akribisch genau aufwendige Puppen, die echten Menschen gleichen. Dafür wird er als Shinobi sehr geschätzt. Komushi bewundert ihn dafür und wünscht sich sehr, irgendwann auch ein vollwertiger, bewunderter Shinobi zu sein, denn seine Eltern behandeln ihn wie ein Kleinkind und trauen ihm nichts zu.

Omoi verlässt Hals über Kopf seine Einheit und schwächt sie dadurch sehr. Anfangs weiß keiner, was er vorhat, doch es stellt sich heraus, dass er der Raiun-Einheit zu Hilfe eilen will. Sie besteht aus sieben hochtalentierten Kindern, die vorrangig als Versorgungseinheit eingesetzt wurden, doch sie stecken in großen Schwierigkeiten.