Naruto impede que Sasuke mate Sakura e o repreende por isso. Sasuke então revela que matou Danzou com as próprias mãos e que vai limpar o nome do clã Uchiha custe o que custar.

Há alguns anos, no Vale do Fim, Sasuke disse a Naruto que ninjas de alto nível são capazes de se entender apenas ao trocar golpes. Tendo se tornado um ninja de alto nível, Naruto agora é capaz de entender o coração de Sasuke.

Após derrotar Kisame, Bee volta para a Vila da Nuvem, para a alegria e alívio de seus discípulos Omoi e Karui. No entanto, era parte do plano de Kisame ser derrotado: ele na verdade está escondido na Samehada, espada que Bee tomou para si, e apenas espera o momento certo para capturar o Jinchuuriki do Oito Caudas.

Com a guerra iminente chegando, os senhores feudais e os Kage das Cinco Grande Nações se mobilizam para preparar seu povo para os tempos tempestuosos que estão por vir.

Naruto conversa com seus amigos sobre Sasuke e pede que o deixem derrotar Sasuke sozinho. Enquanto isso, os Anciões estão prontos para nomear oficialmente Kakashi como o novo Hokage.

No Monte Myoboku, Gerotora, Fukasaku e o Grande Sapo Sábio discutem sobre o último pedido de Jiraiya: entregar a chave do Selo do Tetragrama Duplo para Naruto e correr o risco de ter o Nove Caudas libertado.

No Monte Myoboku, Naruto se prepara para guardar Gerotora dentro de si, mas ele também está com medo dos perigos que isso representa para o mundo.

Todos na Vila da Folha estão se mobilizando para a Quarta Grande Guerra Ninja, mas Tsunade não quer que Naruto corra o risco de ser capturado e, com o apoio dos outros Kage, planeja algo para esconder Jinchuuriki do Novo Caudas sem que ele perceba.

Após uma longa viagem em alto-mar, o barco de Naruto finalmente chega em seu destino: a Ilha Paradisíaca do País do Raio. Mas antes que o pessoal da Folha possa comemorar, uma lula gigante ataca! Por sorte, a tripulação é salva por Bee, o Jinchuuriki do Oito Caudas.

Motoi alerta Naruto que ele ainda não está pronto para treinar controle de Besta de Cauda. Sem se intimidar, Naruto pede a Motoi que fale mais sobre Bee.

Com Killer Bee como seu novo mestre, Naruto começa seu treinamento para controlar o poder de sua Besta de Caudas.

Dentro de sua mente, Naruto continua sua batalha contra o Nove Caudas para controlar seu imenso poder.

Dezesseis anos atrás, o Quarto Hokage Minato e sua esposa Kushina estavam esperando seu primeiro filho, a alegria do casal.

Minato é forçado a usar seu Justu de Teleporte Voo do Deus Relâmpago, deixando sua esposa Kushina para trás para salvar seu filho recém-nascido, Naruto, de um malfeitor mascarado.

Minato usa sua Técnica de Transportação para retirar o Nove Caudas da Folha.

Gai chega para ajudar Naruto com seu treinamento. Mas acaba encontrando Kisame, que se infiltrou na ilha para achar Naruto e Killer Bee.

Kisame tenta escapar, mas Gai impede. Com o inimigo preso, Aoba entra em sua mente atrás de mais informações sobre a Akatsuki.

Madara aparece na Vila da Chuva procurando o corpo de Nagato com seu Rinnegan.

Madara usa o Jutsu Proibido Izanagi para escapar da armadilha de Bombas de Papel de Konan.

Os ninjas da Folha e Nuvem se preparam para realocar Naruto e Bee, já que a Akatsuki já pode ter conhecimento da localização deles.

Kabuto e um Deidara revivido tentam capturar o Jinchuuriki, mas são impedidos por Tsuchikage, que veio proteger Naruto.

O Tsuchikage e seu time conseguem proteger o Jinchuuriki, mas o preço a pagar é alto e um grande ninja e amigo importante é levado pelo inimigo.