십미의 인주력이 된 오비토는 경이적인 힘으로 결계를 파괴하고 호카게들을 압도한다. 호카게들은 이에 맞서 불사의 몸을 던져가며 필사적으로 약점을 찾으려 하는데... 오비토는 왠지 힘이 제대로 제어되지 않는 듯한 불안함을 보여준다.

오비토는 모든 인술을 무효화시키는 닌자 시조의 능력을 손에 넣어 난공불 락의 태세를 갖춘다. 대항할 방법이 없어진 나루토 일행은 어떻게든 약점을 찾으려 하는데... 그 와중에 미나토는 오비토를 구하지 못한 일을 새삼 자책하게 된다.

오비토는 닌자 연합군을 결계 속에 가두어 놓고 미수환을 쏘아 몰살시키려 한다. 이에 호카게들은 미수환을 무력화시킬 방법을 찾지만 여의치 않은데... 나루토는 이 상황을 타개하기 위해서 한 가지 아이디어를 떠올린다.

나루토 일행은 선인술로 오비토를 상대하려 하지만 십미의 힘은 호락호락하지 않았다. 그리고 십미는 최종형태로 변화하여 주변에서 차크라를 모조리 빼앗는데… 그 실체는 인간에게 차크라를 빼앗긴 고대의 신수였다.

신수의 꽃이 개화되기까지 남은 시간은 15분. 감히 다가갈 수 없는 압도적인 전력차 앞에서 닌자 연합군은 좌절한다. 하지만 그 상황에서도 투지를 잃지 않는 나루토와 사스케의 용기가 전염되어가는데…

하시라마는 닌자들을 이끌고 신수를 파괴하려 하지만 상황은 결코 쉽지 않았다. 하지만 5카게들이 전장에 당도하면서 닌자연합군은 한층 힘을 받게 되는데... 오비토는 나루토를 향해서 왜 이토록 필사적으로 싸우는냐고 재차 캐묻는다.

나루토와 사스케는 오비토로부터 미수들의 차크라를 빼앗는 작전에 돌입한다. 이에 당혹감을 느낀 오비토는 격렬히 저항하지만 자기 마음속의 진심이 드러나면서 당혹해한다. 나루토는 그런 오비토를 향해서 가면을 벗기겠다고 선언하고...

나루토는 오비토의 과거를 보고 오비토가 자기와 닮은꼴이라는 걸 느끼게 된다. 그리고 오비토의 마음속에 남은 일말의 미련을 향해서 끊임없이 호소한다. 오비토는 과거를 모두 버렸다고 재차 외치지만…

오비토의 뇌리를 스쳐지나가는 따뜻한 옛 기억들. 그것은 카카시에 대한 열등감과 린에 대한 애틋한 감정, 야망이 어지러이 뒤섞인 광경이었다. 그리고 그 기억의 파편들은 차크라를 통해 나루토에게도 전해지고...

나루토와 닌자연합군은 오비토를 십미와 분리하고 미수들을 구하는데 성공한다. 그리고 카카시는 친구로서 오비토의 마지막을 자기 손으로 끝맺으려 하는데… 카카시의 비수가 오비토의 심장을 꿰뚫으려는 찰나, 미나토가 이를 제지한다.

오비토를 제압하는 데 성공한 닌자연합군은 나루토를 필두로 마다라에게 달려든다. 이를 돕기 위해 미수에게 도움을 부탁하던 가아라는 옛 생각에 잠긴다. 오로지 살육병기로서만 살아왔던 자신의 첫 친구에 대한 추억을...

휴가의 후계자로서 어렸을 때부터 매일 매일 고된 수련을 계속하는 히나타. 다섯 살 어린 동생 하나비는 그런 언니를 항상 동경해 왔다. 하지만 히나타의 재능은 기대에 미치지 못했고 오히려 하나비가 더욱 뛰어났는데...

휴가를 짊어지게 된 하나비는 더욱 강해져야 한다는 조바심에 시달린다. 하지만 후계자 자리를 박탈당한 언니 히나타는 줄곧 묵묵히 노력하고 있었는데… 하나비는 언니가 왜 그토록 노력할 수 있는지 이해하기 어려웠다.

오비토는 참회 삼아 희생자들을 윤회전생으로 살려내려 한다. 하지만 그때 쿠로제츠가 나타나 오비토를 휘감는데... 우치하 마다라는 오비토를 이용하여 현세에 환생하게 된다.

예토전생이 아닌 진짜 몸을 얻은 마다라는 윤회안까지 되찾는다. 그리고 미수들에게 목줄을 채워 흡수하려 하는데... 나루토와 가아라, 미수들은 이에 필사적으로 저항한다.

마다라는 결국 미수들을 모조리 빼앗는데 성공한다. 그렇게 쿠라마를 빼앗긴 나루토는 죽음에 직면하고… 빈틈을 노리던 토비라마와 사스케마저 마다라에게 완패하고 만다.

나루토가 나뭇잎 마을을 떠나 지라이야 맡에서 수련한지 2년. 츠나데는 합동 중급 닌자 시험을 재개하기로 결심하고 가아라에게 의견을 타진한다. 이는 다른 마을들의 동향을 살피고 아카츠키를 유인하기 위한 정치적인 포석이었다.

나뭇잎 마을과 모래 마을이 제안한 합동 중급 닌자 시험. 이에 대해 각 국가의 닌자 마을들은 복잡한 계산속에서 참가 불참을 저울질한다. 그렇게 점점 합동 시험날이 다가오는데...

드디어 2년만에 합동 중급 닌자 시험이 시작된다. 1차 시험은 여느때처럼 필기 시험, 감독관은 시카마루였는데… 시카마루는 필기 시험에서부터 문제를 푸는 능력 그 이상을 요구하는 복합적인 시험을 준비했다

단절된 동료들과 어떻게 협력하여 100점 조합을 만들지 고민하는 응시자들. 이때 네지가 제시한 것은 어떤 경우에도 들어맞는 합리적인 방법이었다. 하지만 시카마루가 준비한 필기시험은 이게 끝이 아니었는데...

2차 시험장인 모래 마을에 속속 도착하는 1차 시험 통과자들. 그리고 2차 시험 시작 전날, 이들 사이에는 미묘한 긴장감이 흐른다. 그 팽팽한 긴장감은 사소한 일로 인해 싸움으로 번지지만...

마의 사막에서 펼쳐지는 2차 시험, 족자 쟁탈전의 막이 오른다. 네지와 텐텐, 리는 일단 강적들을 피해서 족자를 손에 넣기로 하는데… 너른 사막을 아무리 달려도 다른 조는 눈에 띄지 않았다.

리는 시라를 공격한 모래 마을 닌자들을 뒤쫓지만 6대 1로 수세에 몰린다. 하지만 네지와 텐텐이 당도하면서 전세는 완전히 역전되는데… 그런데 뒤늦게 따라온 시라는 오히려 그 싸움을 말린다.

피가 끓는 두 체술파 닌자는 서로에 대한 호감과 기대를 갖고 대련에 임한다. 자신이 모든 것을 발휘하여 상대방의 진짜 실력을 확인하는 정정당당하고 벅차는 대련. 이는 리와 시라가 지금까지 비슷한 경험을 했기 때문에 가능한 일종의 공감대였다.

키바와 히나타, 시노는 모래마을 닌자 조와 맞닥뜨려 교전에 들어간다. 하지만 키바가 잠시 방심한 사이 협공을 당해서 족자를 빼앗기고 마는데... 셋은 목적을 달성하고 도망치는 상대방을 필사적으로 추적하기 시작한다.

키바와 시노, 히나타는 다시 열심히 추적하지만 상대방은 냄새를 감추고 도망쳐 버린다. 하지만 셋은 결코 포기하지 않고 끝까지 그 행방을 쫓으려 하는데... 그 순간 오히려 기습을 받아 절체절명의 상황에 빠지고 만다.

네지와 리, 텐텐은 결승점 근처에서 매복하고 있다가 족자를 손에 넣기로 한다. 그리하여 당도한 곳은 뭔가 기묘한 분위기가 감도는 유적이었는데... 하지만 거기에 먼저 와 있었던 비 마을의 닌자들과 전투가 벌어지게 된다.

마의 사막 지하에 있는 고대 유적 속에 매몰된 텐텐과 아지사이. 둘은 협력하여 지상으로 나가는 길을 찾기로 하지만 거대 개미들의 습격에 시달리게 된다. 한편 지상에서도 나머지 넷이 서로 협력하여 지하 출입구를 찾기로 하는데...

이노와 쵸지, 사쿠라 조는 물을 확보하기 위해 오아시스를 찾아다닌다. 하지만 오아시스는 보이지 않고, 이노와 사쿠라는 도다시 으르렁대는데... 그때 모래속에서 거대한 전갈이 나타나 셋을 덮진다!

오아시스로 가던 중에 맞닥뜨린 적은 광학미채를 사용하여 눈에 보이지 않는 공격을 해온다. 그러나 사쿠라와 쵸지는 이노의 감지능력을 이용해서 이를 파해하고 반격에 성공하는데... 하지만 이노의 감지가 방해를 받으면서 상황은 급박하게 돌아간다.

사쿠라는 연이은 싸움으로 지쳐서 사막을 걷던 중에 쓰러지고 만다. 그런데 깨어나고 나니 이노와 쵸지가 조그마한 인형과 대치하고 있는데... 상대방 조의 꼭두각시 인형을 다루는 닌자는 매우 까다로운 상대였다.

이노의 분전으로 쵸지는 꼭두각시에서 해방되고, 가까스로 적을 쫓아내는 데 성공한다. 하지만 사쿠라는 아무것도 하지 못하고 둘에게 의지만 하는 자기 모습이 너무 초라했는데... 연전으로 기진맥진해진 이노와 쵸지. 그리고 또다시 시작된 적의 공격에 사쿠라는...

마의 사막에 갑자기 거대한 모래 폭풍이 일면서 2차 시험은 일시 중지된다. 그리고 시험 감독관들은 조난당한 응시자들을 구출하기 위해 폭풍 속으로 뛰어드는데... 가아라 또한 경비들의 눈을 피해 응시자들을 구하러 나간다.

중급 닌자 시험 2차 시험을 중지로 몰아넣은 거대한 모래 폭풍이 점차 잦아들기 시작한다. 한편 응시자들을 구출하러 다니던 가아라는 암살자의 함정에 빠지는데... 설상가상으로 가아라를 구하러 달려온 후우마저도 미수를 빼앗길 위기에 처한다.

자객에 의해 미수를 빼앗겨 목숨을 잃을 위기에 처한 가아라와 후우. 일단 후우가 차크라 고치로 시간을 버는 사이 네지 일행이 도착한다. 공격조가 자객과 교전하는 틈에 고치 안에 들어간 네지는 사슬을 끊을 방법을 궁리하는데...

가아라는 암살 계획을 주도한 후기를 만나 진심을 털어놓고 설득한다. 그리고 3차 시험을 취소하고 중급 닌자 승급은 각자의 마을에 맡기기로 한다. 이에 각각의 마을에서는 2차 시험 활약상을 검토하여 중급 닌자를 선발한다.

구미를 빼앗긴 나루토의 생명은 바람 앞 등불처럼 위태로운 상태였다. 그 위태로운 생명을 사쿠라가 필사적으로 지키는 가운데 가아라는 더욱 속도를 올린다. 미나토 안에 있는 구미의 반신이 나루토를 구할 수 있는 유일한 희망이었기 때문에...

마다라에게 철저히 이용당하기만 했던 오비토는 마다라에게 따진다. 하지만 마다라의 대답은 오비토의 존재 자체를 부정하는 것이었다. 나루토와 마다라의 말들이 머릿속에서 어지러이 교차하면서 오비토는...

오비토와 린은 아카데미를 졸업하면서 공교롭게도 카카시와 한 조가 된다. 이에 카카시를 따라잡기 위해 노력을 거듭해온 오비토는 한결 더 전의를 불태운다. 그리고 간단한 임무에서 두각을 나타낸 셋은 미나토 선생과 함께 실전 임무에 착수하는데...

마다라라는 강적을 상대로 다시 뭉친 옛 파트너 카카시와 오비토. 감회에 잠긴 둘은 함께했던 첫 임무와 마지막 임무 때를 떠올린다. 임무에 집착하던 카카시와 그 숨은 사연, 그리고 이를 바라보던 오비토...

마다라에게 치명상을 입고 죽어가던 사스케는 카부토 덕분에 가까스로 목숨을 건진다. 한편 가이는 마다라에 맞서 제칠경문까지 개방하지만 마다라에게는 역부족이었는데... 이에 푸른 맹수는 붉은 맹수가 되기로 결심을 굳힌다.

팔문둔갑의 금기, 열면 반드시 죽게 되는 제팔사문. 가이는 소중한 것을 지키기 위하여 그 문을 열기로 결심하는데... 그때 가이의 머릿속에는 청춘 속에 살다 간 아버지의 기억이 스쳐지나간다.

사문을 개방한 가이의 연격은 마다라조차 놀랄 만한 위력을 갖고 있었다. 그리고 동료들은 죽음을 각오하고 싸우는 가이를 지원하는데 온 힘을 쏟는다. 한편 나루토는 자기 의식세계 속에서 의외의 인물과 만나는데...

가이는 마다라에게 최후 최강의 일격을 날리지만 결국 마다라를 끝장내지는 못했다. 한편 나루토와 사스케는 자기 의식 속에서 육도선인에게 힘을 얻게 되는데... 부활한 둘은 자신의 뜻을 이루기 위하여 다시금 전장에 선다.

나루토는 코노하마루의 성화에 못이겨 나선환을 가르쳐 주기로 한다. 하지만 막상 나루토가 가르쳐 준 것은 알쏭달쏭하고 추상적인 한마디 표현 뿐이었는데... 그럼에도 코노하마루는 자기 나름대로 의미를 깨닫고 수련에 몰두한다.

나루토와 코노하마루의 경쟁은 서로에게 더욱 자극제가 된다. 그런데 그 가운데 아스마가 아카츠키에게 살해당했다는 비보가 전해지고... 복수를 결심한 나루토와 코노하마루는 더욱 수련에 매진한다.

육도선인의 힘을 얻은 나루토와 사스케는 콤비플레이로 마다라를 몰아붙인다. 이에 위기감을 느낀 마다라는 양쪽 눈을 다 손에 넣을 필요를 느낀다. 한편 오비토는 사쿠라에게 윤회안을 없애달라고 부탁하지만 사쿠라는 주저하고...

좌우 모두 윤회안을 손에 넣은 마다라 앞에서 고전하는 옛 제7조. 하지만 사쿠라는 드디어 나루토와 사스케를 따라잡았다고 안도하고... 나루토는 옛 팀워크 훈련을 떠올리며 다시금 전의를 불태운다.

양쪽 윤회안을 얻은 마다라는 결국 무한 츠쿠요미를 발동시켰다. 달빛이 온 세상을 대낮처럼 환하게 비추는 가운데 사람들은 꿈의 노예가 되어가는데... 그 환상의 꿈에서 자유로운 자는 극소수에 불과했다.

무한 츠쿠요미에 걸려서 정신을 잃은 후, 텐텐이 깨어난 곳은 나뭇잎 마을의 자기 방. 잠시 혼란스럽기는 했지만 이상해진 동료들을 보고 텐텐은 이것이 환술이라는 걸 깨닫는다. 그리고 원래 세계로 돌아가기 위해 환술을 깰 방법을 찾는데...

이 세계의 동료들은 자기들을 멀리하는 텐텐의 태도에 걱정이 태산이었다. 한편 텐텐은 어떤 행상인으로부터 비 마을에 환술에 정통한 닌자가 있다는 이야기를 듣고... 고민 끝에 나뭇잎 마을을 떠나 비 마을로 가기로 결심하지만, 이것은 누군가의 함정이었다.

킬러 비는 다른 인주력 동료들을 모으는 모험을 떠난다. 아카츠키에 대항하고자 하는 공주님의 힘이 되기 위하여. 하지만 가는 곳곳마다 인주력을 둘러싼 충돌이 일어나는데...

아카츠키의 총공격까지 이레밖에 남지 않은 절박한 상황. 인주력들은 사방으로 흩어져 마지막 인주력을 찾기로 한다. 하지만 가까스로 찾은 마지막 인주력, 삼미의 야구라의 반응은 냉담하기만 하고...

카린은 매일 늘어만 가는 이빨자국, 엄마처럼 죽지 않을까 하는 공포에 지옥같은 삶을 보내고 있다. 그러던 어느 날, 오로치마루를 만나면서 한줄기 희망을 얻게 되는데... 오로치마루의 부하가 된 카린은 이전에 자기 목숨을 구해준 사스케와도 다시 마주치게 된다.