나루토가 나뭇잎 마을을 떠나 지라이야 맡에서 수련한지 2년. 츠나데는 합동 중급 닌자 시험을 재개하기로 결심하고 가아라에게 의견을 타진한다. 이는 다른 마을들의 동향을 살피고 아카츠키를 유인하기 위한 정치적인 포석이었다.

나뭇잎 마을과 모래 마을이 제안한 합동 중급 닌자 시험. 이에 대해 각 국가의 닌자 마을들은 복잡한 계산속에서 참가 불참을 저울질한다. 그렇게 점점 합동 시험날이 다가오는데...

드디어 2년만에 합동 중급 닌자 시험이 시작된다. 1차 시험은 여느때처럼 필기 시험, 감독관은 시카마루였는데… 시카마루는 필기 시험에서부터 문제를 푸는 능력 그 이상을 요구하는 복합적인 시험을 준비했다

단절된 동료들과 어떻게 협력하여 100점 조합을 만들지 고민하는 응시자들. 이때 네지가 제시한 것은 어떤 경우에도 들어맞는 합리적인 방법이었다. 하지만 시카마루가 준비한 필기시험은 이게 끝이 아니었는데...

2차 시험장인 모래 마을에 속속 도착하는 1차 시험 통과자들. 그리고 2차 시험 시작 전날, 이들 사이에는 미묘한 긴장감이 흐른다. 그 팽팽한 긴장감은 사소한 일로 인해 싸움으로 번지지만...

마의 사막에서 펼쳐지는 2차 시험, 족자 쟁탈전의 막이 오른다. 네지와 텐텐, 리는 일단 강적들을 피해서 족자를 손에 넣기로 하는데… 너른 사막을 아무리 달려도 다른 조는 눈에 띄지 않았다.

피가 끓는 두 체술파 닌자는 서로에 대한 호감과 기대를 갖고 대련에 임한다. 자신이 모든 것을 발휘하여 상대방의 진짜 실력을 확인하는 정정당당하고 벅차는 대련. 이는 리와 시라가 지금까지 비슷한 경험을 했기 때문에 가능한 일종의 공감대였다.

키바와 히나타, 시노는 모래마을 닌자 조와 맞닥뜨려 교전에 들어간다. 하지만 키바가 잠시 방심한 사이 협공을 당해서 족자를 빼앗기고 마는데... 셋은 목적을 달성하고 도망치는 상대방을 필사적으로 추적하기 시작한다.

키바와 시노, 히나타는 다시 열심히 추적하지만 상대방은 냄새를 감추고 도망쳐 버린다. 하지만 셋은 결코 포기하지 않고 끝까지 그 행방을 쫓으려 하는데... 그 순간 오히려 기습을 받아 절체절명의 상황에 빠지고 만다.

네지와 리, 텐텐은 결승점 근처에서 매복하고 있다가 족자를 손에 넣기로 한다. 그리하여 당도한 곳은 뭔가 기묘한 분위기가 감도는 유적이었는데... 하지만 거기에 먼저 와 있었던 비 마을의 닌자들과 전투가 벌어지게 된다.

마의 사막 지하에 있는 고대 유적 속에 매몰된 텐텐과 아지사이. 둘은 협력하여 지상으로 나가는 길을 찾기로 하지만 거대 개미들의 습격에 시달리게 된다. 한편 지상에서도 나머지 넷이 서로 협력하여 지하 출입구를 찾기로 하는데...

이노와 쵸지, 사쿠라 조는 물을 확보하기 위해 오아시스를 찾아다닌다. 하지만 오아시스는 보이지 않고, 이노와 사쿠라는 도다시 으르렁대는데... 그때 모래속에서 거대한 전갈이 나타나 셋을 덮진다!

오아시스로 가던 중에 맞닥뜨린 적은 광학미채를 사용하여 눈에 보이지 않는 공격을 해온다. 그러나 사쿠라와 쵸지는 이노의 감지능력을 이용해서 이를 파해하고 반격에 성공하는데... 하지만 이노의 감지가 방해를 받으면서 상황은 급박하게 돌아간다.

사쿠라는 연이은 싸움으로 지쳐서 사막을 걷던 중에 쓰러지고 만다. 그런데 깨어나고 나니 이노와 쵸지가 조그마한 인형과 대치하고 있는데... 상대방 조의 꼭두각시 인형을 다루는 닌자는 매우 까다로운 상대였다.

이노의 분전으로 쵸지는 꼭두각시에서 해방되고, 가까스로 적을 쫓아내는 데 성공한다. 하지만 사쿠라는 아무것도 하지 못하고 둘에게 의지만 하는 자기 모습이 너무 초라했는데... 연전으로 기진맥진해진 이노와 쵸지. 그리고 또다시 시작된 적의 공격에 사쿠라는...

마의 사막에 갑자기 거대한 모래 폭풍이 일면서 2차 시험은 일시 중지된다. 그리고 시험 감독관들은 조난당한 응시자들을 구출하기 위해 폭풍 속으로 뛰어드는데... 가아라 또한 경비들의 눈을 피해 응시자들을 구하러 나간다.

중급 닌자 시험 2차 시험을 중지로 몰아넣은 거대한 모래 폭풍이 점차 잦아들기 시작한다. 한편 응시자들을 구출하러 다니던 가아라는 암살자의 함정에 빠지는데... 설상가상으로 가아라를 구하러 달려온 후우마저도 미수를 빼앗길 위기에 처한다.

자객에 의해 미수를 빼앗겨 목숨을 잃을 위기에 처한 가아라와 후우. 일단 후우가 차크라 고치로 시간을 버는 사이 네지 일행이 도착한다. 공격조가 자객과 교전하는 틈에 고치 안에 들어간 네지는 사슬을 끊을 방법을 궁리하는데...

가아라는 암살 계획을 주도한 후기를 만나 진심을 털어놓고 설득한다. 그리고 3차 시험을 취소하고 중급 닌자 승급은 각자의 마을에 맡기기로 한다. 이에 각각의 마을에서는 2차 시험 활약상을 검토하여 중급 닌자를 선발한다.