역대 호카게들의 결계와 속박으로 십미는 옴싹달싹 못하게 된다. 그 틈을 노려 닌자연합군은 십미 본체를 향해 돌진하는데… 십미가 풀어놓은 분열체들과 싸우는 중에 사쿠라는 차크라가 모두 차서 괴력을 발휘하게 된다.

나루토와 사스케, 사쿠라는 각각의 소환수들을 데리고 전장을 휘젓는다. 그 새로운 젊은 세대의 활약에 닌자 연합군은 감탄하고... 한편 오로치마루는 츠나데를 살리기 위해서 급행한다.

카카시는 오비토를 설득하기를 포기하고 옛 친구의 뜻을 우 선하기로 결심한다. 그런데 얄궃게도 오비토에게 최후의 일격을 날린 사람은 그 스승 미나토였는데... 하지만 상황은 예상치 못한 방향으로 흘러간다.

오로치마루가 만든 메카 나루토가 나뭇잎 마을을 습격한다. 그 목적은 나루토에게서 구미를 가로채는 것. 이를 막기 위해 나루토를 미끼 삼은 메카 나루토 격파 작전이 시작된다.

메카 나루토 앞에서 한명 한명 나가떨어지는 나뭇잎 마을 닌자들. 절체절명의 위기에 처한 나루토는 투혼을 불사르며 버티는데… 그 모습을 바라보던 메카 나루토에게 변화가 엿보인다.

십미의 인주력이 된 오비토는 경이적인 힘으로 결계를 파괴하고 호카게들을 압도한다. 호카게들은 이에 맞서 불사의 몸을 던져가며 필사적으로 약점을 찾으려 하는데... 오비토는 왠지 힘이 제대로 제어되지 않는 듯한 불안함을 보여준다.

오비토는 모든 인술을 무효화시키는 닌자 시조의 능력을 손에 넣어 난공불 락의 태세를 갖춘다. 대항할 방법이 없어진 나루토 일행은 어떻게든 약점을 찾으려 하는데... 그 와중에 미나토는 오비토를 구하지 못한 일을 새삼 자책하게 된다.

오비토는 닌자 연합군을 결계 속에 가두어 놓고 미수환을 쏘아 몰살시키려 한다. 이에 호카게들은 미수환을 무력화시킬 방법을 찾지만 여의치 않은데... 나루토는 이 상황을 타개하기 위해서 한 가지 아이디어를 떠올린다.

나루토 일행은 선인술로 오비토를 상대하려 하지만 십미의 힘은 호락호락하지 않았다. 그리고 십미는 최종형태로 변화하여 주변에서 차크라를 모조리 빼앗는데… 그 실체는 인간에게 차크라를 빼앗긴 고대의 신수였다.

신수의 꽃이 개화되기까지 남은 시간은 15분. 감히 다가갈 수 없는 압도적인 전력차 앞에서 닌자 연합군은 좌절한다. 하지만 그 상황에서도 투지를 잃지 않는 나루토와 사스케의 용기가 전염되어가는데…

하시라마는 닌자들을 이끌고 신수를 파괴하려 하지만 상황은 결코 쉽지 않았다. 하지만 5카게들이 전장에 당도하면서 닌자연합군은 한층 힘을 받게 되는데... 오비토는 나루토를 향해서 왜 이토록 필사적으로 싸우는냐고 재차 캐묻는다.

나루토와 사스케는 오비토로부터 미수들의 차크라를 빼앗는 작전에 돌입한다. 이에 당혹감을 느낀 오비토는 격렬히 저항하지만 자기 마음속의 진심이 드러나면서 당혹해한다. 나루토는 그런 오비토를 향해서 가면을 벗기겠다고 선언하고...

나루토는 오비토의 과거를 보고 오비토가 자기와 닮은꼴이라는 걸 느끼게 된다. 그리고 오비토의 마음속에 남은 일말의 미련을 향해서 끊임없이 호소한다. 오비토는 과거를 모두 버렸다고 재차 외치지만…

나루토와 닌자연합군은 오비토를 십미와 분리하고 미수들을 구하는데 성공한다. 그리고 카카시는 친구로서 오비토의 마지막을 자기 손으로 끝맺으려 하는데… 카카시의 비수가 오비토의 심장을 꿰뚫으려는 찰나, 미나토가 이를 제지한다.

오비토를 제압하는 데 성공한 닌자연합군은 나루토를 필두로 마다라에게 달려든다. 이를 돕기 위해 미수에게 도움을 부탁하던 가아라는 옛 생각에 잠긴다. 오로지 살육병기로서만 살아왔던 자신의 첫 친구에 대한 추억을...

휴가의 후계자로서 어렸을 때부터 매일 매일 고된 수련을 계속하는 히나타. 다섯 살 어린 동생 하나비는 그런 언니를 항상 동경해 왔다. 하지만 히나타의 재능은 기대에 미치지 못했고 오히려 하나비가 더욱 뛰어났는데...

휴가를 짊어지게 된 하나비는 더욱 강해져야 한다는 조바심에 시달린다. 하지만 후계자 자리를 박탈당한 언니 히나타는 줄곧 묵묵히 노력하고 있었는데… 하나비는 언니가 왜 그토록 노력할 수 있는지 이해하기 어려웠다.

오비토는 참회 삼아 희생자들을 윤회전생으로 살려내려 한다. 하지만 그때 쿠로제츠가 나타나 오비토를 휘감는데... 우치하 마다라는 오비토를 이용하여 현세에 환생하게 된다.

예토전생이 아닌 진짜 몸을 얻은 마다라는 윤회안까지 되찾는다. 그리고 미수들에게 목줄을 채워 흡수하려 하는데... 나루토와 가아라, 미수들은 이에 필사적으로 저항한다.

마다라는 결국 미수들을 모조리 빼앗는데 성공한다. 그렇게 쿠라마를 빼앗긴 나루토는 죽음에 직면하고… 빈틈을 노리던 토비라마와 사스케마저 마다라에게 완패하고 만다.